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《新英格兰医学杂志》从医以来，钟南山先后取得了国家、省市各级科研成果20多项，其中国家级科技进步三等奖一项，部省级科技进步二等奖各一项，三等奖一项，在国内外医学杂志发表论文70多篇。他和他的同行们在这个专业的突出贡献，奠定了我国呼吸疾病某些项目的研究水平在亚太地区的领先地位。钟南山长期从事呼吸内科的医疗、教学、科研工作。重点开展哮喘，慢阻肺疾病，呼吸衰竭和呼吸系统常见疾病的规范化诊疗、疑难病、少见病和呼吸危重症监护与救治等方面的研究。并首次证实了隐匿型哮喘的存在。他所领导的研究所对慢性不明原因咳嗽诊断成功率达85%，重症监护室抢救成功率达91%。截至2010年9月，钟南山取得中国国家、省市各级科研成果20余项，2005年获中国国家科技进步二等奖，2004年获广东省科技进步特等奖，省科技进步一等奖，并获得了广东省和广州市科技进步个人特等奖。2003年获何梁何利科技奖。