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candy雨朦
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初心&依恋

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生信分析论文写法如下:

这次我们来讲解的这边文献是 2019-10-12 发表的 OTT 杂志上的一篇生信加少量实验验证的文章。实话实说,目前对于生信最最最基本的,如果没有实验验证还是不好发文章的。所以一般都会加一些实验验证的。

这个文章的主要流程是个这样的:这里我们就基于文童的材料方法来说一下具体的内容:公共数据获取:当中关于公共数据获取部分提到了这些东西。使用了 GEO 数据库来进行候选数据筛选。

这 GEO 里面找到了三个芯片,其中描述了这三个芯片的平台。差异表达分析:作者使用了 GEO2R 来进行数据的筛选。富集分析:接着作者对差异表达的基因进行了富集分析,其中包括 GO 分析和 KEGG 分析。

作者使用的富集分析的软件是 DAVID,这个软件我们也吐槽过说,更新不及时,是很好用,所以推荐是 WebSestalt 富集分析软件,或者 clusterprofiler。蛋白相互作用分析:5TCGA 数据库验证再往下作者做的其实是 TCGA 的数据库验证,但是在材料方法里面没写。我们可以在结果当中具体的过程。

对于肿瘤研究,现在如果只是用 GEO 数据集分析,不用 TCGA 再看一下的话,都觉得不好意思,所以一般的肿瘤研究可能都会用到 TCGA 的验证的。其目的也就类似于多加了一个数据集来增加结果准确性。但是对于 TCGA 有些肿瘤正常样本很少。分析的结果可能偏差更大。文章使用的 GEPIA 的数据库。这个数据库对于查询 TCGA 表达结果还是很好用的,简单上手。

核心基因甲基化相关分析:在核心基因选择之后,利用了 TCGA 的甲基化数据MEXPRESS 来查看基因的田基化水平有没有变化。由于版本的更新。现在的这个数据库的  版本的结果会比之前的更加详细一些。

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不知道大家是否记得之前100多篇SCI论文大规模撤稿事件,这些作者基本都是国内临床医生、研究人员,撤稿的主要原因是伪造审稿人。 什么是伪造审稿人? 在大规模撤稿事件之前,很多期刊都是在投稿的时候要求作者推荐1-3位审稿人,需要填写审稿人的姓名、单位、邮箱等资料。 其中,填写邮箱的时候就会存在漏洞,有些聪明的人就会抓住这个漏洞填写自己的邮箱,如果期刊主编发邮件来邀请审稿就变成自己评审自己的论文,自己评审自己的文章,结果肯定是接收出版的 。 发现这件事之后,很多期刊不再让投稿作者推荐审稿人了,因为很多期刊都知道这些漏洞,被作者搞一出伪造审稿人的事情出来。不过,现在有些期刊仍然会存在让作者推荐审稿人。 前几天就有人说:纯生信投稿时,期刊主编让推荐审稿人,不知怎么办?有些人第一时间就是想到自己的培训老师、外包公司的人等熟悉的人,这些肯定不行的,存在合作关系,非常容易被认为是伪造审稿人,一般这些培训老师是不愿意的,都是为了大家好 。 有些新手说既然不能找这些熟人,怎么样找审稿人呢?例如你写了纯生信投稿,你应该找一些相关发表了纯生信SCI论文的通讯作者,特别是国外的会好一些。有些期刊为了避免嫌疑,只能会让你推荐国外的审稿人。 不过,你推荐的审稿人一般期刊主编都不会用的,除非他们真的找不到人审稿才会使用,总的来说使用到的机会非常渺茫(自从发生因伪造审稿人大规模撤稿事件) 。

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说起国自然研究新宠儿 “m6A甲基化修饰” ,想必大家都不陌生,m6A甲基化是包括mRNA和ncRNA(即非编码RNA,包括miRNA,rRNA,circRNA和lncRNA等)在内的所有RNA最普遍的表观遗传修饰。越来越多的证据表明,m6A甲基化修饰在各种生理和病理过程中都起着至关重要的作用。今天就向大家分享一篇发表在Molecular Cancer(IF:)杂志上的关于m6A与ncRNA在癌症中相互作用的综述文章。 Part 1.初识m6A甲基化真面目 m6A,又称N6-甲基腺苷,指腺嘌呤的第6位氮原子(N)发生了甲基化修饰,通过甲基化酶复合物对甲基进行“书写”(Writer)、“擦除”(Eraser)或“阅读”(Reader),进而对RNA发挥调控作用。 m6A甲基化的分子组成 —甲基化酶复合物 1)  甲基化转移酶(methyltransferase):被称为“编码器”(Writer),主要包括METTL3、METTL14、WTAP、KIAA1429、METL16、RBM15 / 15B等; 2) 去甲基化酶(demethylase):被称为“消码器”(Eraser),主要包括FTO、ALKBH5等; 3)  m6A识别因子(recognition factors): 被称为“读码器”(Reader),主要包括YTHDC1/2、YTHDF1/2/3、HNRNP、eIF3、IGF2BP1 / 2/3等。 图甲基化修饰示意图:m6A甲基化是一个动态可逆的过程,由“Writer”、“Eraser”、“Reader”三者共同完成。 Part 甲基化修饰miRNA miRNA的失调参与多种生物学行为,如小鼠胎儿发育,免疫应答,炎症反应和致癌等,研究表明,m6A甲基化可以修饰参与多种miRNA的成熟,参与该过程的主要是甲基化转移酶METTL3和METTL14等: ① METTL3促进miR-25-3p成熟,miR-25-3p在胰腺导管腺癌(PDAC)中起关键作用; ② METTL3增强pri-miR-221 / 222与DGCR8的结合,而DGCR8参与了膀胱癌的增殖; ③ METTL3促进pri-miR-1246的成熟从而促进结直肠癌(CRC)的转移; ④ METTL3加速miR-143-3p的成熟,导致METTL3 / miR-143-3p / vasohibin-1轴的形成,有利于肺癌的转移; ⑤ METTL3通过修饰多个miRNA(miR-106b,miR-18a / b,miR-3607,miR-423,miR-30a,miR-320b/d /e)影响砷诱导的癌变; ⑥ METTL14促进pri-miR-126的成熟,从而可以抑制肝癌(HCC)的侵袭和转移。 图2. m6A甲基化修饰miRNA:调节胰腺导管腺癌,肺癌,肝癌,膀胱癌和结直肠癌等癌症的发生和转移 Part 甲基化修饰lncRNA lncRNA一般指长度大于 200 个核苷酸的非编码 RNA,可在癌症中被m6A甲基化修饰,参与该过程的主要是甲基化转移酶METTL3、METTL14,去甲基化酶ALKBH5,m6A识别因子YTHDF1、IGF2BP2等: ① MALAT1是首个被发现与肺癌相关的lncRNA,METTL3可以调节MALAT1-miR-1914-3p-YAP轴来诱导非小细胞肺癌的耐药和转移,还可以通过MALAT1/miR-145/FAK途径加重梗阻性肾病的肾纤维化; ② METTL3上调LINC00958,并使miR-3619-5p海绵化而促进HCC细胞的迁移和侵袭; ③ METTL3家族成员FAM225A充当海绵miR-590-3p / miR-1275的ceRNA和上调ITGB3来促进鼻咽癌(NPC)的发生和转移; ④ METTL3/14通过上调DKK1的lncRNA激活调节剂(LNCAROD)来增强头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)的迁移; ⑤ METTL3介导lncRNA RP11通过Zeb1的上调增强CRC迁移和侵袭,而 METTL14增加lncRNA XIST的m6A水平,抑制CRC的增殖和转移; ⑥ ALKBH5通过维持FOXM1表达和细胞增殖程序来维持胶质母细胞瘤类干细胞(GSCs)的致瘤性,lncRNA FOXM1-AS可促进ALKBH5与FOXM1之间的相互作用; ⑦ ALKBH5通过减少lncRNA NEAT1的甲基化来促进胃癌(GC)的侵袭和转移。 ⑧ YTHDF1与LINC00278相互作用可抑制食管鳞状细胞癌(ESCC)转移,而ALKBH5则促进ESCC转移; ⑨ IGF2BP2作为m6A读取器调节LncRNA DANCR,有利于胰腺癌的致癌性。 图3. m6A甲基化修饰lncRNA:参与多种癌症的肿瘤发生和转移,包括GSC,HNSCC,NPC,ESCC,肺癌,GC,HCC,胰腺癌和CRC Part 4. m6A甲基化修饰circRNA circRNA一般指环状RNA。环状RNA(circRNA)是一类特殊的非编码RNA分子(在活体中有时也有表达),也是RNA领域最新的研究热点。 circRNA在蛋白质翻译中起着至关重要的作用: METTL3和YTHDC1与环状RNA锌指蛋白609(circ-ZNF609)的代谢有关,并促进其生成,circ-ZNF609促进蛋白翻译和成肌细胞增殖;核糖体-circRNAs的“迷你基因”可以促进果蝇头部的蛋白翻译; m6A甲基化会影响cricRNAs的蛋白质翻译: m6A基序在circRNA中富集,单个m6A位点被认为是启动circRNA翻译的触发器。m6A调控因子METTL3/14、FTO、YTHDF3和起始因子eIF4G2参与了m6A驱动的蛋白翻译。哺乳动物细胞可以识别circRNAs上的m6A修饰,通过抑制免疫基因激活和佐剂活性来抑制先天免疫。 circRNA的失调与多种癌症进展相关: circNSUN2的m6A甲基化修饰可促进细胞质输出并稳定HMGA2,从而促进结直肠肝转移;circPVRL3的m6A甲基化修饰可促进胃癌细胞的增殖和迁移。 表1:m6A甲基化修饰癌症中的ncRNAPart 5. ncRNA调节癌症中的m6A甲基化 非编码RNA(ncRNA)具有影响涉及多个生物学过程m6A水平的能力。 miRNA调节癌症中的m 6 A甲基化: ① miR-33a通过靶向METTL3 mRNA抑制NSCLC细胞的增殖; ② miR-600抑制METTL3的表达并逆转了METTL3对NSCLC进展的积极作用; ③ miRNA let-7g通过靶向3'UTR下调METTL3表达,加速乳腺癌细胞的增殖; ④ miR-1266通过直接靶向FTO促进CRC的发生和发展; ⑤ miR-145通过靶向YTHDF2来抑制HCC的增殖; ⑥ miR-488是一种通过靶向eIF3a发挥作用的抑癌miRNA,还参与NSCLC细胞中eIF3a介导的顺铂耐药性; ⑦ miR-141通过形成miR-141 / IGF2BP2 / P13K / Akt轴来抑制胰腺癌的增殖。 lncRNAs调节癌症中的m 6 A甲基 化 : ① lncRNA LINC00470与METTL3相互作用促进PTEN mRNA降解,从而促进GC进程; ② lncRNA miR503HG通过调节肝细胞癌中的HNRNPA2B1 /NF-κB途径来抑制肿瘤转移; ③ lncRNA LINC01234与HNRNPA2B1相互作用,促进NSCLC中的细胞增殖并抑制细胞凋亡; ④ lncRNA LIN28B-AS1与IGF2BP1相互作用,促进肺腺癌(LUAD)的增殖和转移; ⑤ lncRNA LINRIS可稳定IGF2BP2并促进CRC增殖; ⑥ lncRNA GAS5-AS1与ALKBH5相互作用调节GAS5的表达抑制子宫颈癌(CC)细胞的增殖,迁移和侵袭; ⑦ lncRNA GAS5可以抑制YAP介导的YTHDF3,从而抑制CRC的增殖; ⑧ lncRNA GATA3-AS增强KIAA1429和GATA3 pre-mRNA之间的相互作用,促进肝癌的进展。 表2:ncRNA调节癌症中的m6A甲基化Part 6. m6A甲基化在癌症中的临床应用 m6A甲基化是癌症诊断和预后的新生物标记 ① METTL3,YTHDC2和HNRNPC用于预测HNSCC患者的预后; ② METTL3/FTO上调或YTHDF2和METTL14下调可能预示GC、CRC和HCC的生存率较差; ③ METTL14低表达与肿瘤分化、临床分期、微血管浸润有关; ④ ALKBH5或FTO下调预示肺癌和HCC预后不佳; ⑤ IGF2BP2被认为是胰腺癌,食管胃交界腺癌和CRC的预后标记物。 m6A甲基化参与耐药性和癌症治疗 ① METTL3稳定YAP和ARHGAP5,诱导NSCLC和胃癌顺铂耐药; ② HNRNPA2B1在他莫昔芬耐药乳腺癌中过表达,降低他莫昔芬的敏感性; ③ METTL3、METTL14、FTO、YTHDF2在急性髓性白血病(AML)中过表达,FTO抑制剂(FB23)及其衍生物(FB23-2)通过靶向FTO促进AML中的髓样分化和凋亡; ④ m6A甲基化参与胃癌的肿瘤微环境和TME浸润特征评估; ⑤ YTHDF2与炎症浸润,血管重建和远处转移相关,并预示肝癌的不良预后。 生信人往期也有很多有关m6A的好文章可学习:m6A+免疫浸润 m6A+突变思路 m6A调节因子泛癌分析 结语 越来越多的研究关注于m6A甲基化如何改变ncRNA的稳定性、剪接和翻译,或ncRNA如何在癌症中调控m6A。m6A甲基化与ncRNA的相互作用可影响肿瘤细胞增殖、侵袭和转移等不同的生命活动。就m6A甲基化的临床应用而言,可作为癌症诊断、预后和治疗的潜在靶点。然而,m6A甲基化与ncRNA之间的特异性结合位点还需要进一步研究。 无论是对于正在为写标书申基金发愁的老师们,还是正在为毕业课题发愁的研究生们来说,相信这篇综述都能够帮助你更好的理解m6A甲基化与ncRNA之间的相互作用,为你的课题添光加彩,感兴趣的小伙伴们赶快阅读起来吧!

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