本质上是没有区别的，只是权利所有人不同。如果是希望以个人持有专利，那么就以个人名义申请，而如果是希望以公司名义持有专利，那么就以公司名义申请。
以公司名义申请好，便于后期商标的使用与转让
1、申请时递交主体资格证明文件的不同，个人名义申请需要递交身份证复印件，公司名义申请需要递交法人营业执照复印件。2、申请时，如果是个人名义申请，部分需要递交非职务创作证明。3、授权后的权利人不同，个人申请，则专利权利归个人所有。公司申请，则专利权利归公司所有。4、申请费用不用，个人名义申请可以办理减缓，并且前三年享有减缓费用，费用上相对优惠。公司名义申请办理减缓比较复杂，如无减缓，则费用相对比较高。
个人和公司申请的审查过程、申请时限 、申请难易度是没有差别的。个人申请归个人所有，与公司无关，职务发明由个人申请容易产生专利权属纠纷；公司申请权益归公司所有，无权属纠纷，在高新技术企业认定、公司上市做价方面比较易操作。个人申请如果经济困难的话可以享受减免，减缓前三年所交年费，只要交15% ；公司申请的话费用较贵，但在部分地区可以享受政府补贴。个人申请的话不利于品牌宣传，公司申请有利于企业品牌宣传，利于后期融资。个人申请可以享受减免缓、在部分在区有政府资助；公司申请在部分地区可享受政府补贴、利于评优、申报高新技术企业、进行专利质押等等。从费用上看，似乎个人申请更好一些，但如果针对企业，从长远上看还是以公司名义申请更好（新创友知识产权）。
如果你自己有公司，建议还是以公司名义申请好一些，这样便于你的公司宣传、销售产品，对于你公司参加招投标更是有益无害。还可以用专利为公司增加无形资产，还可能质押贷款，好处多得是。如果你说的公司是跟别人合伙开的，那你就要注意啦：以公司名义申请，专利所有权是公司的，也就是你公司所有股东所有。以你个人名义申请，专利所有权是你个人的。法律上区别大着呢，一定要三思！
个人和公司申请的审查过程、申请时限 、申请难易度是没有差别的。个人申请归个人所有，与公司无关，职务发明由个人申请容易产生专利权属纠纷；公司申请权益归公司所有，无权属纠纷，在高新技术企业认定、公司上市做价方面比较易操作。个人申请如果经济困难的话可以享受减免，减缓前三年所交年费，只要交15% ；公司申请的话费用较贵，但在部分地区可以享受政府补贴。个人申请的话不利于品牌宣传，公司申请有利于企业品牌宣传，利于后期融资。个人申请可以享受减免缓、在部分在区有政府资助；公司申请在部分地区可享受政府补贴、利于评优、申报高新技术企业、进行专利质押等等。从费用上看，似乎个人申请更好一些，但如果针对企业，从长远上看还是以公司名义申请更好（北宏知识产权）。
个人和公司申请的审查过程、申请时限 、申请难易度是没有差别的。个人申请归个人所有，与公司无关，职务发明由个人申请容易产生专利权属纠纷；公司申请权益归公司所有，无权属纠纷，在高新技术企业认定、公司上市做价方面比较易操作。个人申请如果经济困难的话可以享受减免，减缓前三年所交年费，只要交15% ；公司申请的话费用较贵，但在部分地区可以享受政府补贴。个人申请的话不利于品牌宣传，公司申请有利于企业品牌宣传，利于后期融资。个人申请可以享受减免缓、在部分在区有政府资助；公司申请在部分地区可享受政府补贴、利于评优、申报高新技术企业、进行专利质押等等。从费用上看，似乎个人申请更好一些，但如果针对企业，从长远上看还是以公司名义申请更好（新创友知识产权）。
个人和公司申请的审查过程、申请时限、申请难易度是没有差别的。个人申请归个人所有，与公司无关，职务发明由个人申请容易产生专利权属纠纷；公司申请权益归公司所有，无权属纠纷，在高新技术企业认定、公司上市做价方面比较易操作。个人申请的话不利于品牌宣传，公司申请有利于企业品牌宣传，利于后期融资。个人申请可以享受减免缓、在部分在区有政府资助；公司申请在部分地区可享受政府补贴、利于评优、申报高新技术企业、进行专利质押等等。从如果针对企业，从长远上看还是以公司名义申请更好
法律分析：专利申请的主体主要看你的专利是靠谁的帮助进行的。法律依据：《中华人民共和国专利法》第一条 为了保护专利权人的合法权益，鼓励发明创造，推动发明创造的应用，提高创新能力，促进科学技术进步和经济社会发展，制定本法。第二条 本法所称的发明创造是指发明、实用新型和外观设计。发明，是指对产品、方法或者其改进所提出的新的技术方案。实用新型，是指对产品的形状、构造或者其结合所提出的适于实用的新的技术方案。外观设计，是指对产品的整体或者局部的形状、图案或者其结合以及色彩与形状、图案的结合所作出的富有美感并适于工业应用的新设计。第三条 国务院专利行政部门负责管理全国的专利工作；统一受理和审查专利申请，依法授予专利权。省、自治区、直辖市人民政府管理专利工作的部门负责本行政区域内的专利管理工作。第四条 申请专利的发明创造涉及国家安全或者重大利益需要保密的，按照国家有关规定办理。
如果你自己有公司，建议还是以公司名义申请好一些，这样便于你的公司宣传、销售产品，对于你公司参加招投标更是有益无害。还可以用专利为公司增加无形资产，还可能质押贷款，好处多得是。如果你说的公司是跟别人合伙开的，那你就要注意啦：以公司名义申请，专利所有权是公司的，也就是你公司所有股东所有。以你个人名义申请，专利所有权是你个人的。法律上区别大着呢，一定要三思！