本质上是没有区别的，只是权利所有人不同。如果是希望以个人持有专利，那么就以个人名义申请，而如果是希望以公司名义持有专利，那么就以公司名义申请。
以公司名义申请好，便于后期商标的使用与转让
1、申请时递交主体资格证明文件的不同，个人名义申请需要递交身份证复印件，公司名义申请需要递交法人营业执照复印件。2、申请时，如果是个人名义申请，部分需要递交非职务创作证明。3、授权后的权利人不同，个人申请，则专利权利归个人所有。公司申请，则专利权利归公司所有。4、申请费用不用，个人名义申请可以办理减缓，并且前三年享有减缓费用，费用上相对优惠。公司名义申请办理减缓比较复杂，如无减缓，则费用相对比较高。
个人和公司申请的审查过程、申请时限 、申请难易度是没有差别的。个人申请归个人所有，与公司无关，职务发明由个人申请容易产生专利权属纠纷；公司申请权益归公司所有，无权属纠纷，在高新技术企业认定、公司上市做价方面比较易操作。个人申请如果经济困难的话可以享受减免，减缓前三年所交年费，只要交15% ；公司申请的话费用较贵，但在部分地区可以享受政府补贴。个人申请的话不利于品牌宣传，公司申请有利于企业品牌宣传，利于后期融资。个人申请可以享受减免缓、在部分在区有政府资助；公司申请在部分地区可享受政府补贴、利于评优、申报高新技术企业、进行专利质押等等。从费用上看，似乎个人申请更好一些，但如果针对企业，从长远上看还是以公司名义申请更好（新创友知识产权）。
如果你自己有公司，建议还是以公司名义申请好一些，这样便于你的公司宣传、销售产品，对于你公司参加招投标更是有益无害。还可以用专利为公司增加无形资产，还可能质押贷款，好处多得是。如果你说的公司是跟别人合伙开的，那你就要注意啦：以公司名义申请，专利所有权是公司的，也就是你公司所有股东所有。以你个人名义申请，专利所有权是你个人的。法律上区别大着呢，一定要三思！
个人和公司申请的审查过程、申请时限 、申请难易度是没有差别的。个人申请归个人所有，与公司无关，职务发明由个人申请容易产生专利权属纠纷；公司申请权益归公司所有，无权属纠纷，在高新技术企业认定、公司上市做价方面比较易操作。个人申请如果经济困难的话可以享受减免，减缓前三年所交年费，只要交15% ；公司申请的话费用较贵，但在部分地区可以享受政府补贴。个人申请的话不利于品牌宣传，公司申请有利于企业品牌宣传，利于后期融资。个人申请可以享受减免缓、在部分在区有政府资助；公司申请在部分地区可享受政府补贴、利于评优、申报高新技术企业、进行专利质押等等。从费用上看，似乎个人申请更好一些，但如果针对企业，从长远上看还是以公司名义申请更好（北宏知识产权）。
个人和公司申请的审查过程、申请时限、申请难易度是没有差别的。个人申请归个人所有，与公司无关，职务发明由个人申请容易产生专利权属纠纷；公司申请权益归公司所有，无权属纠纷，在高新技术企业认定、公司上市做价方面比较易操作。个人申请的话不利于品牌宣传，公司申请有利于企业品牌宣传，利于后期融资。个人申请可以享受减免缓、在部分在区有政府资助；公司申请在部分地区可享受政府补贴、利于评优、申报高新技术企业、进行专利质押等等。从如果针对企业，从长远上看还是以公司名义申请更好
如果你自己有公司，建议还是以公司名义申请好一些，这样便于你的公司宣传、销售产品，对于你公司参加招投标更是有益无害。还可以用专利为公司增加无形资产，还可能质押贷款，好处多得是。如果你说的公司是跟别人合伙开的，那你就要注意啦：以公司名义申请，专利所有权是公司的，也就是你公司所有股东所有。以你个人名义申请，专利所有权是你个人的。法律上区别大着呢，一定要三思！