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（一）办公室负责科研院的文秘、机要、外事、保密、档案、信访和应急管理等工作；负责科研院重要文件的起草；负责科研院固定资产管理；负责指导和监督科研院后勤服务工作。（二）党群工作处（纪委办公室、工会办公室、离退休干部办公室）负责科研院的思想政治工作、精神文明建设和文化建设；承担党的组织宣传、纪检监察和工会、共青团、统战等工作；负责科研院对外宣传；负责科研院离退休人员管理。（三）科技处组织开展民航行业科技战略规划研究；编制科研院科技发展规划和年度科技项目计划并组织实施；负责拟订科研院科技政策和管理办法并组织实施；负责科研院科技项目管理、专项任务管理、科技服务、学术交流、科技成果奖励和转化工作；协助民航局组织科研项目计划书和科研成果的初审及组织民航协会科技进步奖的评审。（四）财务处负责拟订科研院财务制度并组织实施；负责科研院年度经费预、决算及日常财务管理；指导科研院各部门的项目预算、决算和经费使用，负责科研院及其下属单位财务资金管理和监督检查，实施会计委派制；负责科研院国有资产的财务管理；负责科研院固定资产投资计划管理；负责技术合同收入免退税业务和办理奖酬金提取手续。（五）人事处拟定科研院人事管理规章制度并组织实施；承担科研院干部人事、机构编制、劳动工资、培训教育管理工作；按照干部管理权限负责干部的考核与管理；负责博士后工作站的管理工作；组织科研院民航主体系列工程技术中级职务（资格）评审。（六）航空器适航研究所（发动机适航审定中心筹建办公室）协助民航局承担适航审定有关证件管理工作；按授权承办适航指令的颁发和管理，参与适航审定工作；承担航空产品适航和环保的有关规章、技术标准、审定要求、符合性验证技术和国际民航组织相关附件的研究，协助民航局开展相关培训、评估工作，提供相关技术咨询服务。（七）航空安保研究所（民航安全检查设备鉴定办公室）研究并协助民航局草拟民用航空安全保卫的相关政策、法规、规章和标准；承担航空安保运行流程和措施的设计、优化及评估；组织实施航空安保新技术的研发与应用，负责民航安检设备技术鉴定、定期检测和安防产品的质量监督检验；负责航空安保质量控制体系设计与评估，协助开展国家航空保安审计；负责航空安全员执照制作和信息管理，协助承担航空安保相关人员信息汇总和管理。（八）政策法规研究所研究国际国内航空法律、法规和方针政策；跟踪研究国际民航公约、条约及协定，并按授权草拟相关综合报告和提案；跟踪研究民用航空器权利登记制度，按授权承担民用航空器权利登记和航空器国际利益登记的相关工作；承担中国法学会航空法学研究会的日常工作。（九）标准计量研究所承担行业标准化及计量基础理论、管理方针和政策的研究；按授权审查国家和行业标准、计量检定规程项目的立项申请，组织、参加有关标准的审定、实施和监督检查；起草专项基础标准；组织或参与本行业有关的标准化技术委员会工作，负责与有关标准化国际组织技术交流；负责行业标准与计量检定规程的出版发行、宣贯、培训与技术咨询服务。（十）信息技术研究所（民航数字图书馆）跟踪分析行业信息技术发展趋势，承担行业信息化建设规划研究；开展民航信息化基础技术和应用研究以及技术咨询服务；建设管理民航数字图书馆，承担民航信息资源服务工作；负责科研院信息平台建设和管理。（十一）编辑室（《中国民用航空》杂志社）出版发行《中国民用航空》、《中国民用航空学报》、《空中交通管理》等杂志；承办民航局有关展览工作。（十二）后勤服务中心管理科研院所属物业，为科研院提供后勤保障服务。