1．4论文组织结构本论文分为五章，各章的内容安排如下：第一章绪论。介绍了本文的研究背景及主要工作，以及分子动力学模拟计算、高性能计算中并行计算技术的发展情况。第二章并行计算技术和分子动力学模拟的基础。本章内容是本文的主要理论依据。
分子模拟中静电力计算方法的研究.【摘要】：分子模拟是现今科学家们探索物质特性的微观机制与内在联系的重要手段,承担着沟通模型与理论、与实验的关键作用。.通过分子力场建模,人们可以设定分子内、分子间的化学键作用和非键作用。.其中被赋予了部分电荷的原子之间的非键且长程的静电作用因收敛缓慢、有效距离长,而常常占用着大量的计算时间、制约着模拟...
可控超分子组装的计算与模拟.【摘要】：对可控分子组装和解组装过程微观机制的理解，是物理化学、材料科学、纳米科学、生命科学等领域都非常重视且有挑战性的前沿课题。.本论文以研究可控分子组装和解组装的微观机制为内容，以量子化学、全原子分子动力学、粗粒化分子动力学及非平衡分子动力学模拟为手段，以分子体系的物理化学性质为基础，力图在分子...
通过计算模拟研究PPI的结构和功能,并设计新型的小分子先导物具有重要意义。本文对两种不同的蛋白-蛋白相互作用进行了计算机模拟,研究了影响相互作用的关键氨基酸残基;同时,通过生物电子等排体原理设计了一种新型的靶向p62-zz结构域的自噬抑制剂。
《量子化学与分子力学/分子模拟》第一章绪论struchem.nankai.edu分子模拟(计算化学)计算—基于量子化学化学反应过程(稳态及过渡态结构确定、反应热、反应能垒、反应机理及反应动力学等)化合物稳态结构（如中性分子、自由基、阴、阳离子
文档编辑软件.Notepad++：windows下功能强大的文本编辑软件；.vi/vim：linux下功能强大的文本编辑软件；.latex：写论文用，特别是公式比较多的时候，学习成本有点高，学会了很好用。.学习建议.不要看到列了一堆软件就吓到了，实际上有很多软件都很简单，安装上就会用，学习成本几乎为0（当然如果要擅长使用还是需要花个把小时摸索一下）.比如连接类软件（Mobaxterm,putty...
拿题目中提到的“分子模拟”为例，@张嘉兴说“分子模拟应该是属于计算化学的”，然而在我看来其实“分子模拟”不应该同“计算化学”相提并论，因为“计算化学”是一门学科，而“分子模拟”只不过是这门学科当中的一个“工具”而已。
分子动力学诱导拟合利用全原子模拟来增加或减少活性位点口袋的大小。诱导结合的配体的初始姿势能够通过将已知抑制剂对接到靶蛋白的口袋获得。可以在较低浓度配体存在的情况下进行MD模拟，其已被证实能够有效地探测构象空间和发现新的隐蔽口袋，随后进行实验验证。
分子动力学（MolecularDynamics，简称MD），是从经典物理的统计力学出发的计算方法，它通过对分子间相互作用势函数及运动方程的求解，分析其分子运动的行为规律，模拟体系的动力学演化过程，给出微观量（如：分子的坐标与速度等）与宏观可观测量
分子模型和计算机模拟是蛋白质折叠研究中的基础工具,本文使用一种简化模型进行蛋白质折叠热力学研究。由于目前常用的简化蛋白质模型大多以残基为单位对溶剂平均化简化,没有显式考虑溶剂效应,本文提出一种新的简化模型进行溶剂化扩展,并用此模型考察了溶剂对折叠的影响。