土壤中大肠杆菌的检测论文

1、根据研究设计选择具有代表性的土壤，确定采样地。了解该地区的生物气候等情况，确定采样时间，避免雨季采样。2、选择未经人为扰动的区域采样，耕地样品要在施肥前采集。3、采样时要对土壤、生物、气候等环境因子进行调查记录，如地形、植被、土壤剖面结构、土壤水热状况、酸碱度、有机质含量等、4、采样时所有工具、塑料袋或其他物品都要事先灭菌，或用采取的土壤擦拭。5、采样程序如下：除去地面植被和枯枝落叶；铲除表面1cm左右的表土；多点采取重量相当的土壤进行混匀，去除石砾等杂质后再取一定量土壤装袋；取样深度依照研究设计而定，在同一剖面中分层取样时，应在挖好剖面后，先取下层土样，然后再取上层土样，以避免上下混杂。

细菌在自然界中的分布 （一）土壤中的细菌 土壤中含有大量的微生物，土壤中的细菌来自天然生活在土壤中的自养菌和腐物寄生菌以及随动物排泄物及其尸体进入土壤的细菌。它们大部分在离地面10～20厘米深的土壤处存在。土层越深，菌数越少，暴露于土层表面的细菌由于日光照射和干燥，不利于其生存，所以细菌数量少。 土壤中的微生物以细菌为主，放线菌次之，另外还有真菌、螺旋体等。土壤中微生物绝大多数对人是有益的，它们参与大自然的物质循环，分解动物的尸体和排泄物；固定大气中的氮，供给植物利用；土壤中可分离出许多能产生抗生素的微生物。进入土壤中的病原微生物容易死亡，但是一些能形成芽胞的细菌如破伤风杆菌、气性坏疽病原菌、肉毒杆菌、炭疽杆菌等可在土壤中存活多年。因此土壤与创伤及战伤的厌氧性感染有很大关系。 （二）水中的细菌 水也是微生物存在的天然环境，水中的细菌来自土壤、尘埃、污水、人畜排泄物及垃圾等。水中微生物种类及数量因水源不同而异。一般地面水比地下水含菌数量多，并易被病原菌污染。在自然界中，水源虽不断受到污染，但也经常地进行着自净作用。日光及紫外线可使表面水中的细菌死亡，水中原生生物可以吞噬细菌，藻类和噬菌体能抑制一些细菌生长；另外水中的微生物常随一些颗粒下沉于水底污泥中，使水中的细菌大为减少。 水中的病菌如伤寒杆菌、痢疾杆菌、霍乱弧菌、钩端螺旋体等主要来自人和动物的粪便及污染物。因此，粪便管理在控制和消灭消化道传染病有重要意义。但直接检查水中的病原菌是比较困难的，常用测定细菌总数和大肠杆菌菌群数，来判断水的污染程度，目前我国规定生活饮用水的标准为1m1水中细菌总数不超过100个；每1升水中大肠菌群数不超过3个。超过此数，表示水源可能受粪便等污染严重，水中可能有病原菌存在。 （三）空气中的细菌 空气中的微生物分布的种类和数量因环境不同有所差别。空气中的微生物来源于人畜呼吸道的飞沫及地面飘扬起来的尘埃。由于空气中缺乏营养物及适当的温度，细菌不能繁殖，且常因阳光照射和干燥作用而被消灭。只有抵抗力较强的细菌和真菌或细菌芽胞才能存留较长时间。室外空气中常见产芽胞杆菌、产色素细菌及真菌孢子等；室内空气中的微生物比室外多，尤其是人口密集的公共场所、医院病房、门诊等处，容易受到带菌者和病人污染。如飞沫、皮屑、痰液、脓汗和粪便等携带大量的微生物，可严重污染空气。某些医疗操作也会液成空气污染，如高速牙钻修补或超声波清洁牙石时，可产生微生物气溶胶；穿衣、铺床时使织物表面微生物飞扬到空气中，清扫及人员走动尘土飞场也是医院空气中微生物的来源。室内空气中常见的病原菌有脑膜炎奈瑟氏菌、结核杆菌、溶血性球菌、白喉杆菌、百日咳杆菌等。空气中微生物污染程度与医院感染率有一定的关系。空气细菌卫生检查有时用甲型溶血性链球菌作为指示菌，表明空气受到人上呼吸道分泌物中微生物的污染程度。

细菌的检查结果分析：目前随着高通量测序技术的不断进步和测序费用的大幅下降，很多开展临床微生物基础研究或者临床应用的单位，可以通过全基因组测序快速检测出临床菌株中的抗性基因和毒力相关基因。当我们手上有大量菌株基因组序列数据的时候，可以通过泛基因组分析（Pangenomic analysis）更好地理解相应微生物的生物学、进化和传播的规律。对于生物医学数据而言，结果可视化是非常重要的，好的图形可以使研究人员快速了解基因组数据的整体信息和遗传变异位点的特征。这里，我们介绍一种图形比较工具，可以有效地将一个新测序完成的基因组（或者几十个新测序的基因组）与数据库中来自同一个菌种的所有基因组序列进行比较。这种情况比较常见，有的研究人员会对几个或几十个临床分离株进行测序，获得的基因组序列需要和几十或者上百个基因组进行比较和展示。CGView Comparison Tool （CCT）是一个可用于可视化比较细菌、质粒、叶绿体或线粒体基因组序列的软件包。CCT采用BLAST对一个参考基因组和数量不限的来自同一菌种不同菌株的基因组进行比较，并以圈图的形式把所有的基因组都展示出来，这个圈图可以显示序列特征、基因和蛋白质名称、基因的COG分类信息和序列组成特征。并且，CCT可以生成各种分辨率大小的地图，包括生成400百万像素适合海报展示的彩图或者期刊发表水平的美图。通常，基因组的比较可以在一个特定的物种或一个特定的属内进行，使用相应物种或者相应属中所有可用的基因组。此外，在这个图中我们可以非常灵活地展现感兴趣的遗传元件。下面我们展示一个具体的例子。作为查询的参考基因组是Haemophilus influenzae Rd KW20（于1995年第一个测序完成的细菌完整基因组），参与比较的基因组一共是6个。我们先做了一个核苷酸序列vs核苷酸序列的blast分析，然后绘制成一个圈图。在下面这个圈图中，从内向外的六个圈层代表6个流感嗜血杆菌菌株的基因组，这6个圈层每个圈层的颜色对应BLAST hit的同源性分数。最外面的两个圈层分别代表参考基因组正负两条链上的基因。大家看看，在参考基因组1500-1600 kb的区域，有一个大基因组岛，在6个被比较的基因组中都不存在。