把中文论文翻译成日语会查重吗

基本不会的，实在不放心可以在翻译的同时增加断句或重组句型以示区别。

照搬不太好吧，你用自己的话改改吧。

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论文里面写几个日文字不符合专业性，除非是专有名词。另外检测系统，比如paperbye这种系统是支持多语种检测的，日文是可以检测的。包括知网。建议你还是谨慎。