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xiaotian0001
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小北京西城

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论文标题:Transposition of native chromatin for fast and sensitive epigenomic profiling of open chromatin, DNA-binding proteins and nucleosome position 表观测序领域大牛William J Greenleaf和Howard Y Chang的经典之作,引用上千次的ATAC经典原文 通过加上adaptor的转座酶Tn5在原生染色质上的转座,实现快速、灵敏的表观基因组分析。ATAC-Seq应用一个很简单的两步法建库,细胞数可低至500个细胞(500–50,000 cells)。作者应用该技术发现了几类DNA结合蛋白:严格回避核小体的、勉强允许和核小体共定位的、倾向于和核小体共定位的。 高通量的表观测序技术,包括分别测定染色质可及性、核小体定位、转录因子mapping等。但先前的技术的明显缺陷是都需要几百万起始量的细胞,而且涉及较复杂的耗时的样本制备、建库过程,并不能探究到核小体定位、染色质可及性、TFmapping之间的相互作用。这些局限性带来了三个主要的缺陷: 本文作者利用ATAC-seq,成功鉴定了开放染色质区,核小体结合和无核小体的调控区,并用"footprinting"方法在B细胞系中推断出了DNA结合蛋白的location。 该技术最大的创新性就在于应用了Tn5转座酶的特性:该酶可以在体外与接头序列孵育,然后形成的复合物可以同时片段化DNA并给DNA片段加上接头。因为转座子本身有在体内整合进活性DNA调控元件的能力,所以作者推测在真核细胞核中Tn5可以把自己整合进开放染色质。ATAC-seq建库简单只需两步:转座+PCR,相比DNase-seq和FAIRE-seq的流程简单且回避了额外加接头纯化、解交联的损失。 数据的表现,与DNase-seq和FAIRE-seq进行比较: 不仅不同技术的可重复性好,不同批次ATAC-seq实验之间相关性也很高。另外作者还检验了不同细胞数的ROC曲线以及peaks recovery rate。 而且Tn5几乎是没有序列结合偏好性的:也就是在基因组上的insertion没有序列偏好 上图横坐标表示reads的碱基位置,其中0表示reads的起始位置,虚线是Tn5二聚体的对称轴。 接下来就是最经典的ATAC片段分布规律性了,呈现出核小体周期性(200bp),峰值对应200bp的整数倍。 图b展示的是class-specific enrichments:不同染色质状态(转录区、启动子区等)对应的片段分布各有其特点,比如promoter区的片段大小明显地分布在200-750bp,而CTCF则集中在小片段。因此可以通过ATAC-seq获得的差异片段分布来反映染色质不同states的accessibility fingerprint。 这些differential fragmentation patterns也和先验的知识一致:CTCF结合区总是富集小片段,而转录起始位点Tss则与周期性的单核小体、双核小体、三核小体长度片段有关。转录区和启动子侧翼区与多核小体大片段有关(说明这些区域的可及性相对Tss弱一些) 至于上面的注释是怎么实现的,一方面是参考了以前的注释数据和模型: ,一方面,作者应该是做片段长度分别进行了分选,分别做了注释。 另外作者发现转录抑制的、异染色质区域对应于多核小体大片段,而不会在短片段中出现,这也和这些区域的特性一致。 接下来作者进一步探索了核小体定位与开放染色质的关系。作者将片段长度分成几个区间,每个区间代表一个group的reads(分别来自open chromatin、span 1, 2 or 3 putative nucleosomes),拟合曲线在一个核小体以下为指数分布函数,多核小体则用混合高斯分布拟合。 作者应用一种算法实现了从reads的长度分布推断核小体位置(以nucleosome-free的reads作为背景(低权值,effective negative weighting),其他multinucleosome reads根据跨核小体数目进行加权,因为多核小体片段相对少,增加这部分的权值以展示nucleosome signal): 从上图中我们可以看出,结合ENCODE的CAGE数据(mRNA cap mapping),发现在两个tss之间有一个单核小体峰。和MNase相比较ATAC-seq明显在调控区分辨核小体的表现更好。 对所有活性tss的信号取平均,可以发现tss集中在nucleosome-free区,而其侧翼序列则对应nucleosome signal: 不过ATAC检测的更多的还是nucleosome-free区域,所以二核小体、三核小体。。。的信号随之下降,这和MNase表现相反: 比较上图d发现,相比远端调控序列(distal elements),tss主要富集NFR(nucleosome-free)而前者更多的是nucleosome-rich 这里作者利用了ChIP-seq的TF footprint数据,比较了其不同TF的binding pattern和来自ATAC-seq的核小体分布数据,并对TF的binding pattern按照距离最近的二分核小体(dyad,核小体的一半)的距离进行层次聚类: 可以按照与核小体的关系把TF分成四类: ‘footprint’的意思就是DNA结合蛋白结合在DNA上的区域会受到保护不被Tn5转座。所以这种区域在ATAC-seq中经常是一个中间空缺的双峰,而在ChIP-seq中是中心的单峰,以CTCF为例: 正如正文开头概述里提到的,ATAC-seq实现了 factor occupancy, nucleosome positions in regulatory sites, and chromatin accessibility genome wide的整合分析,而且大大减少了对细胞起始量的要求,这将使得该项技术能够应用到更为广泛的生物学研究中。 Transposition of native chromatin for fast and sensitive epigenomic profiling of open chromatin, DNA-binding proteins and nucleosome position:

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芯是酸的

##职业技术学院毕业论文题目:散棉纤维活性染料染色。院系:轻工分院专业:现代纺织姓名: # # #指导教师:张惠莉二零一二年五月摘 要经过本人实习在石河子华孚纤维有限公司,工艺调色岗位的半年学习里,在华孚基层领导及工艺师傅们的帮助与指导下,本人对染整工艺有一个细致的了解和总结,本文结合自己在华孚工艺调色岗位半年的学习,主要介绍了棉花的性能与品质,活性染料性能,以及散棉的染色原理,经过活性染料的性能与散棉的结合如何达到合格的半成品,为了进一步满足品种的多样化和色泽鲜艳度以及各种牢度的需求,需要对散棉进行前处理、染色、后处理、固色上油等工序,活性染料具有染色方便,色泽鲜艳,色谱齐全,匀染性能好,湿处理牢度稳定等优势,华孚公司采用的是散棉先染色后纺纱,公司领导介绍说,对散棉先进行染色后纺成纱线,即达到环保要求,把排污量降到最低,又可对市场所需流行的颜色有很好主动性,能够根据市场需要,及时对纱线的纤维色比组合以及颜色的色系调整,这样方能得势市场和满足消费者需求的多样化!关键词:散棉纤维、染色、活性染料、质量。目录第一章.散棉纤维、活性染料性能与散棉纤维的染色原理散棉纤维的性能活性染料的性能和散棉纤维的染色原理散棉纤维的染色原理第二章.散棉纤维染色工艺染色工艺流程染色工艺第三章.散棉纤维染色出现的质量问题分析染色中产生的色花、色差、缸差的原因对染色中产生色花、色差、缸差所采取的措施结束语致谢第一章.散棉纤维、活性染料性能与散棉纤维的染色原理散棉纤维的性能棉纤维是属于一种天然纤维素纤维,它具有手感柔软、吸湿性好的优良特点也是市场主导纤维之一,棉花的常规质量指标主要有:长度、棉细度、强度、成熟度、含水、含杂、色泽,轧工质量等。散棉染色或漂白时,需要根据棉花的品质性能,来决定所用的染化料助剂配方用量,和跟棉花及所用染料相对应的染色工艺曲线。棉花的成熟度、色泽、轧工质量分为7个品级,即1~7级,3级为品级标准级,用于散棉染色的棉花最好优于3级以内,也就是华孚染色用棉时常分的3个A、B、C棉细度,A细度棉染色效果最佳。染色用棉时应选择马克隆值(成熟度和细度)适中的棉花,其纤维的成熟度较高,天然扭曲多,有助于纤维间的抱合,强度和弹性好,染色上色率一致,匀染性好,相对后续成纱质量也较好。马克隆值过低的棉花成熟度比较差,染色性很差,染色时上染率很低,上色不均匀,容易产生色花。活性染料的性能活性染料的性能主要包括有,溶解性、直接性、扩散性与反应活跃性四大要素。(1) 溶解性:品质好的活性染料应有良好的水溶性,染料的溶解度和配置的染液浓度,与选用的浴比大小,加入的助剂量,化料时的温度等因素有关。(2) 直接性直接性是指活性染料在染色过程中,被纤维的吸收能力和上染率,染液是通过浸染,以染色助剂辅助转移到纤维之上。(3) 扩散性:扩散性是指染料向纤维内部的移动能力,温度与时间有利于染料分子的扩散,染色过程中扩散系数越大,反应速率和固色率也越高,匀染性和透染程度也越好。(4) 反应活跃性:是指在染色过程中,染料和纤维间产生的反应与结合。染料的反应活跃性也取决于棉花的品质和染色时的温度、时间与PH值等因素。散棉纤维染色原理散棉纤维染色原理,是通过不同纤维的性能与纤维的品质,染料与助剂,设备与工艺几大要素相结合。石河子华孚采用的是染液浸染泵力穿透循环式染色。染色前需对纤维的品质性能进行检验,根据纤维的品质,来调出工艺配方以及制定工艺曲线,对纤维的检验,主要也就包括棉纤维的长度、棉细度、强度、成熟度、含杂率、色泽度等指标。进行染色时,所用染料与助剂,是指根据所需要染的颜色与棉花的品质指标,来决定染色时的配方以及助剂的用量。设备是指染色采用的染色机,散棉染色设备一般采用的是敞口式染缸,由主缸、副缸,染笼组成。设备原理是染液通过泵力对棉花的穿透循环。工艺是指染色生产时所用的工艺,所用工艺是根据棉花的品质,染料的性能,所要染的颜色,所用的染化料助剂,所需要的温度曲线等,制定出的整个染色工艺要求。第二章.散棉纤维染色工艺染色工艺流程生产车间根据每日排单计划安排,将所要投染的纤维均匀的装入染笼内,调入染色机中,通过漂白或染色处理,将原棉纤维加工为漂白棉或色棉,具体生产工艺工序流程依次为:配棉→装缸→入染(包括染色过程中的后处理,固色上油)→脱水→烘干→打包→品质检验。染色工艺散棉染色工艺依次工序为:精炼前处理(煮棉)→染色→后处理(水洗、PH中和、皂洗、热洗水洗)→固色上油。(1) 精炼前处理:天然散棉纤维中存在有较多的油脂蜡质,果胶等杂质,纤维较黄,渗透性也差,为了使棉花有较好的吸水性,以利于在染色中,染料的吸附、扩散,需要对棉花进行煮棉处理,以去除纤维表面的油脂蜡质,果胶等杂质,对棉花的煮练是根据所要投染的颜色,所使用的精炼剂,或者其他煮棉助剂,选择最佳温度和时间进行煮练。精炼后棉花纤维表面较为洁净,吸水性好,且在后续染色中,染液能迅速均匀的渗透其纤维内部,达到和提高染色质量的目的散棉煮练工艺: 1℅ 煮棉剂 70℃×25′ ↓ 排水(2) 染色:把前处理好的棉花,对将要染的纤维重量和颜色,进行配染色所用的各种染化料助剂,根据染化料助剂的性能和所要染的色系,来制定染色的温度与时间。首先把配好的染料,在副缸放水进行搅拌溶解,溶解充分后加入主缸染棉中,染料在染棉中循环10~20分钟后,每10分钟一次分3次,依次加入1/7,2/7,4/7的元明粉。元明粉加完根据所染颜色进行升温,温度的高低标准是根据所染颜色和所用的染料来定的,活性染料通常有60度,80度,85度,95度等染色温度。在达到染色温度要求后,每10分钟一次分3次,依次加入1/7,2/7,4/7的碱。碱加完后,根据颜色的要求来决定所需保温运行时间。保温运行时间结束后,染色也随着排染液而结束进行下到工序。 散纤维染色工艺曲线 : 1∕7 2∕7 4∕7 60℃ ↓ ↓ ↓ 60′ 染料 1∕7 2∕7 4∕7 1′×1℃ 每10分钟加一次碱35℃↓ ↓ ↓ ↓ 排染液 每10分钟加一次元明粉(3) 后处理:染色后有大量染液浮色,盐碱等物质沾附于纤维表面,需要通过充分水洗,过酸中和,加入皂洗剂皂洗,热洗,水洗,来去除纤维表面浮色与盐碱等物质。水洗次数,中和与皂洗的温度、时间,酸和皂洗剂的用量,是根据酸和皂洗剂的浓度和性能,所染颜色,所用的盐碱用量来定的,其后处理目的,就是为了达到染色所需颜色的各项牢度质量指标。散纤维后处理工艺曲线: 一次水洗 二次水洗 三次水洗 50℃×15′ ﹪酸中和 95℃×15′ 水洗 95℃×10 ′ 80℃×10′ ﹪皂洗剂 热洗 热洗 一次水洗 二次水洗 三次水洗 水洗次数和使用的温度与时间根据颜色深浅而定,以上是深色使用曲线(4) 固色上油:中和、皂洗、清洗工艺结束后,纤维表面仍有浮色很难洗除,所以需要通过固色剂来加以改善,把上染的颜色牢牢固住,使其不掉色。固色剂多为高分子螯合物,它能在纤维表面形成保护膜,使染料和纤维紧密结合,达到各项牢度指标要求,它的牢度指标要求包括有:水洗牢度,干、湿摩擦牢度,日晒牢度,汗渍牢度,沾色牢度等等。因为此前经过煮棉、染色、皂洗,纤维表面的蜡质被破坏,造成手感很硬,固好色后,同时需要上油剂柔软、抗静电处理,来加以改善纤维的手感和后续纺纱的可纺性。固色剂,柔软油剂,抗静电剂的用量,与使用的温度和时间,是根据颜色的深浅而定。散纤维固色工艺曲线 ﹪柔软剂 1℅抗静电剂 50℃×10′ 5′ 10′ 2﹪固色剂 排水双氧水漂白工艺曲线:水洗一次 1﹪片碱 8﹪双氧水 95℃×60 ′ 水洗一次 50℃×10′ 50℃×10′ 水洗一次 1﹪酸中和 ﹪保险粉 以上是本人在华孚工艺调色岗位,半年学习期间用到的染色工艺曲线第三章.散棉纤维染色出现的质量问题分析染色中产生的色花、色差、缸差的原因(1)染色中产生的色花主要问题有:装笼时,棉花的装笼不均匀,所投入棉笼里的棉块时大时小,或者是装笼重量超负荷使棉饼的密度太大,导致煮棉或染色时染液不易渗透。煮棉时,加入的助剂用量不够,或者是煮棉温度与时间没到位,产生棉煮不透或煮不均匀。染色时,化染料的时间或温度没到位,导致染料未得到充分溶解就加入染缸进行染色。主缸染液浴比太少或泵力压力太小穿透循环不均匀。加入的元明粉和碱的用量未按时按量,使上染不稳定或上染不均匀。过酸时中和时间或温度没到位,导致中和不均匀。皂洗时,所加入的皂洗助剂不匀,或温度升温过快,导致纤维与温度的结合反应过大,固色上油时,加入的固色剂不均匀,使棉与固色剂接触不匀,或者是浮色为洗干净就进行固色,一般固色时出现的色花表现在棉饼的中心,也就所谓的笼芯,以上每个环节都是染色时产生色花的致命因素。(2)染色中产生的色差,缸差的主要问题有: 缸与缸所用的染料有出入,一般染料的出入误差,出现称料员或者称料所用的电子秤,称染料重量不一致或者是称料的电子秤计量失真,导致染出色棉出现缸差,染料重量不一致的缸差,最终是导致色棉缸与缸之间的深浅不一致。装笼工在装棉饼时,缸与缸的重量装的不一致,重量有多装或少装,导致深浅上的色差和缸差,煮棉时的温度和时间缸与缸的偏差,染色时的所用染液浴比大小,缸与缸的不一致,所加入的染色助剂或元明粉和碱时间不一致,保温运行时的温度与时间不一致,中和,皂洗时,加入的用量不一致或温度与时间不一致等等。以上每个环节,不管是人为的因素或设备的误差,均可导致出缸色棉的色差和缸差。对染色中产生色花、色差、缸差所采取的措施(1)对染色中产生的色花所要采取的措施主要有:在装笼时,装笼棉花要均匀,投入棉块大小要一致,对装笼的密度进行合理调节。煮棉时,加入的煮棉精炼剂用量,温度与时间要到位。染色时,化染料要充分溶解,主缸染液浴不能太少,染缸主泵的泵力不能过小,加入的盐碱用量要按时按量不可随意性,过酸中和时间和温度要到位充分,皂洗时的温度要控制好,不能升温过快,避免升温过快导致棉与温度的结合反应过大,固色上油时,对固色剂要充分稀释均匀的加入。以上每个环节在染色过程中都是控制色花的重要点。(2)对染色中产生的色差、缸差所要采取的措施主要有:对缸与缸所用的染料重量误差要减到最小,浅色重量误差不得超过2克,深色用量不得超过10克,需经常对计量电子秤进行标准砝码校正,控制好装笼的重量误差,缸与缸的重量误差不得超过5公斤。煮棉时的温度与时间缸与缸要一致。染色时的染液浴比大小要保持一致,染色时所用到的染色助剂,或元明粉和碱的用量要一致,按时按量的加入。保温运行时的温度与时间要一致。中和,皂洗时加入的用量,温度和时间缸与缸要确保一致。以上的这几个环,如果控制把握得当,均能减少色差和缸差的出现。结束语:三年的大专生活一转眼就这样已走入了尾声,我的校园生活同时也就要划上句号,而我的人生却只是一个逗号,从这里走出,我心无比的不舍和眷恋,不过随着校园生活的结束,对我的人生来说,恰恰只是我踏上社会的第一步,也是我人生道路一个新征程的开始。我要把所学到的知识应用到实际工作中去,这样才不会辜负老师们的教诲和父母的期望,同时也是去实现我人生价值的一个体现。回首这三年,生活和学习中有快乐也有艰辛。感谢老师这三年来,孜孜不倦的教诲和对我成长的关心与爱护。 三年了仿佛就在昨天,学友情深,情同姐妹。这三年校园的风风雨雨,我们一同走过,充满着关爱和欢乐,只是今后大家各奔前程,很难有机会像以前一样一起学习,一起打闹了。希望大家都能在这社会上活出自己的精彩,活自己的价值。这三年的相处,将给我留下太多值得珍藏的最美好的记忆。经过在石河子华孚纤维有限公司,调色工艺岗位的半年学习和工作中,通过我对工作的认真和刻苦学习,我终于完成了我的《实习论文》,里面记录的都是我这半年所学到所了解的染整知识,虽然我的实习论文写得不是很华丽或者还有很多不足之处,但我可以很自豪的说,这里面所记录的都是我从离开学校到工厂实习半年的汗水和劳动。致谢:在这里我首先感谢我的父母,在我的十几年求学历程里,离不开父母的鼓励和支持,是他们辛勤的劳作,无私的付出,为我创造良好的学习条件,才能顺利完成我的学业,感激他们一直以来对我的抚养和培育,今后我会更加努力的学习和工作,不辜负父母对我的殷殷期望!我一定会好好孝敬和报答他们。我衷心感谢校方各级领导,你们的严谨、细致,认真的态度,以及一丝不苟的作风,是我今后人生和工作中学习的榜样,同时也特别要感谢张惠莉老师,感谢她这三年来的教导和爱护,我不是您最出色的学生,而您却是我最尊敬的老师。您治学严谨,学识渊博,思想深邃,视野雄阔,为我营造了一种良好的精神氛围。是她在我毕业和在工厂实习的最后关头,给了我们巨大的帮助与鼓励,在此表示衷心的感激。老师们认真负责的工作态度,严谨的治学精神和深厚的理论水平都使我收益匪浅,这三年的成长将是我以后工作和学习的一笔无形财富。同时也感谢石河子华孚纤维有限公司,给了我结束学业前实习的一个平台,感谢公司的领导和对我帮助与指导的师傅们,在工作中和生活中是你们对我认真的指导与爱护,让我能够顺利完成的我实习论文。

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