文献管理和论文写作

word强大的文字处理功能，广泛用于文字性较多的排版，如图书排版、说明书排版。 word2007 中引入了Word Reference Builder的特性，其管理引用文献的功能和EndNote是相互竞争的。但目前Word2007的Reference管理功能还不是很成熟(1) Reference引用和输出格式可调整性还比较差，citation的模板也比较少(2)不能和SCI、EI等文献检索机构实现互联(3)不方便在阅读 referenced paper的同时，整理读书笔记以及关联pdf文档。 所以在以后一段时间内，还是推荐使用EndNote来做自己的文献索引和bibliography的管理。下面step-by-step介绍如何将EndNotes X作为add-in和Word2007整合： 在Word2007里，用alt+F打开File菜单，然后点击“Word选项”按钮 在弹出的“Word选项”对话框里，在左侧区域选择“信任中心”。然后在右侧区域点击“信任中心设置”按钮 在弹出的“信任中心”对话框里，在左侧区域选择“受信任位置”。然后激活右侧区域里的“...\Microsoft\Word\Startup Word 2007默认位置：启动” 注意这个路径就是用来放置word启用时加载的那些add-in的地方。记住这个url。并在explorer里打开它。 关闭所有正在运行的Word, Outlook 等office组件 再用一个explorer,导向到EndNote X的安装目录，如C:\Program Files\EndNote X 从到EndNote X的安装目录下，找到文件EN10CWYW.dot和EN10Cwyw.WordXP.wll。 将这两个文件拷贝到step 4打开的word startup folder。 启动Word2007。在Add-in加载项菜单里就可以看见EndNote X的工具栏了。 如果觉得EndNote自带的Connection和Template还不够丰富，可以到如下链接去下载 文章链接：EndNote使用简介 文献管理和论文写作的利器！虽然讲的是7.0的使用，对8.0的变化也不大 EndNote 简 介 Endnote 由Thomson Corporation下属的Thomson ResearchSoft 开发。 Thomson Researc hSoft是以学术信息市场化和开发学术软件为宗旨的子公司。Thomson Corporation总部位 于美国康涅狄格州的Stamford。 Endnote的功能 一、在线搜索文献：直接从网络搜索相关文献并导入到Endnote的文献库内 二、建立文献库和图片库：收藏，管理和搜索个人文献和图片、表格 三、定制文稿：直接在Word中格式化引文和图形，利用文稿模板直接书写合乎杂志社要求的文章 功能一 在线搜索文献 Endnote利用Z39.50信息获取协议可以方便进入全世界绝大多数的文献数据库，并将连接和搜索这些数据库的信息用“Connection Files”的形式储存起来直接提供给使用者。 Con nection Files的设置可以自己创建或修改 搜索过程： 1.进入Endnote7.0，从“Tools”菜单下点击“Connect” 2.出现“Choose A Connection File”对话框，选定数据库，点击“Connect” 3.按照布尔逻辑设定搜索词，点击“Search” 4.出现搜索结果，存入指定的文献库 提示： 1.通过点击“Find” 进行查找设置可以提高对某一类型数据库的查找效率 2.很多数据库需要输入帐号和密码 3.“ Save Search”可以保存搜索设置；“Load Search”可以导入已保存的搜索设置；“ Add Field” 和“Delete Field”分别添加和删除设置栏 功能二 管理库内文献 一、导出文献 EndNote库内的文献可以以4种格式导出：Rich Text Format (RTF), HTML, XML, 和 plain text documents（TXT）。从而创建独立的文献集或者创建可以导入到其他数据库的参考文献。导出的文献样式由当前样式决定，当前样式可以从“Edit”菜单下的“Output Styles”或者工具栏上的样式下拉框选定。 导出步骤： 1.选定要导出的文献库 2.按照自己的要求排列文献的顺序 3.选择合适的文献样式 4.从 “File”菜单下点选“Export”. 6.出现导出对话框，选择要保存的文件格式.rtf .html .XML .txt 和文件名 7. 保存 注意: 如果文献库内有图像的话，图像将不会随之导出。只能另外粘贴。 二、导入文献 EndNote可以将不同来源的文献导入到已存在的库内或新建的库中： A. Online searching： 即通过EndNote直接进入网上数据库查找和获得文献 B. Direct Export：很多网络数据库如MEDLINE、Pubmed、CSA等都支持将自己选择的文献 以EndNote可识别的格式下载 C. CD-ROM：将CD内的文献转换为文本格式以后通过滤镜导入 滤镜：滤镜用于导入网络数据库、CD-ROM和任何含有能够说明文件内信息的标签的文本文档。实际上“Connection files”里也含有滤镜。滤镜的功能是在导入时使EndNote能够解读常规的数据资料，相当于一个解读器。它将文献资料内的信息投射到EndNote 相应的信息域。由于每个特定的数据库都是由供应商以各自的数据组织方式提供的，因此即使供应商相同，每个数据库都需要一个特定的滤镜，不能混用。EndNote自带的滤镜已经经过设定，可以导入相应数据库的资料。使用者也可以编辑滤镜或新建以适应新的数据库或者自用。 文本文献的导入过程： 1. 创建EndNote可以导入的文本文件：文件必须是“标注格式（Tagged Format）”的.txt文档，即不同的信息必须以特定的标注（如Tab键、//等记号）分隔归类，每一个标注及其后面的信息都另起一行。自己创建相当麻烦。多数数据库支持将其数据资料转换为Tagged格式。如何转换见滤镜选择对话框下面的“Comments”内容或者“帮助”里的“ImportFormat”。如Pubmed的文献转换为： PMID- 15492285 OWN - NLM STAT- In-Process DA - 20041019 IS - 0008-5472 VI - 64 IP - 20 DP - 2004 Oct 15 TI - CC chemokine ligand 25 enhances resistance to apoptosis in CD4+ T cells from patients with T-cell lineage acute and chronic lymphocytic leukemia by means of livin activation. PG - 7579-87 AB - We investigated CD4 and CD8 double-positive thymocytes, CD4(+) T cells from typical patients with T-cell lineage acute lymphocytic leukemia(T-ALL) and T cell lineage chronic lymphocytic leukemia (T-CLL), and MOLT4 T cells in terms of CC chemokine igand 25 (CCL25) functions of induction of resistance to tumor necrosis factor alpha (TNF-alpha)-mediated apoptosis. AD - Department of Immunology, and Laboratory of Allergy and Clinical Immunology, Institute of Allergy and Immune-related Diseases and Center for Medical Research, Wuhan University School of Medicine, Wuhan, Republic of China. FAU - Qiuping, Zhang AU - Qiuping Z FAU - Jei, Xiong AU - Jei X FAU - Youxin, Jin AU - Youxin J LA - eng PT - Journal Article PL - United States TA - Cancer Res JID - 2984705R SB - IM EDAT- 2004/10/20 09:00 MHDA- 2004/10/20 09:00 AID - 64/20/7579 [pii] AID - 10.1158/0008-5472.CAN-04-0641 [doi] PST - ppublish SO - Cancer Res 2004 Oct 1564(20):7579-87. 2. 点选“File”菜单里的“Import”，出现Import对话框 1) 点击“Choose File”选择要导入的文献数据 2) 选择“Import Options”下拉菜单里各项： EndNote Library: 将EndNote的一个文献库导入到另一个文献库。映像不会随之转移，导入完成过后需要将该映像文件拷贝到新文献库内。 EndNote Import: 将从网络数据库下载或从EndNote导出并转换成EndNote格式的文本导入到新的EndNote文献库。 Refer/BibIX: 将从Refer 或 BibIX程序导出的文本导入到EndNote ProCite: 将从ProCite 导出的文本导入到EndNote Tab Delimited: 用于导入信息域已经被跳格键（Tab）分隔的文本 Reference Manager (RIS): 可导入从Reference Manager, Reference Update, Referenc e Web Poster 和其他任何RIS 格式资源导出的文档。用EndNote 也可以打开Reference Manager 的文献库。 ISI-CE: 导入来自于ISI数据资源的文本文档 Multi-filter (Special): 用于导入含有不同来源文献的文档 EndNote generated XML: 用于从EndNote导出的XML 格式的文件 Other Filters: 进入“Choose A Filter”对话框看到EndNote自带的大量滤镜，对应于不同的网络数据库。记住每个数据库都需要一个特定的滤镜，即使供应商相同也不可混用。 Use Connection File:可以将一个connection file作为滤镜。当用EndNote的Connect命令搜索某一数据库时会生成Connect.log文件，将此文件导入成文献库数据。该Connect.log 应该包含all references from your previous session。 3) 选择“Duplicates”下拉菜单： Import All:导入所有文献，包括与目的库内有重复的文献 Discard Duplicates: 导入文献时剔除与目的库内有重复的文献 Import into Duplicates Library: 导入文献到目的库，但将所有重复文献放入一个名为“File-Dupl.enl”的库中，“File”是目的库的库名。使用者可以在稍后浏览这些文献或者合并两个库。 4) 选择“Text Translation”菜单：通常选择“No Translation”，只有机读目录(美国国会图书馆发行的磁带版图书目录，即MARC格式)的文档选择“ANSEL” 5) 点击“Import”导入文献。 只有最新导入的文献会显示在当前库内，要查看新旧所有文献，单击滑鼠右键的后点击“Show All References”。 三、编辑库内文献 大多数EndNote的文献管理指令只针对当前显示在库内的文献，对隐藏的文献无效。首先选取库内感兴趣的文献，EndNote支持使用Ctrl和Shift键选取多个文献。接下来的操作与Word相似。 1 显示和隐藏文献：在“References”菜单或滑鼠右键菜单内点击“Show Selected References”、“Hide selected References”或“Show All References”，可以仅显示所选文献或隐藏所选文献，或者显示所有文献。 2 在库内查找文献：在“References”菜单或滑鼠右键菜单内点击“Search References” ，出现检索栏，选择检索项，输入检索词，点击“Search”获得结果。 3 添加删除文献：copy、cut、paste、输入新文献 4 编辑修改文献 5 对文献排序 6 改变文献显示的样式 7 在库内文献中加入图片、表格和其他映像文件 8 查找重复文献 四、合并文献库 1 将一个文献库内的文献导入到另一个库：按照文献导入步骤，只是要在“Import Options”下拉菜单中选择“EndNote Library”。在导入之前最好将源库和目的库都做好备份，以防数据的改变带来不利后果。映像不会随文献导入到新库中，必须将保存在源库的.DATA文件夹内的映像文件拷贝到目的库的.DATA文件夹里。 注意：如果从当前文献库内导入文献到目的库，被导入的文献将只会是当前库内显示出来的文献，隐藏的文献不会被导入。 2 拖拽：在源库中选定要转移的文献，直接用滑鼠左键托拽文献到目的库。同样，操作前应备份。 3 拷贝和粘贴：在源库内用“Copy”命令拷贝文献，在目的库中用“Paste”粘贴。同样，操作前应备份。 注意：备份是又必要的，尤其是当你在用EndNote书写文章时，插入引文的记录号直接与库内文献关联。一旦库内文献改变了，文献记录号也会改变，很有可能影响到文章里插入文献的正确性。 功能三 利用EndNote7.0写文章 EndNote在安装时可以自动整合到Word 97、2000、XP中，使用者可以简单轻松地将EndNote7.0的库内文献加入到Word文档里，进而格式化引文形成合乎杂志要求的引文样式。另外EndNote7.0提供各种文稿的模板，写文章实现了流水线模块化。 注意：最好先安装Word后再安装EndNote7.0，反之有可能不整合。解决办法是重装EndNote7.0。 文稿模板：EndNote 提供了大量合乎各种杂志要求的稿件模板，收集在“Templates folder”里，写文章时选择合适的模板可大大简化写作过程。文稿模板经过了格式化，对页边距、标题、行距、首页、摘要、图形位置、字型字号等都做了规范。 用模板书写文章的流程： 1. 打开模板：从EndNote里打开:点击“Tools”下拉菜单里的“Manuscript Templates”后选择模板； 或者从Word里打开：“新建” “通用模板” “EndNote” 选择模板。 2.模板在Word里打开后，出现“Template Wizard” 3. 依次填写“Template Wizard”所要求的信息，Template Wizard会将其转入到文章合适的位置。 4.填写完后点击“Finish”，进入Word里的模板。 5.按照版式填写。 “Cite While You Write”是EndNote7.0里与Word整合的元件，可以直接从Word的“工具”菜单里找到和使用。 “Cite While You Write”里的选项： 1.Find Citation(s): 用于打开“EndNote Find Citations”对话框搜索和插入库内文献，其搜索方式是“任何字段”式的。 2. Go To EndNote: 打开EndNote 3. Format Bibliography: 对引文样式进行格式化。格式化就是将当前临时的引文转化成一定格式的引文，同时在文章结尾处自动生成引文列表。在缺省设置时即时格式化（“Instant Formatting”）是启动的，随时对插入的引文进行格式转换。引文的输出样式设置可以自己修改。 4. Insert Selected Citations: 插入在已经打开的EndNote 文献库内所选定的文献。一次最多插入50篇。 5. Edit Citations: 打开“Edit Citation”对话框编辑引文。例如省略作者和年代、添加前缀后缀等。 6. Insert Note: 添加注释（自己定义的引文） 7. Edit Library Reference(s): 在Word 里选定引文所在位置后利用本命令进入EndNote自动打开相应文献和编辑。 8. Unformat Citation(s): 对一个引文或所有引文去格式化，即恢复到系统缺省的临时引文格式（只含有作者的last name、年代和文献记录号）。 9. Remove Field Codes: 去掉文章里所有的EndNote域代码后生成一个新的文件，此时已经格式化的引文和引文列表都以文本的形式存在（之前是域）。这利于投稿。 10. Export Traveling Library: 将文章里引用的文献导入到EndNote建立成一个新库。 11. Find Figure(s): 在EndNote库内寻找带有映像（即图表或附件）的文献，将该映像插入到文章里光标所在位置，形成文内图表。 12. Generate Figure List: 对文内映像重新计次序。当前输出样式决定了映像是紧跟在文中段落后还是位于文章结尾。 13. Cite While You Write Preferences: “Cite While You Write”参数设置。 一、怎样加入引文 1.在Word里将光标移到想加入文献的位置 2.找到和插入想加入的文献： （1） 方法一：从Word的工具栏里进入“EndNote 7.0”子菜单选择“Find Citation(s)”，出现“EndNote Find Citations”对话框。输入要查找的文献字段，点击“Search”。出现检索结果后点选要引用的文献，点击“Insert”，引文即插入到Word文件里。 （2） 方法二：从Word的工具栏里进入“EndNote 7.0”子菜单选择“Go To EndNote”，进入EndNote7.0，打开文献库，点选要加入的文献，回到Word，进入“EndNote 7.0”子菜单选择“Insert Selected Citation(s)”。也可以把选定的文献直接拖到Word里或者在EndNote里Copy，在Word里粘贴。 注意：在缺省设置状态下“Instant Formatting”即“立即格式化”是启动的，每次加入的引文会立刻转换成相应格式，同时在文章结尾自动加上文献列表。 如果“立即格式化”未启动，引文则保持临时引用格式即{第一作者，年代＃记录号}，文章结尾也没有文献列表产生。 3.所有引文加入完成以后，从Word的工具栏里进入“EndNote 7.0”子菜单选择“Format Bibliography”，进入“Format Bibliography”对话框。点击“Browse”选择合适的杂志类型，点击“确定”，EndNote会扫描整个文章将引文转换成该杂志要求的格式。 4.编辑引文（基本不用，没事不要瞎改）：对引文的编辑只能在引文格式化之后进行，否则系统会提示找不到可编辑的引文。在引文格式化以后，从Word的工具栏里进入“EndNote 7.0”子菜单选择“Edit Citation(s)”，出现“Edit Citation”对话框，进行编辑。 编辑后要重新格式化才会保存所作更改。 Exclude Author: 省略所选引文的作者 Exclude Year: 省略所选引文的年代 Prefix: 给引文加上前缀 Suffix: 给引文加上后缀 Pages: 给引文加上页码，在文章内以“@页码”的形式出现在临时格式里 上下箭头: 改变引文的顺序 5.在已经格式化的文章里可以继续加入引文，加入以后重新格式化，EndNote会对引文重新排序和整合。如果该处原有多个旧引文，EndNote只能在旧有引文之前或之后加入新引文，而不能在旧引文中间加入新引文。 注意：对已经格式化的引文，Word里会保持其域代码，此时即使在EndNote的文献库里删除了相应文献，也不会影响到文章。但未格式化的引文只是占位符，不含域代码，如果文献在库里删除了相应文献，EndNote就会找不到文献信息。 二、怎样加入注释 一些杂志（如Science) 要求在文章结尾加上注释，加入的注释会和引文一样被编号，进而按照出现的顺序出现在文献列表里，也就是成为文献列表的一部分。 注意: 只有在以“编号样式（numbered style）”格式化过的文章里加入注释才是有意义的，否则注释只能以全文本形式出现在文章里。 加入步骤： 1. 在Word里将光标移到想加注释的位置 2.从Word的工具栏里进入“EndNote 7.0”子菜单选择“Insert Note”，出现“EndNote Insert Note”对话框 3. 写入注释，字数不限 4. 点击OK。注释以临时引文的格式出现在相应位置 5. 再次格式化文章，你会看到在文章加入注释的位置出现数字标号，在文献列表里会出现注释的内容注释同样可以用“Edit Citation”编辑，方法同前。 注意：加入的注释只能是文本，而且注释里不能出现临时引文格式所用的定界符。

文献的管理在下载了上百篇文献之后，文献的管路就成了一个问题。就像十个八个人的小公司，老板一个人可以兼职财务、人事、市场等多重角色，而上百上千人的大公司，其中任何一个角色，都足以让你忙的焦头烂额。这个时候，专业人士能够轻松处理让你手忙脚乱的杂事。对于文献管理，Endnote就是这样一个专业人士，能够有效地把庞大的文献有效地组织起来，给你提供全面的信息，作者、期刊、年份、题目、卷期页码，以及摘要等信息。有些期刊在投稿时要求提供DOI，Endnote也能做到。Endnote在文章编排中的作用是巨大的，是综述写作、论文写作、书籍写作的必备（其他文献管理工具也不错，Reference Manager，Biblioscape，Note Express等）。它的使用方法见王超的《ENDNOTE使用方法，常用！》。虽然电子版很方便，我还是倾向于阅读用纸版。一是看电脑屏幕时间长了，眼睛疼，大脑容易木化，陷于僵滞的状态；二是多动手，有助于记忆。在电脑屏幕上看时，仅仅使用一根手指头：是指双击打开或关闭和滚动滑轮翻页。除了食指，整个身体的其他部分都一动不动。眼睛慢慢变成像死鱼眼一样，拉直了视线，呈现出发呆的神态来。这种阅读方式不适合长时间大量阅读，偶尔查阅还行。我喜欢把文献打印出来，统一编号（跟Endnote一致，Endnote中的Label可以添加编号）后打孔，放入活页文件夹。活页夹和打孔器见图片。这里也提一下活页文件夹。这种简单、灵活、有效的文件管理方式，我竟然在我整个求学过程中闻所未闻，未见任何同学使用过。大家都是打印出来，订书机一订就摞在桌头上。文件多了经常滑落下来洒一地。更难受的是管理，你不能把它码整齐，也不能随手取出想要的文献。直到在歌德学院学德语才第一次接触文件夹。当时报名时，一人发一个活页文件夹，教室里有打孔器。老师发下的材料自己打孔后放入。而且还可以用隔页分类存档不同内容的资料。方方正正的文件夹，往桌子上一放就能站住，文件再多也能排放整齐。在实验室里，导师应该给每个研究生配发活页夹供学生使用，方便学生。而且学生毕业后，可以把文件夹和打印的文件同时收回，留给后续的学生使用。从而，既利于科研又避免浪费。

文献管理工具可以方便我们搜集、归纳和整理参考文献内容，以便我们可以更轻松地将它们应用到各种学术论文中。文献管理工具在论文准备的过程中非常重要，有时候能起到事半功倍的效果。下面我们从学术写作的角度看一下科研领域中大家经常使用的一些文献管理工具。

常用的一些软件如：

Zotero是一个免费的文献管理工具，可以用以收集、引用、整理和共享文献资源。Zotero带有一个浏览器扩展程序，可以自动检测网络浏览器中的内容，只需单击一下即可将其添加到您的个人论文库。它会自动选择页面中显示的文本的性质，并在地址栏中显示一个代表书籍或者文章内容的相关图标。用户可以单击此图标来添加对库的引用。

2.Mendeley

Mendeley是一款免费的参考文献管理器，可帮助我们整理研究、在线协作和发现新的研究方向。我们可以在线注册Mendeley账户并在计算机中安装Mendeley桌面工具。通过简单地拖放文件就可以将论文从硬盘导入到Mendeley论文库。

3.EndNote

EndNote是最受欢迎的文献管理工具之一，它链接了上千个数据库、可以管理数万计文献，使用EndNote可以直接从 PubMed、Web of Science、图书馆等在线资源导入需要的参考文献。我们还可以通过上传 Citation Manager 格式的参考文献列表来导入参考文献。如果参考的文献是未发布的来源，我们可以手动输入参考文献进行搜索。EndNote支持在使用 EndNote Word Addin 编写时在文档中插入参考文献，并支持多种引用格式。