Toffee0528
2022年3月24日， 中国科学院北京生命科学研究院 赵方庆 团队 和 中国科学院大学 苗苗 团队 合作在 Molecular Biology and Evolution 杂志发表题为“ An extremely streamlined macronuclear genome in the free-living protozoan Fabrea salina ”的研究论文，报道了他们关于真核生物基因组进化策略的研究成果。该团队从原生动物盐蚕豆虫( Fabrea salina )入手， 首次系统解析了目前已知的自由生异养真核生物的最小基因组，为真核生物基因组精简理论提供了新见解，揭示了其高盐环境适应的遗传学基础 。
纤毛虫起源于约11亿年前，是一类结构和功能最复杂的单细胞真核生物，是研究真核生物基因组进化的重要材料。盐蚕豆虫能够在35 ~ 180 ppt盐度生长繁殖，环境适应性强，繁殖周期快，且对恶劣环境有显著抗性。此前盐蚕豆的基因组数据一直处于空白状态，影响了对盐蚕豆耐盐机制的深入研究。该研究团队首先建立了盐蚕豆虫的培养体系，综合采用单细胞基因组技术和Nanopore测序技术，重构出高质量的盐蚕豆虫大核基因组。其基因组仅有，的拼接序列中具有双侧端粒，说明其基因组高度完整性。此外，共鉴别出9918个蛋白编码基因，其数目在目前已发表的自由生纤毛虫中最少，且仅相当于原核生物中粘细菌的基因数量。如此简洁精巧的基因组赋予其作为生物演化研究模型的特殊地位。
该研究团队进一步通过比较和进化基因组学分析，系统揭示了盐蚕豆虫高基因密度、微内含子、同源基因收缩等基因组精简特征以及与环境适应相关的基因组结构，提供了真核捕食者基因组精简进化的直接证据。通过对其耐盐机制的探究，发现基因组中高盐胁抗性相关基因的扩增事件及转录组水平表达特征，揭示了盐蚕豆虫对高盐环境的适应性进化。研究发现了磷脂酸的积累可能在抵抗细胞内高渗透压中发挥了重要作用。此外，该团队首次描述了盐蚕豆虫有性生殖过程中大核的形态特征和转录组图谱。 该研究首次解析了自由生纤毛虫的极简基因组特征，阐明盐蚕豆虫作为研究真核生物基因组进化模型的特殊地位，为理解基因组的精简和进化 历史 提供了独特视角 。
中国科学院大学博士研究生张冰和硕士研究生侯丽娜为论文并列第一作者，中国科学院北京生科院赵方庆研究员和中国科学院存济医学院苗苗教授为共同通讯作者。该研究获得了国家自然科学基金委和中国科学院的经费支持，并得到中国海洋大学原生动物实验室的帮助。
论文链接：
种菜的阿布
风靡网络的神兽之一——羊驼，有着一张很有喜感的脸，外似小绵羊，非常地软萌可爱，通过柔和的“哼哼”声交流，深受人们的喜爱。但羊驼战斗起来也是很厉害的，还会吐口水。
它们原产于南美秘鲁、智利高原地区，已经存在6000多年了。除野生种外，还有相当数量的驯良种。
那么他们到底是，长得像羊的骆驼，还是长得像骆驼的羊呢？
其实，在动物学分类上属于哺乳纲，偶蹄目，骆驼科，美洲驼属，并不是羊！那么问题来了，骆驼的背上不是应该有山峰的吗？为什么羊驼长得一点都不像骆驼？首先就得从骆驼的祖先说起！
骆驼的祖先生活在北美的沙漠中。第四纪冰期（距今约100万年）的时候，由于海平面下降，骆驼开始了迁徙，有一支穿越了白令海峡，从北美走到了亚洲和非洲，演化成了我们常见的双峰驼，以及非洲的单峰驼。另一支，则从北美迁徙到了南美洲的安第斯山地区，演化成现在的南美洲驼类的祖先——无峰驼，最终演化成现代的原驼、骆马、美洲驼和我们熟悉的羊驼。
其中，原驼和骆马至今仍为野生物种；美洲驼和羊驼则是驯化物种。
那这羊驼又到底是从哪个野生的物种里驯化过来的？科学家们众说纷纭，一直以来都搞得不是很清楚。有的说是从原驼、有的说是骆马，还有的说是原驼和美洲驼杂交出来的。
直到最近，中国科学院动物研究所詹祥江实验室联合国内外相关研究机构，在国际遗传学前沿杂志 Genome Biology 上发表研究论文，指出了最新研究的重大进展。
在过去的几年里，他们采集了安第斯山脉4个南美洲驼类物种28个个体的血液样品，以及我国17个羊驼皮肤样本，通过系统发生树构建，对全基因组序列分析和基因功能研究。最终得出结论：羊驼起源于骆马，而美洲驼则驯化自原驼。
通过对遗传结构和局部祖先推断分析，又发现羊驼和美洲驼两个物种之间存在大范围的不对称基因渐渗现象：羊驼的基因渐渗率远高于美洲驼，羊驼中高达36%的基因组成分来自于美洲驼的渐渗，而羊驼渗入到美洲驼的基因组比例仅为5%。什么是渐渗杂交？渐渗杂交指两物种的杂交后代与亲本之一或双亲反复回交，把某一亲本性状带给另一亲本。
简单地说就是，羊驼的老爸就是骆马，不过！！历史上还有过一个隔壁“王叔叔”存在，那就是美洲驼。
那又是什么原因导致羊驼家这种渐渗杂交的？从什么时候开始？如何产生的？
研究人员统计了这些DNA片段的长度，通过构建一种叫“重组-衰减”的统计模型，进一步发现，渐渗发生的时间大约为500年之前，与1530年代西班牙殖民南美洲时期相吻合。由此可以推测出：
西班牙人占领南美之后，对于羊驼和美洲驼，西班牙人其实也傻傻分不清，因为他们长得实在是太像了。搞得这两种驼都是混在一起圈养的。就是这种混乱的管理方式，导致了大范围基因渗入现象。
考小拉考小花
（2020）。
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该杂志涵盖了与生物学相关的所有主题。感兴趣的研究领域包括但不限于：
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猜我猜不猜
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coloredglaze 7人参与回答 2023-12-08 《哲学研究》《哲学动态》《世界哲学》《中国社会科学》《自然辩证法研究》《自然辩证法通讯》《社会科学战线》各重点大学的学报（哲学社会科学版、社会科学版、社会科学学
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