系统发育树论文

有人说生命科学的所有问题的答案都应该到进化里寻找，还有人说不懂进化的生命科学家是耍流氓。 系统发育树或进化树是一种常用来表示物种宗谱亲缘关系的树状结构图。在分子水平，亲缘关系的远近通常用DNA（或protein）序列的差异来表示。构建发育树的算法非常多，具体参考参考文献中的文章。 基于距离的方法的最主要的原则是利用序列的遗传距离来构建发育树，遗传距离矩阵通常假设两个物种在进化上分离后每个核苷酸有不同的替换率，以此来推断物种的亲缘关系。这种方法的缺点就是真实的遗传距离是未知的，不管用什么方法都会引入噪音。 这种方法常用的算法有unweighted pair group method with arithmetic means(UPGMA)和Neighbor-joining(NJ)。 UPGMA假设一个不随时间和物种谱系关系变化的常数替换率。（由于这个假设的局限性，这种方法已经很少使用了）。该方法首先计算两个遗传距离最小的物种（A和B）并聚类成一个新的单元（OTU）—AB，然后计算与新单元AB最小的物种，在聚类成另一个单元，这个过程一直持续下去，直达只剩两个OTU。 这种方法非常快，所以在大型数据中使用比较广泛，也是一种非常常用的建树方法。 该算法起始于一棵总的无序的树（a totally unresolved tree），分别比较成对的序列，如果一对序列使总的树枝长度最小化，就将这对序列合成一个OTU，然后形成部分有序的树，这个过程一直继续，直到只剩三个OTU。BIONJ，FASTME，Neighbor-Net都是修改版的NJ。 最大简约原则是构建分子进化树比较流行的方法。该算法的目标是寻找到一个可以解释观察到的字符分布状态的最简约的拓扑结构。一般最简约的拓扑结构都隐含了最少的转换事件，比如核苷酸替换等，所以大多数最简约的树都可以比较准确地反应谱系关系。 总的来说，该方法就是应用最大似然法来构建发育树。 在所有可能的树中寻找一棵能解释观察到数据的概率最大的树。 1、

在虾虎鱼研究方面，明仁天皇是世界权威，可能是世界唯一的权威。明仁的主要研究方向是虾虎鱼分类。他建立的虾虎鱼类分类体系己被世界大多数鱼类学家所接受。虾虎鱼是一类体型极小的鱼。它们种类繁多，是鱼类中最大的一个科，已知的种类已经超过了2000种。大多数种类的虾虎鱼体长短于10厘米，最小虾虎鱼的体长还不足2厘米，是世界上最小的脊椎动物之一。明仁的首篇论文《关于虾虎鱼科类的肩胛骨》在《日本鱼类学刊》杂志上发表之后，便引起科学界的注目。1985年，在东京“第二届太平洋、印度洋鱼类国际研讨会”上，明仁用英语发表了有关虾虎鱼系统进化论的演说，推翻了虾虎鱼的祖先是日本产乌塘鳢鱼的结论，提出了虾虎鱼是由鲈鱼进化而来的新论，在世界生物学界引起轰动。1994年他写了论文《虾虎鱼种系的形态学特征之重要性》。2008年，他以第一作者的身份在《基因》上发表论文，用分子生物学及形态学分析太平洋与日本海两个虾虎鱼物种：蛇首高鳍虾虎鱼（Pterogobius elapoides）与白带高鳍虾虎鱼（Pterogobius zonoleucus）种群的演化。明仁天皇为第一作者，关于虾虎鱼演化的论文，2008年发表于《基因》。注意他的通讯地址为皇居（The Imperial Residence）。如果你搜医学及生物方面的专业论文库PubMed，以作者Akihito（明仁）为关键词，可找到相关论文。自1963年以来，他在《日本鱼类学刊》和《基因》等各类学术刊物上发表了38篇经过了同行评议的科学论文，专著3册。明仁发表虾虎鱼类系统发育论文，建立了虾虎鱼类分子系统发育树，首次提出虾虎鱼类的演化是在一个特定的短时间内发生和完成的。为了追寻虾虎鱼，明仁到日本各地捕捉：冲绳岛、西表岛、石恒岛、屋久岛、八尾市、北海道等地，采集了许多虾虎鱼活标本，有时候还弄得满身泥。明仁在猿涧湖亲自采集到的三叉虾虎鱼，证明了他之前“刺虾虎鱼与长虾虎鱼之间必有中间种”的断言成为现实。