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国家基因库生命大数据平台(China National GeneBank DataBase, CNGBdb)是一个为科研社区提供生物大数据共享和应用服务的统一平台(Science as a Service),基于大数据和云计算技术,提供数据归档、计算分析、知识搜索、管理授权和关联可视化等数据服务。
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生物信息数据库主要建设储存基因信息的高性能数据管理系统,构建个人健康管理和支持生命科学研究的可运营大数据平台和全社会广泛参与的大数据系统。目前已构建四十多个数据库,总访问量达亿;千万级民生项目数据库,涵盖HPV、地贫、耳聋等等;科学杂志GigaScience在综合性期刊类别中排名全球第六。基于大数据共享理念开发的生物大数据时代的搜索引擎国家基因库信息库统一检索系统,已经整合了超过8千个物种/品种、27个人种、1千万个基因、5亿条序列数据、3亿条变异信息和关联1Pb原始数据量,实现总可检索条目数亿条。 生物信息数据库致力于存储人类健康及生物多样性相关的数字化遗传资源,构建生物数据库及数据分析平台,实现数据存储、分析的贯穿,为后续科研及产业提供大数据源头保障,支撑国家精准医学和精准农业发展,促进大数据分析、构建健康云服务,引领互联网+健康的合作,成为大数据生物学时代研究生物生长发育、衰老、死亡以及向产业化推广的有利工具。
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数据被称作信息化时代的石油,其重要性不言而喻。“大数据”通常被认为是一种数据量很大、数据形式多样化的非结构化数据。从产业角度,常常把这些数据与采集它们的工具、平台、分析系统一起称为“大数据”。在大数据时代,顺应大数据趋势,实现传统业务的转移,是带给国内专业图书馆的一个契机。
1.大数据与科学研究
2011年,麦肯锡研究院在《大数据:创新、竞争和生产率的下一个前沿》的报告中提出“大数据”时代已经到来。2012年3月,奥巴马政府发布了“大数据研究和发展计划”;2012年6月,联合国专门发布了大数据发展战略。这是联合国第一次就某一技术问题发布报告。“大数据”成为2012年热门词汇和研究热点之一。除了国家和研究机构,全球主要的大型IT商业公司均对大数据技术投入巨资,目的是利用大数据为国家治理、企业决策乃至个人生活提供服务。目前,科学研究正在进入一个崭新的阶段。在信息与网络技术迅速发展的推动下,大量从宏观到微观,从自然到社会的观察、感知、计算、仿真、模拟、传播等设施和活动产生出大量科学数据,形成被称为“大数据”的新的科学基础设施。数据不再仅仅是科学研究的结果,而且是科学研究活动的基础。科学家不仅通过对广泛的数据实时、动态地监测与分析来解决难以解决或不可触及的科学问题,更是把数据作为科学研究的对象和工具,基于数据来思考、设计和实施科学研究。以数据考察为基础,联合理论、实验和模拟为一体的数据密集计算的范式,成为与经验范式、理论范式和模拟范式并列的第四范式。数据被一起捕获或者由模拟器生成,处理后存储在计算机中,科研人员使用数据管理和统计学方法分析数据库和文档,据此产生创新思维和成果。这种科研模式被称为数据密集型范式,简称数据范式,是一种新的科研模式。
2.大数据与现有数据库技术的对比
大数据具有数据持续增加、体量巨大(Volume)、数据类型和来源多样(Variety)、速度快(Velocity)等特点。
3.大数据与新型数字图书馆
图书馆在科学文献(纸质或是电子)的组织与服务方面积累了丰富的经验,已成为科研活动和学术交流体系中的有力支撑。随着学术信息交流方式的变化,既有数据档案库,也有文献档案库,而数据则进入数据档案库中。因此,数据图书馆将成为未来数字图书馆的一部分。存储在各类数据库和文档系统中的科学数据,以及以业界标准化关系数据库所产生的元数据体系,将构成一种新型的、分布式的和整合式的数字图书馆。这种数字图书馆既包括传统数字图书馆的各类处理、管理、检索服务等功能,又包括数据转换、可视化和数据挖掘服务等新型数据服务功能。
4.大数据在专业研究领域中的应用
生物医学领域是大数据的先行者,这主要得益于美国国家医学图书馆基于科学数据建立的超级计算和数据处理平台。这些平台支持基础科学和应用科学的知识发现和数据关联,以及分析基础上的模拟仿真研究,为科研和政府决策提供服务。2007年,吉姆格雷扩展了其对数据密集型科学的看法,提出7个重要行动领域之一就是同国家医学图书馆支持生物科学一样,建立更多数字图书馆以支持其他科学。生物医学领域的数据量在飞速增长。欧洲分子生物实验室核酸序列数据库EMBL-Bank收到数据的速度每年递增200%;人类基因组计划2008年生产数据1万亿碱基对,2009年速率又翻一番;在生物医学文献编目中已经有1800万医学文章,每年增加接近百万篇。
美国国立医学图书馆的Entrez系统是美国国立医学图书馆建立的生命科学搜索引擎,它真正实现了数据和文献的交互性操作。用户可以在阅读论文的同时打开基因数据,跟随基因找到这个疾病,再回到文章(微软的WWT也实现了数据与文献的融合)。融合和交互操作可通过统一的链接、统一的标签和ID号实现。医学、生物学、心理学等学科领域的大型实验设备的实验型数据、人类基因数据中,有些由于观测和实验的不可重复性,有些由于时间、设备和经济等条件的限制,数据获取难度大,因此,数据的长期有效保存、科学管理、有条件共享和促进利用是极有意义和价值的一项工作。把全世界的数据都集成在一起,形成巨型的动态数据集,将诞生一个全球化的数据库。
5.国内专业图书馆的实践
专业图书馆的思考在实践方面,国内已经建立了一系列的科学数据平台,如科技部支持建设的科学数据共享工程等,但图书馆人员参与很少。在新的交流体系形成之际,专业图书馆应该深刻思考和研究支撑科研创造的信息服务环境;思考科研成果融合数据之后,形成的原始数据、派生数据和科学文献融为一体的新的信息环境下,如何提供信息和数据服务;研究数据科研基础设施建设和运行过程中信息机构的职责、作用和角色。从大量的数据中分析其潜在的价值将成为大数据时代图书馆的一大主要业务,并且提供这些业务的水平将决定着大数据时代图书馆的发展水平和方向。专业图书馆尤其要分析研究数据科学家的知识结构、基本素养、基本技能,并将此纳入培养计划加以实施,为未来社会提供所需人才。
在大数据时代,生物医学领域的发展受到了深刻的影响。大数据技术可以帮助生物医学研究人员更好地进行基因测序、疾病诊断、药物研发等方面的工作。同时,大数据技术也提高了
医学论文在哪个网站查介绍如下: 知网:国内最大文献库,涉及学科全面。 万方医学网:网拥有220多种中文独家医学期刊全文、1000多种中文医学期刊全文、4100多
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抽屉原理和六人集会问题 “任意367个人中,必有生日相同的人。” “从任意5双手套中任取6只,其中至少有2只恰为一双手套。” “从数1,2,...,10中
大数据等计算机技术的渗透,已经使得生命科学逐渐走进普通人的生活。但和IT、互联网类创业公司相比,生命科学创业公司则相对较为低调,极少自我宣传和炒作。其中一个原因