Lisa要去旅行
分类: 社会民生 >> 军事 解析: 一、初识Windows功能增强“插件”MSI 我们经常可以看到许多软件只有一个扩展名为MSI的文件，双击这个文件运行，就会出现和Windows应用软件安装非常相似的安装过程，MSI文件到底是什么？为什么许多软件开始用MSI格式来发行呢？请听我慢慢说来。 文件的由来 说到MSI文件，不得不先说说Windows Installer，它不只是安装程序，而是可扩展的软件管理系统。Windows Installer的用途包括:管理软件的安装、管理软件组件的添加和删除、监视文件的复原以及使用回滚技术维护基本的灾难恢复。另外，Windows Installer还支持从多个源位置安装和运行软件，而且可以由想要安装自定义程序的开发人员自定义。要想使用这些功能，就必须通过MSI文件。MSI文件是Windows Installer的数据包，它实际上是一个数据库，包含安装一种产品所需要的信息和在很多安装情形下安装（和卸载）程序所需的指令和数据。MSI文件将程序的组成文件与功能关联起来。此外，它还包含有关安装过程本身的信息:如安装序列、目标文件夹路径、系统依赖项、安装选项和控制安装过程的属性。 的优势 Windows Installer技术就是合并在一起发挥作用的两个部分:客户端安装程序服务（） 和Microsoft软件安装（MSI）软件包文件。 程序是 Windows Installer 的一个组件。 当 被安装程序调用时，它将用 读取软件包文件 (.msi)、应用转换文件 (.mst) 并合并由安装程序提供的命令行选项。 Windows Installer 执行所有与安装有关的任务：包括将文件复制到硬盘、修改注册表、创建桌面快捷方式、必要时显示提示对话框以便用户输入安装首选项。 当双击MSI文件的时候，与之关联的Windows Installer 的一个文件 被调用，它将用读取软件包文件（.msi）、应用转换文件（.mst）进行进一步处理，然后 Windows Installer 执行所有与安装有关的任务:包括将文件复制到硬盘、修改注册表、创建桌面快捷方式，必要时显示提示对话框以便用户输入安装需要的信息，就这样，一个程序安装到了你的电脑上。 采用MSI安装的优势在于你可以随时彻底删除它们，更改安装选项，即使安装中途出现意想不到的错误，一样可以安全地恢复到以前的状态，正是凭着此强大功能，越来越多的软件开始使用MSI作为发行的方式了。 如果你对MSI文件感兴趣，可以用WinRAR等压缩软件打开，看一下里面的内容，满足一下好奇心。 3、MSI格式文件安装支持程序：WinMe和WinXP对MSI支持得很好，但其他版本的Windows就需要安装一个插件才能使用MSI格式的文件。 点这里下载InstMsiW插件 二、定制自己的MSI文件 前面我们介绍了很多MSI文件的内容，其实MSI并不神秘、复杂，我们自己都能制作，并且制作MSI文件的工具已经在Windows的安装盘上了。 首先，找到Windows2000的安装光盘，双击下边的这个位置的文件:valueadd\3rdparty\Mgmt\， 很快软件就自动安装到了电脑中。在开始菜单的所有程序里边就多了“VERITAS sofare”组，点击运行里边的“VERITAS discover”就可以开始制作MSI文件了。 制作MSI文件的基本原理就是，在我们安装一个软件以前，先给电脑的磁盘拍个“快照”。然后将要安装的软件安装到电脑中，并对注册表等内容做修改，等到确认这个软件能正确运行后，再给电脑的磁盘拍个“快照”。Discover软件会自动找出两次“快照”的不同，并且生成一个MSI文件。最后，如果你愿意，可以使用VERITAS sofare组中的另一个工具:Veritas Sofare Console对这个MSI文件进行进一步的包装、调整，这样一个MSI文件包就生成了。 下面，我们具体通过一个例子来介绍一下如何使用Discover生成一个MSI文件，假定我们的软件my的安装过程是:将文件安装到C:\programmeme files\myprog下，将放到windows\system里，在注册表的HKEY_LOCAL_MACHINE的sofare项中建立一个myprom项，并且在其中添加一个值为OK的value项目。 第一步:运行Discover，弹出程序界面，可以直接点“Next”按钮继续。 第二步:在图3的对话框中，首先在第一文本框为你的程序起个名字，比如这里用的“My programmeme”;第二个对话框是输出MSI文件的存放位置和文件名，这里选择保存为E:\;第三个框为压缩包的语言，可以使用其默认值。填好后点“Next”按钮。 第三步:为Discover存放快照文件选择一个临时的空间，可以选一个磁盘空间比较大的磁盘。 第四步:在接下来如图4的对话框中要选择Discover需要扫描并拍“快照”的磁盘，你的程序要装到哪个盘就选择哪个盘，并且点一下“Add”按钮加到要扫描文件的列表中，你可以选择几个或者所有的磁盘，不过这样会在扫描的过程中浪费更多的时间，所以应该尽量少选择磁盘。这里只选择C盘，因为我们的软件是装到C盘的。然后点“Next”。 第五步:在如图5所示的对话框中为上一步选择的每个磁盘选择需要扫描的文件夹或文件，因为我们上一步只选择了C盘，所以为C盘选择就可以了。另外，Discover自动加入了一些特殊的文件和目录，我们可以根据需要决定是否将它们移出要扫描的文件列表，不过最好保留它们。这里我们把“C:\programmeme files”和Windows文件夹添进去，先在左边的文件框中点中文件或文件夹，然后点Add按钮就可以了。对于注册表的扫描，Discover为了加快扫描速度，只扫描部分注册表，可以扫描到大部分程序对注册表的修改，如果不放心的话，也可以将下边的“Enhanced Registry Scan”点中，这样速度可能会慢很多，临时文件也大大增加，不过能对注册表所有的改动加以记录。由于我们的软件对注册表只是小改动，所以没必要选择扫描所有注册表。然后点“Next”继续。 第六步:接下来Discover将对系统进行扫描生成“快照”，要耐心的等待，可能要几分钟的时间才行。 第七步:在扫描完成后，会弹出一个对话框，大概意思就是告诉你扫描已经完成，问你是否要选择一个程序来运行，从而自动安装你的软件，我们正要制作安装程序，没有程序可运行，所以要点“取消”按钮。 第八步:接下来，我们就要手动安装自己的软件了，先将文件拷贝到C:\programmeme files\myprog下，再把拷贝到windows\system里，然后用注册表编辑器在注册表的HKEY_LOCAL_MACHINE的sofare项中建立一个myprom项，并在其中添加一个值为OK的value键。注意，除了这些改动，应尽量避免其他无关的改动。然后我们试着运行一下刚刚安装的文件，测试一下是否正确安装。 第九步:确认安装没有问题了，要再次运行Discover程序，这次运行Discover时，出现的是如图6所示的一个界面，有两个选项，第一项是生成安装后的快照，用于与前一次的快照比较生成MSI文件，第二个选项是放弃上一次的扫描，当然要选第一项了，然后点“Next”。这时Discover又开始重新对电脑进行扫描，生成“快照”，并自动生成了安装文件。 第十步:如果你愿意，可以启动与Discover程序在一起的VERITAS Sofare console对MSI文件的信息进一步更改，过程比较简单，只要先打开一个MSI文件，然后就可以进行改动了，这里就不介绍了。 就这样，我们就生成了一个自己的MSI文件了。
沉默的苏克
SSI小规模集成电路可以直接实现组合逻辑函数，并且用的组合逻辑电路元件少，连线简单，省时省力，可靠性也高，是进行组合逻辑电路设计的一种重要方法。MSI电路也可以用的，但是要用的组合电路元件多，所以连线复杂，操作起来麻烦，其稳定性和可靠性不高，主要用来设计较小规模集成电路，应用没有MSI广泛。
80年代之后
微卫星（ Microsatellite ）序列是遍布于人类基因组上数百万个基因座（ loci ）中的短串联重复（ short tandem repeats ， STR ）序列。
通常由 1-6 个重复（如单核苷酸、双核苷酸重复等）的碱基串联重复排列 10-50 次。
微卫星不稳定（ MSI/MSI-H ），由于在 DNA 复制时错配修复 ( MMR ) 基因的功能缺陷，导致串联序列发生插入和缺失突变，引起 MS 序列长度改变的现象。
这种类型的体细胞突变会导致抑癌基因失活或破坏其他非编码调控序列，从而起到致癌作用。
MSI 作为可作为一种独特的分子表型，存在于多种癌症中，包括结直肠癌，子宫内膜癌，胃癌，前列腺癌，卵巢癌和成胶质细胞瘤等。
并且 MSI 能够预测免疫检查点封锁疗法在实体瘤中的疗效。因此，检测 MSI 状态在肿瘤临床诊断和预后治疗上具有重要意义
目前， MSI 检测方法主要有三种：
IHC 方法使用相应的抗体，通过对 4 种 DNA 错配修复蛋白（ MLH1 ， PMS2 ， MSH2 ， MSH6 ）在细胞核内的表达情况，来确定细胞内是否存在错配修复功能缺陷。
如果其中任何一个蛋白出现表达缺失，则会被判定为错配修复缺陷（ dMMR ），相当于 MSI-H ；如果四个蛋白全部表达，则判断为错配修复功能正常（ pMMR ），即 MSI-L 或 MSS 。
其优势在于应用性广泛，并且能确定哪些 MMR 蛋白在肿瘤中细胞中表达缺失。
但是， IHC 本身存在主观性，同时受抗体质量和实验因素等影响，有时无法检出某些定性蛋白的变化，导致 MMR 结果偶有报错。
主要采用多重荧光 PCR 结合毛细管电泳的方法，通过 PCR 扩增特定的微卫星序列，然后通过毛细管电泳比较肿瘤组织与正常组织微卫星序列长度的差异来判断该位点是否存在 MSI 现象。
这种检测方法是公认的 MSI 检测的金标准，也是使用最广泛的方法。
最开始使用的是 National Cancer Institute （ NCI ）推荐的 5 个位点：
通过如下方式来判断结直肠癌的 MSI 状态：
有研究表明， MSS 和 MSI-L 之间没有明显的肿瘤生物学特征差异，因此，临床上将 MSI-L 也归类为 MSS 。
后来有研究指出，二核苷酸重复较单核苷酸重复的位点敏感性更低，且存在高度的个体多态性，需要配对的肿瘤和正常样本对照才能得出结果。因此，降低了检测的灵敏度。
因此，有人提出 pentaplex panel ，包含五个单核苷酸重复的位点：
无需配对正常的样本，且性能更高，但是在 MSH6 缺陷型肿瘤中性能不高
目前使用更多的是 Promega 系统，包含：
PCR 检测方法不仅弥补了 IHC 在因非截断式错义突变导致的 MSI 无法检出的漏洞，同时还具备良好的可重复性。
但是，其检测的基因（ panel ）的位点较少、通量较低、无法提供具体的基因突变信息，而且实验周期较长。
随着高通量测序技术的发展，使用全基因组测序（ WGS ）、全外显子测序（ WES ）或靶向基因测序（ TGS ）进行 MSI 检测的已经越来越普遍了。
与 PCR 相比， NGS 方法通量大，涉及基因范围广、灵敏度和特异性更高，可与靶点的突变检测、肿瘤突变负荷( TMB )等检测共用一份测序数据。
在目前已发表的 NGS 方法中，一般都是以 PCR 检测结果作为金标准，通过比较二者结果一致性作为评价 NGS 检测性能的标准。
NGS 检测方法种类繁多，且大多数需要配对正常样本，我们可以将这些方法分为两大类
在这里，可能需要讲解一下何为 repeat count
在上面的图中，我们假设微卫星位点为 10 个连续的 A ，且该位点比对上了 10 条 reads ，每条 read 比对上的长度长短不一。由此，我们可以计算出 repeat count
repeat 为所有 reads 的长度， count 为各长度对应的 reads 支持数
其分析流程与原理大致可以用如下流程图来描述
包括 MSIsensor 、 mSINGs 、 MANTIS 、 Cortes-Ciriano 、 MSI-ColonCore 等
其分析流程与上面类似
包括 MSIseq Index 、 MSIseq/NGS classifier 、 Nowak 等
MSIsensor 是通过 MS 位点两端各 5bp 的侧翼序列来定位的，算法原理为
mSINGs 方法也是通过计算每个位点的不稳定性，并以不稳定位点的比例作为样本的 score 值，大于阈值的认为是不稳定状态。
MANTIS 也是根据肿瘤及其配对正常样本的 repeat count 的分布计算样本的不稳定状态。
它将每个位点在样本中的 repeat count 分布看成是一个向量，通过对这两个向量计算欧氏距离、余弦相似度等度量分数，并将所有位点的均值作为样本的不稳定分数。
具体计算方式如下：
可以看到，该方法进行了比较严格的质控
该方法是基于 RNA-seq 数据，通过计算两个指标的比值 PI/PD ，如果该比值小于 则认为该样本为 MSI
其中， PI 表示微卫星位点区域发生插入突变占所有插入突变的比例， PD 表示微卫星位点区域发生缺失突变占所有缺失突变的比例。
该方法通过计算样本中单核苷酸替换率和小片段的碱基插入删失率等突变信息构建特征，然后应用机器学习算法构建分类器。
具体的特征包括：
该方法使用的是 WES 数据，且选择了线性回归，决策树，随机森林和朴素贝叶斯四种算法。其中最优的算法是决策树，该方法不需要配对的正常样本。
from： 生信学习手册
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