4月16日，百奥智汇创始人、科学顾问张泽民教授在北京大学的课题组与合作者在国际顶级学术期刊《Cell》上发表了题为＂Single-Cell Analyses Inform Mechanisms of Myeloid-Targeted Therapies in Colon Cancer＂的文章，利用单细胞转录组测序技术对结直肠癌患者的肿瘤微环境，特别是浸润髓系细胞类群首次进行了系统性的刻画，同时利用小鼠模型，对anti-CSF1R抑制剂和anti-CD40激动剂两种靶向髓系细胞的免疫治疗策略潜在的作用机理给出了解释。 该研究建立了结合肿瘤患者及小鼠模型的单细胞转录组来研究肿瘤免疫治疗的范例，为人们研究其他疾病中免疫细胞以及开发新的治疗方案提供了思路。对于该研究，上海市免疫学研究所苏冰所长、上海交通大学医学院叶幼琼研究员等相关专家点评道：该工作全面地解析结肠癌的肿瘤微环境细胞图谱，阐明细胞与细胞之间的相互作用，对靶向肿瘤免疫微环境为基础的肿瘤治疗提供了更详细的理论基础，为今后靶定髓系细胞的精准治疗提供助力，具有重要的临床转化意义。 在该研究中，研究者共使用了Smart-seq2、10x 3′ Gene Expression、10x V(D)J + 5′ Gene Expression等 3种单细胞测序技术 ，以及tSNE、UMAP、PCA、RNA velocity、URD、PAGA、STARTRAC、GSVA富集分析、热图、小提琴图、气泡热图、轨迹图、Circos图、火山图、生存分析等 十多种生物信息学分析及展示方法。 值得一提的是， 这些实验技术和分析方法，百奥智汇皆可实现。 下面，百奥我就为大家详细解析，带大家了解这些技术和方法是如何在研究中应用的。 1.10x Genomics和Smart-seq2技术比较 该研究首先评估并比较了10x Genomics和Smart-seq2两种单细胞测序技术的结果。结果显示，与10x scRNA-seq平台相比，Smart-seq2捕获了更多的基因，包括细胞因子，CD分子，配体/受体和转录因子，并且显示出较弱的批次效应 ，从而可以对调节途径进行更深入的分析（图2），而10x平台则获得了更多的分群。因此，作者将两种技术同时使用，从而能够最大化地确定细胞类型或稀有种群的数量，改善细胞聚类的结果，得出更准确的结论。 2.tSNE降维——展示分群、基因表达模式、组织分布等多层信息 该研究使用无监督聚类、PCA、CGA等方法对来自18位CRC患者肿瘤、邻近组织和血液样本的10× 3′ Gene Expression （ 43,817个细胞）和Smart-seq2（10,468）单细胞测序结果进行整合聚类分析，然后用tSNE进行降维展示，分别得到38个和36个群，包括6个内皮细胞群，2个成纤维细胞群，13个髓系细胞群，4个ILC群，18个T细胞群和5个B细胞群等（图3）。对于淋巴细胞，研究通过特异的的免疫球蛋白重链特征基因加以区分（图4）。同时，研究还在tSNE结果中展示了各细胞的组织分布情况（图5）。对于Smart-seq2非免疫细胞的测序结果，该研究利用tSNE将其分为12个亚群，包括4个恶性细胞亚群和8个非恶性细胞亚群（图6）。其中，由推断的拷贝数变异（CNV）定义的恶性细胞表现出高度的基因表达异质性，形成了患者特异性的分群（图7）。 3.热图、气泡热图——展示细胞间基因表达模式的差异 单个tSNE图或组图可展示单个或数个基因在不同细胞群中的表达情况，但在展示多个样本大量基因的全局表达情况时就相对吃力。此时就需要用到热图。而气泡热图则是在热图的基础上加入了基因表达细胞在特定细胞群中占比的信息，从而对细胞群进行更详细的表征。在该研究中，作者用热图展示了10x测序分析得到的38个白细胞群中的差异基因表达差异（图8），以及整合10x和Smart-seq2测序分析得到的48个群的基因表达差异（图9）。研究还分析了13个髓系细胞中的特征基因表达情况（其中9个以气泡热图展示），并据此将它们区分为肥大细胞（hM01），树突状细胞(hM02-04)，单核细胞(hM05-07，hM11)，组织驻留性巨噬细胞（hM08-10）和 肿瘤相关巨噬细胞（TAMs，hM12-13）。 4.扩散图、RNA velocity、URD、PAGA——推断和展示细胞发育轨迹 为进一步探索 TAMs 的来源，该研究利用扩散图中嵌入的RNA velocity对随机选择的单核细胞和巨噬细胞的发育轨迹进行推断和展示，鉴定出了从表达CD14的单核细胞向FCN1+ 单核样细胞和不同的巨噬细胞群体的强烈定向流动（图11），体现二者在发育上的前后顺序。进一步利用URD和PAGA这两种正交算法分析巨噬细胞的转录轨迹，发现巨噬细胞发育成TAMs（图12，图13）。综合上述轨迹推断结果，研究发现TAM主要来自独特的肿瘤浸润性单核样细胞前体。其中， C1QC+ 和 SPP1+ TAM都从浸润肿瘤的单核细胞样前体形成，而 SPP1+ TAM也可能源自 NLRP3+ RTM（图14）。 5.火山图、富集分析、热图、URD图——多角度展示两类TAMs差异 对于两类在发育轨迹上存在显著差异的TAMs，作者进一步使用热图、火山图、富集分析等方法进行了分析，从多角度揭示了它们的差异。由于细胞的发育轨迹受转录调控网络控制，作者先分析了两类TAMs转录因子的表达差异，结果以热图显示。其中，C1QC+ TAMs显示出MAF/MAFB和FOS/JUNS高表达，而PP1+ TAMs则高表达CEBPB和ZEB2。然后，作者又用火山图展示两类TAMs中显著差异表达的基因。该图包含两个维度，其中纵轴P value体现显著性，横轴fold change展示差异性。 结果显示，C1QC+ TAMs显示出补体C1Q、TREM2、MERTK和CD80等基因的高表达， 而SPP1+ TAMs显示出SPP1、MARCO和VEGFA的特异性表达。随后，作者又使用基因集合变异分析（GSVE）分析了两类TAMs在通路上的差异。GSVE是一种以非监督方式对一个群体评估通路活性差异的基因集富集（GSE）分析方法。 该研究的结果显示，SPP1+ TAMs显示出肿瘤血管生成，ECM受体相互作用、肿瘤脉管系统、大肠腺瘤和转移性肝癌等通路的特异性富集，而C1QC+ TAMs则显示出补体激活以及抗原加工和呈递途径的富集（图17）。此外，SPP1 + TAMs还显示了大肠腺瘤和转移性肝癌通路的特异性富集和相关基因的表达（图17和图18），表明在它们CRC中有促癌/促转移作用。 6.相互作用网络图和Circos图——展示细胞间相互作用、受体配体相互作用 更进一步地，作者在CRC中建立了细胞间相互作用网络图。将该研究中的单细胞测序数据集与GTEx、TCGA的组织整体RNA测序数据集进行整合分析，发现TAM和cDC作为预测网络的核心，与其他细胞类型的联系最多（图19，图20）。其中，C1QC+ TAM和两组cDC主要与其他免疫细胞（尤其是T细胞亚群）相互作用（图20），提示其在抗肿瘤T细胞应答中起调节作用。再进一步的细胞群间的受体——配体相互作用分析显示，在与髓系细胞和T细胞有关的配体-受体对中，CXCL10-CXCR3在C1QC + TAM中富集，暗示了C1QC+ TAM具有募集或激活T细胞的潜在作用。而SPP1+ TAMs中富集的SPP1-ITGAV、SDC2-MMP2、FN1-ITGA5等配体-受体对，则暗示了其在可能与某些整合蛋白相互作用，以促进CRC的肿瘤发生。 7.相似性分析、热图——展示跨物种的细胞群相似性 为了将上述对人髓系细胞异质性的研究发现与临床应用相结合，作者接下来将相同的实验和分析方法用于两种对肿瘤免疫治疗的小鼠模型中，其中Renca对CSF1R阻断抗体敏感，而MC38对CD40激动剂抗体敏感（图21）。 作者使用10x Genomics平台对免疫治疗后小鼠的肿瘤中分离出的免疫细胞进行了单细胞转录组测序，并与人髓系细胞群进行了相似性分析，确定了多个跨物种相对应的髓系种群，包括两种cDC群和两种TAM群（图22）。此外，对小鼠TAM群进行与人类TAM群相同的途径分析发现，小鼠TAM群体也基于它们的血管生成，低氧和T细胞相互作用基因特征而分离（图23）。这些数据表明人类CRC患者和小鼠肿瘤模型之间存在功能相似的TAM群体。 8.细胞丰度、生存分析——体现不同细胞类群的抗药性 进一步的耐药性研究显示，抗CSF1R治疗后F4/80高表达的巨噬细胞优先减少（图24），说明不同的巨噬细胞群体对抗CSF1R治疗的敏感性不同。同时，治疗后小鼠细胞群中mC12和mM14簇几乎完全丢失，TAM簇mM11，mM13和mM15的减少最小（图24），说明TAMs对CSF1R阻断的治疗具有抗性。同时，抗CSF1R的TAM亚群优先表达参与血管生成和免疫抑制的基因，如Vegfa，Cd274和Arg1。为了将在小鼠中的发现与人类CRC相关联，作者使用生存分析比较了具有不同水平C1QC+ TAM和SPP1+ TAM基因特征患者的生存率，发现低C1QC+ TAM、高SPP1 +TAM组合与CRC患者的预后更差相关（图26）。 这些发现表明，抗CSF1R治疗可能不足以耗尽所有具有促进肿瘤生长潜力的巨噬细胞，这一特性可能是其单药疗效差的原因。类似的分析应用于抗CD40治疗则发现，抗CD40治疗能够激活cDC1细胞，CCL22等激活的基因特征与CRC患者的总体生存期呈正相关（图27），这可能部分解释了抗CD40激动剂治疗CRC的机制。 9.STARTRAC——分析T细胞的迁移、克隆扩增和发育转变 众所周知，T细胞在肿瘤免疫治疗中发挥重要作用。为进一步探索抗CD40激动剂治疗CRC的机制，作者基于TCRα和β链序列，应用STARTRAC算法分析抗CD40治疗后T细胞的迁移、克隆扩增和发育转变，以了解抗CD40激动剂治疗对肿瘤浸润性T细胞功能的影响。结果显示，抗CD40激动剂治疗后，Ccl5+ Tem CD8+ T细胞具有比其他CD8+ T细胞亚群更高的迁移指数（图28）。进一步剖析Ccl5+ Tem亚群内的TCR克隆型表明，克隆扩增较高的细胞在肿瘤和肿瘤引流淋巴结之间表现出更多的TCR共享，表明这些细胞在抗CD40处理后具有更强的迁移能力（图29）。同时，Ccl5+ Tem和Cxcr6+ Trm CD8+ T细胞之间的过渡指数在基线时显着高于CD8+ T细胞亚群中其他对的过渡指数，表明某些Cxcr6+ 肿瘤中的Trm细胞可能在某一过程中由浸润的Ccl5+ Tem细胞发育转变而来，这一过程在抗CD40治疗后得到了进一步增强（图30）。 这些数据表明，抗CD40治疗对肿瘤浸润性T细胞的扩增，迁移和发育转变具有独特影响，能够加强Ccl5+ Tem的迁移和克隆扩增能力，及其向Cxcr6+ Trm CD8+ T细胞转变的能力。 10.相关性分析——揭示细胞间存在相互作用 在研究中作者发现，Th1类细胞与成熟和未成熟的cDC1细胞均显示正相关，表明这两类细胞之间存在相互作用。在此基础上，结合该研究中发现的Bhlhe40 + Th1类细胞在抗CD40治疗后的占比以及特异性扩增、Bhlhe40 + CD4 + T细胞能够产生更多IFNγ，以及之前研究发现的表达IFNG的BHLHE40 + Th1样细胞富集于MSI CRC患者人群中且显示出对ICB治疗的良好反应等结果，作者认为抗CD40治疗导致增加的Bhlhe40 + Th1样细胞可能为在该模型中CD40激动剂治疗能够成功与抗PD1协同的机制提供了解释。 总的来说，该研究的思路是： 先通过单细胞转录组、免疫组测序等技术，对CRC患者的肿瘤微环境进行细胞分群、基因差异表达、细胞发育轨迹、细胞间相互作用等多水平、多维度的详细表征，发现了肿瘤浸润髓系细胞类群中两类特殊的细胞类群TAM和cDC可能在CRC的抗肿瘤T细胞应答、肿瘤发生等过程起调节作用。然后利用小鼠模型，将上述发现应用于对anti-CSF1R抑制剂和anti-CD40激动剂两种靶向髓系细胞的免疫治疗策略的潜在作用机理的解释中。 参考文献： Lei Z. et al., Single-Cell Analyses Inform Mechanisms of Myeloid-Targeted Therapies in Colon Cancer. Cell . 2020.
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医学核心期刊是指经中国新闻出版总署审批准后公开发行的医学学术期刊，经各高校、医学研究所、医学行政机关等机构根据期刊刊录文稿被摘引率等系统的对期刊按医学学科进行评定。因国内医学学科核心评定标准不同，所以医学核心期刊目录也不尽相同。期刊类目医学核心期刊封面(3张)核心期刊 第五编 医药、卫生R 综合性医药卫生R1 预防医学、卫生学R2 中国医学R3 基础医学R4/8 临床医学/特种医学R9 药学综合性医药卫生类核心期刊1、中华医学杂志2、第四军医大学学报3、第三军医大学学报4、第二军医大学学报5、第一军医大学学报（改名为：南方医科大学学报）6、解放军医学杂志7、北京大学学报.医学版8、吉林大学学报.医学版9、四川大学学报.医学版10、中国医学科学院学报11、中国现代医学杂志12、复旦学报.医学版13、华中科技大学学报.医学版14、中山大学学报.医学科学版15、中南大学学报.医学版16、西安交通大学学报.医学版17、浙江大学学报.医学版18、南京医科大学学报.自然科学版19、广东医学20、军事医学科学院院刊21、上海第二医科大学学报（改名为：上海交通大学学报.医学版）22、上海医学23、郑州大学学报.医学版24、江苏医药25、山东大学学报.医学版26、中国医科大学学报27、实用医学杂志28、山东医药29、哈尔滨医科大学学报30、重庆医学31、重庆医科大学学报32、天津医药33、安徽医科大学学报34、苏州大学学报.医学版35、武汉大学学报.医学版36、首都医科大学学报37、医学与哲学.人文社会医学版预防医学、卫生学类核心期刊1、中国公共卫生2、中华医院感染学杂志3、中华流行病学杂志4、卫生研究5、营养学报6、中华预防医学杂志7、中华劳动卫生职业病杂志8、中华医院管理杂志9、环境与健康杂志10、工业卫生与职业病11、中国卫生统计12、中国工业医学杂志13、中国职业医学14、环境与职业医学15、国外医学卫生学分册16、中国卫生经济17、毒理学杂志18、中国计划生育学杂志19、中国食品卫生杂志20、现代预防医学21、中国慢性病预防与控制22、中国妇幼保健23、中国学校卫生24、中国血吸虫病防治杂志25、中国卫生事业管理26、生殖与避孕中国医学类核心期刊1、中草药2、中国中药杂志3、中国中西医结合杂志4、中国针灸5、中成药6、北京中医药大学学报7、中药材8、中国中医基础医学杂志9、中药药理与临床10、中华中医药杂志11、针刺研究12、中药新药与临床药理13、南京中医药大学学报14、中国实验方剂学杂志15、辽宁中医杂志16、时珍国医国药17、中医杂志18、新中医19、中国中西医结合急救杂志20、中国天然药物基础医学类核心期刊1、中国病理生理杂志2、中华微生物和免疫学杂志3、生物医学工程学杂志4、解剖学报5、中国免疫学杂志6、免疫学杂志7、细胞与分子免疫学杂志8、中国临床解剖学杂志9、生理学报10、解剖学杂志11、中国心理卫生杂志12、中国生物医学工程学报13、中国人兽共患病杂志（改名为：中国人兽共患病学报）14、生理科学进展15、中华病理学杂志16、神经解剖学杂志17、现代免疫学18、病毒学报19、中国寄生虫学与寄生虫病杂志20、中国应用生理学杂志21、国外医学.免疫学分册（改名为：国际免疫学杂志）22、中华医学遗传学杂志23、中华实验和临床病毒学杂志24、国外医学.生物医学工程分册（改名为：国际生物医学工程杂志）25、基础医学与临床临床医学类核心期刊1、中国危重病急救医学2、中国医学影像技术3、中国临床康复（改名为：中国组织工程研究与临床康复）4、中华检验医学杂志5、中国超声医学杂志6、中华超声影像学杂志7、中华物理医学与康复杂志8、中华护理杂志9、临床检验杂志10、临床与实验病理学杂志11、中国康复医学杂志12、中国急救医学13、检验医学14、中华急诊医学杂志15、中国全科医学16、中国实用护理杂志17、中国医学影像学杂志18、中国输血杂志19、中国实验诊断学20、中国临床医学影像杂志21、护士进修杂志内科学类核心期刊1、中华结核和呼吸杂志2、中华内科杂志3、中华心血管病杂志4、中华内分泌代谢杂志5、中华血液学杂志6、中华肝脏病杂志7、中华消化杂志8、中国地方病学杂志9、中华肾脏病杂志10、中华老年医学杂志11、中华糖尿病杂志（改名为：中国糖尿病杂志）12、世界华人消化杂志13、中华传染病杂志14、中华风湿病学杂志15、中国实用内科杂志16、中国动脉硬化杂志17、中国循环杂志18、高血压杂志（改名为：中华高血压杂志）19、中国老年病杂志20、临床心血管病杂志21、中国内镜杂志22、肠外与肠内营养23、中国心脏起搏与心电生理杂志24、中华消化内镜杂志外科学类核心期刊1、中华外科杂志2、中华骨科杂志3、中华泌尿外科杂志4、中华创伤杂志5、中国实用外科杂志6、中华实验外科杂志7、中华显微外科杂志8、中华神经外科杂志9、中国修复重建外科杂志10、中华烧伤杂志11、中华麻醉学杂志12、中华胸心血管外科杂志13、中华普通外科杂志14、中华手外科杂志15、中国矫形外科杂志16、中华整形外科杂志17、中国脊柱脊髓杂志18、中国器官移植杂志19、中国普通外科杂志20、肾脏病与透析肾移植杂志21、中华肝胆外科杂志22、临床泌尿外科杂志23、临床麻醉学杂志24、中华胃肠外科杂志25、中国微侵袭神经外科杂志26、中华男科学杂志妇产科学类核心期刊1、中华妇产科杂志2、中国实用妇科与产科杂志3、实用妇产科杂志4、现代妇产科进展儿科学类核心期刊1、中华儿科杂志2、中国实用儿科杂志3、临床儿科杂志4、实用儿科临床杂志5、中华小儿外科杂志6、中国当代儿科杂志肿瘤学类核心期刊1、中华肿瘤杂志2、癌症3、中国肿瘤临床4、肿瘤5、中华放射肿瘤学杂志6、中国肿瘤生物治疗杂志7、肿瘤防治研究8、中国癌症杂志9、实用肿瘤杂志神经病学与精神病学类核心期刊1、中华神经科杂志2、中国神经精神疾病杂志3、中华精神科杂志4、中风与神经疾病杂志5、中国行为医学科学6、临床神经病学杂志7、中华老年心脑血管病杂志8、国外医学.脑血管疾病分册（改名为：国际脑血管病杂志）9、中华神经医学杂志皮肤病学与性病学类核心期刊1、中华皮肤病杂志2、临床皮肤科杂志3、中国皮肤性病学杂志耳鼻咽喉科学类核心期刊1、中华耳鼻咽喉头颈外科杂志2、临床耳鼻咽喉科杂志（改名为：临床耳鼻咽喉头颈外科杂志）3、听力学及言语疾病杂志4、中国耳鼻咽喉头颈外科眼科学类核心期刊1、中华眼科杂志2、中华眼底病杂志3、中国实用眼科杂志4、眼科研究5、眼科新进展口腔科学类核心期刊1、中华口腔医学杂志2、华西口腔医学杂志3、实用口腔医学杂志4、牙体牙髓牙周病学杂志5、口腔医学研究特种医学类核心期刊1、中华放射学杂志2、临床放射学杂志3、实用放射学杂志4、中华核医学杂志5、中国运动医学杂志6、中华放射医学与防护杂志7、航天医学与医学工程8、中国医学计算机成像杂志9、放射学实践10、介入放射学杂志药学类核心期刊1、药学学报2、中国药学杂志3、中国药理学通报4、药物分析杂志5、中国新药杂志6、中国新药与临床杂志7、中国医院药学杂志8、中国医药工业杂志9、中国药科大学学报10、中国抗生素杂志11、沈阳药科大学学报12、中国药理学与毒理学杂志13、中国临床药理学杂志14、中国药房15、中国生化药物杂志16、中国现代应用药学17、华西药学杂志[2]投稿须知作品内容来稿内容、字数不限，任何形式皆可，如散文、诗歌、小说、剧本、评论、论文、游记等。投稿作品必须出自原创，并且在中国期刊网首发，不得作假，一经发现，将取消作者的投稿资格，情节严重者，将在首页进行公布。投稿者若有抄袭、模仿他人作品等侵犯他人知识产权的；或者稿件内容侵犯他人名誉权、隐私权、人格权的，由投稿者承担相应法律责任。作品发表要求：期刊网网站保留审稿、退稿和修改稿件的一切权力。期刊不接受含有下列内容之一的作品：1、反对宪法所确定的基本原则的；2、危害国家安全，泄露国家秘密，颠覆国家政权，破坏国家统一；3、损害国家荣誉和利益的；4、煽动民族仇恨、民族歧视，破坏民族团结；5、破坏国家宗教政策，宣扬邪教和封建迷信；6、散布谣言，扰乱社会秩序，破坏社会稳定；7、散布淫秽、色情、赌博、暴力、凶杀、恐怖或者教唆犯罪；8、侮辱或者诽谤他人，侵害他人合法权益；9、含有法律、行政法规禁止的其他内容；版权要求1、所有作品无论是否发表，作者均依照《中华人民共和国著作权法》享有著作权。2、所有投稿作品中国期刊网及其相关合作机构（包括网站、出版物、移动网络等），享有有使用权。
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