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脂质组学发表论文

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脂质组学发表论文

日本东京大学Umeharu Ohto和日本京都大学Norimichi Nomura团队共同合作近期取得重要工作进展。他们研究发现胆汁酸转运蛋白NTCP的结构对乙型肝炎病毒进入至关重要。该项研究成果2022年5月17日在线发表于《自然》杂志上。 在这里,研究人员报告了人类、牛和大鼠NTCPs在apo状态下的低温电子显微镜(cryo-EM)结构,它揭示了跨膜隧道的存在和底物的可能运输途径。 此外,人类NTCP在LHBs的肉豆蔻酰化preS1结构域存在下的低温电镜结构以及突变和运输试验分析表明了一种结合模式,即preS1和底物竞争NTCP中细胞外通道的开口。重要的是,preS1域相互作用分析能够对人类NTCP中自然发生的HBV不敏感突变进行机理解释。综上所述,他们的研究结果为HBV识别和哺乳动物NTCPs对钠依赖性胆汁酸易位的机制的理解提供了结构框架。 据介绍,慢性乙型肝炎病毒 (HBV) 感染在全球影响超过2.9亿人,是肝硬化和肝细胞癌的主要原因,估计每年导致82万人死亡。HBV感染的建立需要病毒包膜糖蛋白L(LHBs)与宿主进入受体钠-牛磺胆酸共转运多肽(NTCP)之间的分子相互作用,NTCP是一种从血液到肝细胞的钠依赖性胆汁酸转运蛋白。然而,目前对于病毒-转运蛋白相互作用分子基础尚不清楚。 Source: 美国加州大学Arash Komeili研究小组在研究中取得进展。他们发现不同基因簇诱导细菌铁小体细胞器的形成。2022年5月18日出版的《自然》发表了这项成果。 在本研究中,研究人员发现一个与铁结合的隔室,在此命名为“铁小体”,是之前在厌氧细菌磁性脱硫弧菌中发现的。使用蛋白质组学方法,研究人员鉴定了三种铁小体相关(Fez)蛋白,它们在D. magneticus中参与形成铁小体。Fez蛋白由特定的操纵子编码,包括FezB,FezB是在系统发育和代谢不同的细菌和古细菌中发现的P1B-6-ATP酶。研究人员揭示了另外两种细菌物种,Rhodopseudomonas palustris和Shewanella putrefaciens,通过其六基因fez操纵子产生铁小体。 此外,研究发现fez操纵子还可以在外来宿主中形成铁小体。使用S. putrefaciens作为模型,研究表明铁小体可能在厌氧适应铁饥饿中发挥作用。总体而言,该工作发现铁小体可能是一类新的铁储存细胞器,并为研究它们在多种微生物中的形成和结构奠定了基础。 据了解,细胞内铁稳态对于机体至关重要,通过严格调节铁的输入、流出、储存和代谢来维持铁稳态。最常见的铁储存模式使用蛋白质隔室,例如铁蛋白和相关蛋白质。尽管发现了脂质结合的铁隔室,但它们的形成和功能基础仍然未知。 Source: 美国德克萨斯大学西南医学中心Peter M Douglas研究组发现小G蛋白香叶酰化可监测细胞内脂质稳态。2022年5月18日出版的《自然》杂志发表了这项成果。 他们描述了一种在秀丽隐杆线虫中进行细胞内脂质监测的机制,该机制涉及核激素受体 NHR-49 的转录失活,其通过与小 G 蛋白 RAB-11.1 结合的香叶基香叶酯结合到内吞囊泡进行胞质隔离。由脂质消耗引起的有缺陷的从头类异戊二烯合成限制了 RAB-11.1 香叶基香叶酰化,这促进了 NHR-49 的核易位和 rab-11.2 转录的激活,以增强转运蛋白在质膜上的驻留。因此,他们鉴定了一种细胞可感知的关键脂质,及与其相连 G 蛋白和核受体,它们的动态相互作用使细胞能够感知由于脂质消耗引起的代谢需求,并通过增加营养吸收和脂质代谢来做出反应。 据悉,脂质稳态失衡会对健康产生有害影响。然而,细胞如何感知由于脂质消耗导致的代谢需求并通过增加营养吸收做出反应仍不清楚。 Source: 英国牛津大学Sebastian M. Shimeld研究组探明Hmx基因保留确定了脊椎动物颅神经节的起源。2022年5月18日出版的《自然》杂志发表了该项成果。 他们表明同源盒转录因子 Hmx 是脊椎动物感觉神经节发育的组成成分,并且在小肠绦虫中,Hmx 是驱动双极尾神经元分化程序所必要且充分的,这些细胞以前被认为是神经嵴的同源物。使用绦虫和七鳃鳗转基因,他们证明了茎-脊椎动物谱系中,一个独特的、串联重复的增强子对调节的 Hmx 表达。他们还在绦虫中展示了明显强大的脊椎动物 Hmx 增强子功能,表明上游调控网络的深度保留跨越了脊椎动物的进化起源。这些实验证明了绦虫和脊椎动物 Hmx 之间的调节和功能保护,并指出双极尾神经元是颅感觉神经节的同源物。 研究人员表示,脊椎动物的进化起源包括与掠夺性生活方式的获得相关的感官处理方面的创新。脊椎动物通过由颅感觉神经节服务的感觉系统感知外部刺激,其神经元主要来自颅基板;然而,由于活体谱系之间的解剖学差异以及细胞类型和结构之间的同源性分配困难,阻碍了对基板和颅感觉神经节进化起源的理解。 Source: 美国斯坦福大学Anthony E. Oro团队近期取得重要工作进展。他们研究发现Gibbin中胚层调节模式上皮细胞的发育。该项研究成果2022年5月18日在线发表于《自然》杂志上。 在这里,研究人员鉴定了由Xia-Gibbs AT-hook DNA-binding-motif-containing 1(AHDC1)疾病基因编码的蛋白质Gibbin,它是早期上皮形态发生的关键调节因子。他们发现增强子或启动子结合的Gibbin与数十种序列特异性锌指转录因子和甲基-CpG 结合蛋白相互作用,以调节中胚层基因的表达。Gibbin的缺失导致GATA3依赖性中胚层基因的DNA甲基化增加,导致发育中的真皮和表皮细胞类型之间的信号通路的缺失。 值得注意的是,Gibbin突变的人类胚胎干细胞衍生的皮肤类器官缺乏真皮成熟,导致表达p63的基底细胞具有缺陷的角质形成细胞分层。体内嵌合CRISPR小鼠突变体揭示了一系列Gibbin依赖性发育模式缺陷,这些缺陷影响了反映患者表型的颅面结构、腹壁闭合和表皮分层。他们的结果表明,在Xia–Gibbs和相关综合征中看到的模式表型源于基因特异性 DNA甲基化决定而导致的异常中胚层成熟。 据介绍,在人类发育过程中正确的外胚层模式需要先前确定的转录因子,如GATA3和p63,以及来自区域中胚层的位置信号。然而,外胚层和中胚层因子对稳定基因表达和谱系定型的机制仍不清楚。 Source: 美国纪念斯隆-凯特琳癌症中心Vinod P. Balachandran等研究人员合作发现,新抗原质量可预测胰腺癌幸存者的免疫编辑。相关论文于2022年5月19日在线发表在《自然》杂志上。 研究人员表示,癌症免疫编辑是癌症的一个标志,它预示着淋巴细胞会杀死更多的免疫原性癌细胞,使免疫原性较低的克隆体在群体中占主导地位。虽然在小鼠身上得到证实,但免疫编辑是否在人类癌症中自然发生仍不清楚。 为了解决这个问题,研究人员调查了70个人类胰腺癌在10年内是如何演变的。研究人员发现,尽管有更多的时间积累突变,但罕见的胰腺癌长期幸存者在原发肿瘤中具有更强的T细胞活性,其复发肿瘤的遗传异质性较低,免疫原性突变(新抗原)较少。为了量化免疫编辑是否是这些观察结果的基础,研究人员通过两个特征来推断了新抗原是否具有免疫原性(高质量),这基于新抗原与已知抗原相似性的"非自体性",以及基于新抗原与野生型肽相比不同地结合到MHC或激活T细胞所需的抗原性距离的"自体性"。利用这些特征,研究人员估计癌症克隆的适应性是T细胞识别高质量新抗原的总成本被致癌突变的收益所抵消。 通过这个模型,研究人员预测了肿瘤的克隆进化,并发现胰腺癌的长期幸存者会发展出具有较少高质量新抗原的复发性肿瘤。因此,研究人员展示了人类免疫系统自然编辑新抗原的证据。此外,研究人员提出了一个模型来预测免疫压力是如何诱导癌细胞群随时间演变的。更广泛地说,这些研究结果表明,免疫系统从根本上监督宿主的基因变化来抑制癌症。 Source: 美国斯坦福大学Mark J. Schnitzer、Sadegh Ebrahimi等研究人员合作揭示感觉皮质编码和区域间通信的新兴可靠性。2022年5月19日,国际知名学术期刊《自然》在线发表了这一成果。 研究人员对小鼠执行视觉辨别任务的8个新皮层区域的神经元活动同时进行了5天的成像,产生了超过21000个神经元的纵向记录。分析显示,整个新皮层的事件序列从静止状态开始,到感知的早期阶段,并通过任务反应的形成。在静止状态下,新皮层有一种功能连接模式,通过共享活动共变的区域组来识别。在感觉刺激开始后约200毫秒内,这种连接重新排列,不同区域共享共变和任务相关信息。 在这个短暂的状态中(大约持续300毫秒),区域间的感觉数据传输和感觉编码的冗余都达到了顶峰,反映了任务相关神经元之间相关波动的短暂增加。刺激开始后约0.5秒,视觉表征达到一个更稳定的形式,其结构对单个细胞反应中突出的、逐日的变化是强大的。在刺激出现约1秒后,一个全局波动模式传达了小鼠对每个受检区域即将作出的反应,并与携带感觉数据的模式正交。 总的来说,新皮层通过在感知开始时感觉编码冗余的短暂提升、对细胞变异性稳健的神经群体编码以及广泛的区域间波动模式来支持感觉性能,这些模式以不干扰的渠道传递感觉数据和任务反应。 据了解,可靠的感觉辨别必须来自高保真的神经表征和脑区之间的交流。然而,新皮层感觉处理如何克服神经元感觉反应的巨大变异性仍未确定。 Source: 近日,美国斯坦福大学Jesse M. Engreitz及其团队的最新研究揭示人类增强子和启动子序列的相容性规则。相关论文于2022年5月20日在线发表在《自然》杂志上。 研究人员设计了一种名为ExP STARR-seq(增强子x启动子自转录活性调节区测序)的高通量报告试验,并应用它来研究人类K562细胞中1000个增强子和1000个启动子序列的组合相容性。研究人员确定了增强子-启动子兼容性的简单规则:大多数增强子以类似的数量激活所有启动子,内在的增强子和启动子的活动以倍数结合来决定RNA输出(R2=0.82)。 此外,有两类增强子和启动子显示出微妙的偏好效应。管家基因的启动子含有GABPA和YY1等因子的内置激活模体,这降低了启动子对远端增强子的反应性。表达不一的基因的启动子缺乏这些模体,对增强子表现出更强的反应性。总之,这种对增强子-启动子兼容性的系统评估表明,在人类基因组中,有一个由增强子和启动子类型调整的乘法模型来控制基因转录。 据了解,人类基因组中的基因调控是由远端增强子控制的,它能激活附近特定的启动子。这种特异性的一个模型是,启动子可能对某些增强子有序列编码的偏好,例如由相互作用的转录因子组或辅助因子介导。这种"生化兼容性"模型已被个别人类启动子的观察和果蝇的全基因组测量所支持。然而,人类增强子和启动子内在兼容的程度还没有得到系统的测量,它们的活动如何结合起来控制RNA的表达仍不清楚。 Source: 美国华盛顿大学医学院David J. Pagliarini和美国摩根里奇研究所Joshua J. Coon共同合作,近期取得重要工作进展。他们通过深度多组学分析来确定线粒体蛋白的功能。该项研究成果2022年5月25日在线发表于《自然》杂志上。 在这里,为了建立更完整的人类线粒体蛋白功能纲要,研究人员使用基于质谱的多组学分析方法分析了200多个CRISPR介导的HAP1敲除细胞系。这项工作产生了大约 830 万个不同的生物分子测量值,提供了对线粒体扰动的细胞反应的深入调查,并为蛋白质功能的机制研究奠定了基础。在这些数据的指导下,他们发现PIGY 游开放阅读框(PYURF)是一种S-腺苷甲硫氨酸依赖性甲基转移酶伴侣,它支持复合物I组装和辅酶Q生物合成,并且在以前未解决的多系统线粒体疾病中被破坏。 研究人员进一步将推定的锌转运蛋白SLC30A9与线粒体核糖体和OxPhos完整性联系起来,并将RAB5IF确定为第二个含有导致脑面胸腔发育不良的致病变异的基因。他们的数据可以通过交互式在线MITOMICS.app资源进行探索,表明许多其他孤儿线粒体蛋白的生物学作用仍然缺乏强大的功能表征,并定义了线粒体功能障碍的丰富细胞特征,可以支持线粒体疾病的基因诊断。 据了解,线粒体是真核生物新陈代谢和生物能学的中心。近几十年来的开创性努力已经确定了这些细胞器的核心蛋白成分,并将它们的功能障碍与150多种不同的疾病联系起来。尽管如此,数以百计的线粒体蛋白仍缺乏明确的功能,约40%的线粒体疾病的潜在遗传基础仍未得到解决。 Source: 美国加州大学洛杉矶分校Alcino J. Silva和Miou Zhou研究组合作揭示,C-C 趋化因子受体 5 (CCR5)可关闭记忆链接的时间窗口。相关论文发表在2022年5月25日出版的《自然》杂志上。 他们展示了CCR5(一种免疫受体,众所周知是 HIV 感染的共同受体)的表达延迟(12-24 小时)增加在环境记忆形成后决定时间窗口的持续时间,以便将该记忆与后续记忆关联或链接。小鼠背侧 CA1 神经元中 CCR5 的这种延迟表达导致神经元兴奋性降低,进而负调节神经元记忆分配,从而减少背侧 CA1 记忆集合之间的重叠。降低这种重叠会影响一个记忆触发另一个记忆的召回能力,因此关闭记忆链接的时间窗口。 他们的研究结果还表明,与年龄相关的 CCR5 及其配体 CCL5 的神经元表达增加会导致老年小鼠的记忆连接受损,这可以通过 Ccr5 敲除和美国食品和药物管理局(FDA)批准的药物逆转。抑制这种受体具有临床意义。总而言之,这里报道的研究结果提供了对塑造记忆链接时间窗口的分子和细胞机制的见解。 据介绍,现实世界的记忆是在特定的环境下形成的,通常不是孤立地获得或回忆的。时间是记忆组织中的一个关键变量,因为时间接近的事件更有可能有意义地关联,而间隔较长的事件则不是。大脑如何区分时间上不同的事件尚不清楚。 Source: 德国海德堡大学Rohini Kuner研究组发现错误连接和终末器官靶向异常可引起神经性疼痛。2022年5月25日出版的《自然》杂志在线发表了这项成果。 研究人员在神经损伤后超过10个月的时间里,以纵向和非侵入性地方式对基因标记的纤维群进行成像,这些纤维群在皮肤周围感知有害刺激(伤害感受器)和轻柔触摸(低阈值传入),同时跟踪这些小鼠与疼痛相关的行为。完全去神经支配的皮肤区域最初失去感觉,逐渐恢复正常敏感性,并在受伤几个月后出现明显的异常性疼痛和对轻触的厌恶。这种神经再支配引起的神经性疼痛与伤害感受器有关,这些伤害感受器延伸到去神经支配的区域,精确地再现神经支配的初始模式,由血管引导,在皮肤中显示出不规则的终端连接,并降低了模拟低阈值传入的激活阈值。 相比之下,低阈值传入神经(通常在损伤后完整神经区域中介导触觉以及异常性疼痛)没有重新建立神经支配,导致仅具有伤害感受器的迈斯纳小体等触觉末端器官受异常神经支配。敲除与伤害感受器有关的基因完全消除了神经再支配异常性疼痛。因此,该研究结果揭示了一种慢性神经性疼痛的发生机制,这种疼痛是由结构可塑性、异常末端连接和神经再支配过程中伤害感受器受损造成的,并为在临床观察到的对病人产生沉重负担的矛盾感觉提供了机制框架。 据了解,神经损伤会导致慢性疼痛和对轻柔触摸的过度敏感(异常性疼痛)以及受伤和未受伤神经聚集区域的感觉丧失。改善这些混合和矛盾症状的机制尚不清楚。 Source: 星形胶质细胞在不同疾病中的反应性转录调控不同,这一成果由美国加州大学Michael V. Sofroniew、Joshua E. Burda研究组经过不懈努力而取得。2022年5月25日出版的《自然》杂志发表了这项成果。 研究人员通过将生物学和信息学分析(包括RNA测序、蛋白质检测、转座酶可及染色质测定与高通量测序(ATAC-seq)和条件基因缺失)相结合的方法来预测转录调节因子,这些调节因子调控了超过12,000个与小鼠和人不同中枢神经系统疾病中星形胶质细胞反应有关的差异表达基因(DEGs)。与星形胶质细胞反应相关的DEG在疾病中表现出明显的异质性。转录调节因子也具有疾病特异性差异,但研究人员发现了一个在这两个物种多种疾病中常见的由61个转录调节因子组成的核心组。实验表明,DEG多样性是由不同转录调节因子与特定细胞内环境之间相互作用决定的。 值得注意的是,相同反应性转录调节因子可以调节不同疾病中显著不同的DEG队列。转录调节因子对DNA结合基序的可及性变化在不同疾病之间存在明显差异;对DEG变化至关重要的调控可能需要多个反应性转录调节因子。通过调节反应性,转录调节因子可以显著改变疾病结果,并可以将其作为治疗靶点。该研究提供了与疾病相关反应性星形胶质细胞DEG及可搜索的预测转录调节因子资源。该研究结果表明,与星形胶质细胞反应性相关的转录变化是高度异质的,并且可通过特定于细胞内环境的转录调节因子组合产生大量潜在的DEG。 据悉,星形胶质细胞对中枢神经系统疾病和损伤作出反应,反应性变化会影响疾病进展。这些变化包括DEGs,然而对DEGs背景多样性和调控知之甚少。 Source: 近日,以色列魏茨曼科学研究所Karina Yaniv、Rudra N. Das等研究人员合作发现,淋巴管转分化可产生专门的血管。相关论文于2022年5月25日在线发表在《自然》杂志上。 研究人员利用斑马鱼臀鳍的循环成像和系谱追踪,从早期发育到成年,发现了一种通过淋巴管内皮细胞(LECs)的转分化形成专门血管的机制。此外,研究人员证明了从淋巴与血液内皮细胞(EC)衍生出的臀鳍血管在成年生物体中的功能差异,揭示了细胞本体和功能之间的联系。研究人员进一步利用单细胞RNA测序分析来描述了转分化过程中涉及的不同细胞群和过渡状态。 最后,结果表明,与正常发育相似,在臀鳍再生过程中,血管从淋巴管中重新衍生出来,表明成年鱼的LEC保留了生成血液EC的效力和可塑性。总的来说,这项研究强调了通过LEC转分化形成血管的先天机制,并为EC的细胞个体发生和功能之间的联系提供了体内证据。 据了解,细胞的谱系和发育轨迹是决定细胞身份的关键因素。在血管系统中,血液和淋巴管的EC通过分化和特化来满足每个器官的独特生理需求。虽然淋巴管被证明来自多种细胞来源,但LEC不知道会产生其他细胞类型。 Source: 德国马克斯·普朗克免疫生物学和表观遗传学研究所Thomas Boehm、Dominic Grün等研究人员合作揭示两种双潜能胸腺上皮细胞祖先类型的发育动态。相关论文于2022年5月25日在线发表于国际学术期刊《自然》。 研究人员结合单细胞RNA测序(scRNA-seq)和一个新的基于CRISPR-Cas9的细胞条形码系统,在小鼠中确定胸腺上皮细胞随时间变化的质和量。这种双重方法使研究人员能够确定两个主要的祖先群体:一个早期双潜能祖先类型偏向皮质上皮,一个产后双潜能祖先群体偏向髓质上皮。研究人员进一步证明,连续提供Fgf7的自分泌导致胸腺微环境的持续扩张,而不会耗尽上皮祖细胞池,这表明有一种策略可以调节胸腺造血活动的程度。 据介绍,胸腺中的T细胞发育对细胞免疫至关重要,并取决于器官型的胸腺上皮微环境。与其他器官相比,胸腺的大小和细胞组成是异常动态的,例如在发育的早期阶段快速生长和高T细胞输出,随后随着年龄的增长,胸腺上皮细胞的功能逐渐丧失,初始T细胞的产量减少。scRNA-seq发现了年轻和年老的成年小鼠胸腺上皮细胞的意外异质性;然而,推定的产前和产后上皮祖细胞的身份和发育动态仍未得到解决。 Source: 美国西奈山伊坎医学院Filip K. Swirski、Wolfram C. Poller等研究人员合作发现,大脑运动和恐惧回路在急性应激期间调节白细胞。2022年5月30日,《自然》杂志在线发表了这项成果。 研究人员发现,在小鼠急性应激期间,不同的大脑区域塑造了白细胞的分布和整个身体的功能。利用光遗传学和化学遗传学,研究人员证明运动回路通过骨骼肌来源的吸引中性粒细胞的趋化因子诱导中性粒细胞从骨髓快速动员到周围组织。相反,室旁下丘脑通过直接的、细胞内的糖皮质激素信号控制单核细胞和淋巴细胞从二级淋巴器官和血液向骨髓排出。这些压力诱导的、反方向的、全群体的白细胞转移与疾病易感性的改变有关。 一方面,急性应激通过重塑中性粒细胞并引导它们被招募到损伤部位来改变先天免疫力。另一方面,促肾上腺素释放激素(CRH)神经元介导的白细胞转移可防止获得自身免疫,但会损害对SARS-CoV-2和流感感染的免疫力。总的来说,这些数据显示,在心理压力期间,不同的大脑区域会不同地、迅速地调整白细胞景观,从而校准免疫系统对身体威胁的反应能力。 据了解,神经系统和免疫系统有着错综复杂的联系。尽管人们知道心理压力可以调节免疫功能,但将大脑中的压力网络与外周白细胞联系起来的机制途径仍然不为人知。 Source:

1. HU Haiyan, HUANG Yuan, LIU Jie, ZHANG Zhirong*. Medium-chain triglycerides based o/w microemulsion for intravenous adminstration: formulation, characterization and in vitro hemolytic activities. J Drug Del Sci Tech, 2008, 18(2) :101-1072. Zhu Wenbo, Hu Haiyan (co-first), Qiu Pengxin, Yan Guangmei*. Triptolide induces apoptosis in human anaplastic thyroid carcinoma cells by a p53-independent but NF- B-related mechanism. Oncology Reports, 2009, 22: 1397-14013. 游秀华, 王荣昌, 汤文星, 李莹, 何志坚, 胡海燕*(通讯作者), 吴传斌. 自微乳化系统提高广藿香醇大鼠口服生物利用度. 中国中药杂志, in press4. 汤文星,郑思嘉,王荣昌,游秀华,冷田东,胡海燕* (通讯作者),颜光美. 氧化甾醇-磷脂脂质囊泡抽制备及特性研究. 中山大学学报(自然科学版),2009,48(4):35-395. 刘杰; 王荣昌; 傅静奕; 张志荣; 何岚; 胡海燕* (通讯作者). 不同处方喷昔洛韦微乳体外特性及小鼠体内分布研究. 中国现代应用药学,2009,29(5): 356-3606. 刘杰郑思嘉陈福斯谢建芳胡海燕*(通讯作者)。HPLC法测定复方首乌降脂胶囊中熊果酸的含量. 中国现代药物应用,2009,3(2):1-27. 胡海燕,吴传斌. 《药剂学进展》研究性教学体系的构建. 药学教育,2009,29(1): 25-288. 刘杰,郑思嘉,韩金玟,胡海燕*(通讯作者). HPLC测定复方首乌降脂胶囊中2,3,5,4-四羟基二苯乙烯-2-O-β-葡萄糖苷的含量. 中国现代应用药学, 2008, 25(8): 719-7219. 胡海燕,陈小娟,陈六平,张志荣. 脉冲场梯度NMR测定六元复杂微乳体系中各组分的自扩散系数. 四川大学学报(自然科学版), 2007, 44(4):855-85910. 胡海燕,徐雄良,王荣昌,张志荣. 不同溶解性质的药物在o/w微乳中的溶解度和体外释放特征. 中国药学杂志 ,2006, 41(9): 678-68211. 胡海燕,林芸竹,龚涛,张志荣. 喷昔洛韦微乳小鼠体内分布研究.中国药学杂志 ,2007,42(2):148-15112. 胡海燕,王荣昌,莫凤翔,吴传斌. HPLC测定结石清片中盐酸巴马汀的含量. 中药材,2007,30(4):479-48013. 胡海燕,黎颖,杨得坡. 龙血竭超微粉滴丸的制备工艺.中国医药工业杂志,2004,(11):21-2314. 胡海燕,黎颖,杨得坡,王冬梅. 不同粒径血竭粉末与制剂滴丸止血作用比较研究. 中国中药杂志,2004,29(12):1141-114315. 胡海燕,彭劲甫,黄世亮,杨得坡. 分子蒸馏技术用于广藿香油纯化工艺的研究 . 中国中药杂志,2004, 29(4):320-32216. 徐新军,胡海燕,王珊,郭鑫霆. 高效液相色谱蒸发光散射检测器测定新血宝胶囊中黄芪甲苷含量. 药物分析杂志,2009,29(2): 292-29417. XU Xiongliang, FU yao, HU Haiyan, ZHANG Zhirong. Quantitative determination of insulin entrapment efficiency in triblock copolymeric nanoparticles by highperformance liquid chromatography. J Pharm Biomedical Anal, 2006, 41:266-27318. SUN Xun, HAI Li, WU Yong, HU Haiyan, ZHANG Zhirong. Targeted gene delivery to Hepatoma cells using galactosylated Liposome-Polycation-DNA complexes (LPD). J Drug Target, 2006, 13(2): 121-128.19. 魏振平,胡海燕,毛世瑞,毕殿洲. 改进HPLC测定血浆中西沙必利样品的处理方法. 华西药学杂志, 2005, (2): 56-5720. 王发松,胡海燕,黄世亮,杨得坡. 姜油的分子蒸馏纯化工艺与化学成分分析研究. 中国医药工业杂志,2003,34(3): 125-12621. 甘良春,胡海燕,杨得坡. 薄膜包衣的成型工艺及其在中药微丸上的应用. 时珍国药杂志, 2004,15(3):177-17822. 杨得坡,甘良春,胡海燕. 国外贯叶连翘抗抑郁疗效的临床验证.中西医结合学报, 2004,2(3):231-235

脂质体投稿英文期刊

顾学裘于50年代初立志从事药物制剂的研究。当时,中国的药物制剂研究和生产都十分落后,大量制剂依靠进口。顾学裘深感自己作为药剂学教授应为振兴和发展中国的药物制剂贡献所长,作出努力。当年的科研工作条件差、困难多,他发动和组织药剂教研室的教师,在简陋条件下进行生物制剂、乳剂和制剂辅料等多项研究。1955年,发表了《白及胶质的提取及其性能的研究》和《白及胶作为片剂赋形剂的研究》两篇研究论文,已被国内外许多研究、生产单位所引用。60年代,他在十分困难的条件下,仍坚持开展长效制剂和前体药物制剂的研究。他首创性地研制了长效维生素B12和长效普鲁卡因等新制剂。普鲁卡因长效制剂,国外是用普鲁卡因盐基制成的桃仁油溶液,而他设计研制的新制剂包括速效和长效两部分配制的水液,用药后既可迅速发挥止痛作用,又可维持较长时间的药效。1963年,他结合自己的研究实践,编写出版了《长效制剂综述》 (人民卫生出版社)。他在长效制剂和前体药物制剂的研究领域,当时处于国内领先的地位。70年代,他主要从事药物制剂新剂型的研究,包括静脉乳剂、微型胶囊、脂质体、磁性微球剂等。1978年,由他组建和领导的制剂研究室就是以新剂型为研究方向的。他看到癌症日益严重地威胁人类生命,就及时把工作重点转向抗癌药物新剂型的研究。在80年代的10年间,他领导研究室开展广泛协作,进行了卓有成效的研究工作,创制了抗癌药物“导弹”式载体——多相脂质体系列品种10余个,其中油酸多相脂质体(139)、复方唐松草新碱多相脂质体(139-2)、氟脲嘧啶多相脂质体(139-3)、环磷酰胺多相脂质体(139-7)等,已有多家药厂生产或准备生产。药理和临床研究结果表明,抗癌药物多相脂质体具有淋巴系统定向性,可以提高疗效,降低毒副作用。现在他的研究成果已经取得了较大的社会效益和经济效益。脂质体是70年代出现的一种新型药物载体,许多国家都在进行脂质体作为抗癌药物“导弹”的研究。但是由于脂质体对药物的包封量不足和加热灭菌不稳定等问题得不到解决,所以长期停留在实验室研究阶段。顾学裘首创的多相脂质体,突破了上述难关,使这一新型药物载体从实验室研究推进到工业生产和临床应用的阶段,并且由于他在组方和工艺上的革新,可使工业生产大大简化工艺过程。在1984年召开的成果鉴定会上,来自各地的专家对抗癌药物新剂型——多相脂质体的研究成果给予高度评价。鉴定书称“多相脂质体是在国外脂质体基础上创造的新剂型,设计思想科学,技术方法先进,解决了国内外脂质体研究中存在包封率较低和不能热压灭菌的两大技术关键问题,使脂质体从长期停滞在实验室研究进入到临床医疗和工业生产,有关键性的突破”。顾学裘在这10年多的抗癌药物新剂型研究中,先后发表了105篇论文;编写了60多万字的《中国多相脂质体研究》(即将由中国医药科技出版社出版)及《抗癌药物新剂型学术研究论文集》(中文本1册,英文本2册);有32篇论文在七次国际学术会议上作了交流。1990年2月下旬,79岁高龄的顾学裘,亲自赴美国参加佛罗里达大学主持召开的国际脂质体学术讨论会,并作了《在抗癌化疗方面多相脂质体的研究》的学术报告,介绍了中国10多年来在“多相脂质体”的研究、生产和作为抗癌化疗药物“导弹”式载体用于临床的情况,博得了同行专家们的赞赏和重视。现在,年已八旬的顾学裘,仍以“老骥伏枥,志在千里”的精神,坚持奋进在攻克癌症的科研岗位上。他除了继续进行抗癌药物新剂型的研究工作外,还计划和主持编写《中药抗癌抗衰老研究进展》、《防癌抗癌纵横谈》、《汉日英拉药学词汇》、《科学的养生观》和《群芳谱》(药草花卉摄影图谱)等多部著作,决心为祖国医药事业奉献晚年余热。

一、国内经典药剂学1、陆彬老师的《药物新剂型与新技术》,国内药剂学中的里程碑。 2、平其能老师的《现代药剂学》药剂学理论指导实践。3、沈阳诸位老师的《现代药物制剂技术丛书-共九个分册》,药剂学经验之大餐。其中感触比较深的是口服固体缓控释中对体内外相关性的阐述,药物微囊化新技术一书中对国外微球技术平台的大概述,脂质体一书中对制剂产业化的阐述(希望国内的药剂学书籍中都能加大这一章节的力度)。其他的,呵呵,还没看。 4、张志荣老师的《靶向治疗分子基础与靶向药物设计》,药剂学前沿之作,药剂学不仅仅是改善依从性,更重要的是增效减毒。靶向药物已有多个单抗和小分子上市了,靶向制剂尚需努力啊。二、国外经典药剂学 1、首推的是化学工业出版社出版的一系列译著,多少本,一直没统计完全 郑俊民老师翻译的《可注射缓释制剂》,对于高端剂型的研发很有指导和借鉴。邓意辉老师翻译的《脂质体》,对脂质体的入门很有帮助,很多例子是Step by step。 2、容易被忽视的一本译著是胡晋红老师翻译的《现代给药系统的理论和实践》,对各种新剂型的介绍言简意赅,而且其中的举例多是已上市的新剂型(个人认为这一点是国内药剂书中所欠缺的),对从事制剂立项的人员来说值得一读。 3、制剂处方工艺大餐大家很关心的是处方和工艺,《Handbook of Pharmaceutical Manufacturing Formulations》共分六个分册,介绍了片剂,胶囊,半固体,液体,OTC,注射剂六大剂型的处方及制备工艺,比如说拉咗类,都有详细的处方和制备工艺,值得借鉴。4、还有一本是名字一时想不起来,好像共十二本,是关于ANDA的,介绍了缓释片,缓释胶囊,普通片,普通胶囊,软胶囊等多种剂型的研发资料,而且还有ANDA申报资料模板(虽是旧的模板),但对于国内仿制药的研发也很有借鉴意义。其他的,诸位战友分享下吧。 ======================简单说一下读书感受:《药物新剂型与新技术》,陆彬教授。第一版在当年是非常火的,内容也紧跟国外进展。第二版增添了很多新的内容,但感觉有些内容比较陈旧,已经不够“新”了。《现代药剂学》,平其能教授。我本人比较偏好物理化学,对理论指导实践比较推崇。现象的背后都有原因,但细究的人太少。这本书是比较少见的介绍理论的书籍。出版10年多了,平老师不知道会不会考虑修订?《现代药物制剂技术丛书-共九个分册》,沈药教授主编。看了几本(脂质体、微囊化、环糊精、口服吸收等),学到很多东西。但就自己比较熟悉的脂质体来说,李春雷博士撰写的产业化一章最为精彩。环糊精一书比较全面,口服吸收一书尤其重视理论。《靶向治疗分子基础与靶向药物设计》,张志荣教授。3年前翻过。大宋说靶向制剂还要努力,确实如此。不过我更看好抗体-药物复合物。《可注射缓释制剂》,郑俊民老师译。我非常喜欢的一本书,全书以产品为核心,看完后如果觉得不过瘾,就再去找专利或者文献看吧。1/3《脂质体》,邓意辉教授译。我刚接触的第一本脂质体书就是此书英文第一版,当时看得草草。现在大家可以直接看中文版,里面有非常好的Protocol。《现代给药系统的理论和实践》,胡晋红教授译。多年前在DXY上推荐过,我也是在读研时看了,同样以产品为核心的内容让我大开眼界。以上这些书,都偏向于新剂型介绍。回顾一下,大部分都是2年前看的了,这几年懒了很多。 ===============大宋都已经推荐,写完才发现意见和他差不多,无甚新意。故再聊几本书:《冷冻干燥》(原著第二版)。我做冻干前已经看了很多书籍和文献,但此书确实提升了自己的理论水平(又回到我推崇的物理化学)。可能开始会觉得枯燥(数学推导多),但请耐心看下去,一定会有很大收获。《药物生物利用度》,何仲贵教授主译(译者还有钟大放老师)。没见到这本书之前,觉得生物利用度挺简单的,看到这本书才知道自己的浅薄。借同学的,放了很久,草草翻过,一直也没空看多少。《无菌制药工艺的验证》,DXY上有介绍,我主要看的无菌过滤一章,很深入浅出。《药学中的胶体化学》,侯新朴教授。很薄的一本书,如果做胶体给药系统,值得翻翻。《胶体分散药物制剂》《物理药剂学》(苏德森教授、王思玲教授)都是我感兴趣的内容,特别是后者很偏基础。大学毕业没多久,就把很多基础理论忘光了。所以看这两本书时感到老师们写书很不容易:知识点介绍得要全面、介绍时要深入浅出、还要有深度。英文专著除了几本脂质体的书,其他看得很少。急功近利,都直接看文献、专利去了,哪有空看书啊?本来还想介绍一下脂质体的书,但发现这些知识大多老化,已经没太多用了。纸上得来终觉浅,绝知此事要躬行。药剂是门实践性很强的学科,但如果理论基础好,确会事半功倍。认识一些工业药剂学做得好的专家以前大多学化学化工,生物药剂学做得好的专家大多学生物。 ============== 个人感觉现在毕业的药剂学生(五大药学院的不在其内)基础知识不是一般的差,估计也是拜教育改革和网游蓬勃发展所赐,所以我这里主要给刚走上工作岗位的战友推荐两本老书,老书的技术也许过时了,但是从打基础来说老书要好得多。第一本是我们学校的药剂第一人顾学裘教授的《药物制剂注解》20世纪60年代,我国药剂学著名科学家顾学裘教授在建国初期相对艰苦的条件下,主编了120万字的巨著《药物制剂注解》,并成为全国药学工作者的首选必读,随后在1979年对第1版进行了修订。但是近年来,随着国内外医药事业的发展,药物制剂的基础理论和应用取得了很大的进展,新品种和新工艺不断涌现,广大制药工作者感到需要一本更全面和更贴近当前药物制剂各品种的处方、工艺以及注解的书。目前这本书已经有了最新版的(属于《现代药物制剂技术丛书》系列),是去年10月出版的,何仲贵主编,对新剂型有了增加,我还没买也没找到电子版的,个人还在看顾老的老版本,感觉很适合新出炉的毛头小子拿去救急。等过一阵准备找家便宜的网店去买本最新的看看。

创刊于1980年的《饲料工业》杂志是伴随着我国饲料工业的起步而诞生的,二十多年来,期刊为推动我国饲料工业的发展做出了很大贡献。《饲料工业》杂志先后获得了很多荣誉,从1988年起就被吸录为“中文核心期刊”,2008年第四次被收录。从1993年至今连续十二年被期刊所在地辽宁省授予“一级期刊”、“辽宁省优秀科技期刊一等奖”,1994年在“纲要”颁布十周年时被国家饲料办、全国饲料协会评为先进集体,2001年被国家出版总署评为“中国期刊方阵双效期刊”,2004年被评为“北方优秀期刊”。《饲料工业》杂志得到了业界专家、读者的一致好评,被誉为“行业的主导期刊”。 专家论坛(1)美国、欧盟和中国饲料管理法规现状及发展趋势 王卫国工艺设备(8)减震器在锤片式饲料粉碎机上的应用 孙春一 金世哲(11)基于PRO-E和ADAMS的双轴高效混合机建模及仿真分析 裴朝东无(14)《饲料工业》投稿须知 无营养研究(15)不同抗氧化剂和添加水平对预混料中维生素A、E保护作用的研究 邹杨 杨在宾 杨维仁 李彦 杨占山 曹宏(18)水飞蓟残渣配合饲料对猪肉品质的影响 刘铁刚 张敏 王英伟(21)青贮玉米籽实对肉仔鸡生长性能、肠道菌群和肠道pH值的影响 王中华 王留试验研究(24)甘露寡糖脂质体纳米制剂对鸡白痢的预防试验 胡庭俊 彭晓峰 陆孟寒 曲世日百(26)玉米苞叶混菌发酵生产生物饲料的研究 何海燕 张健 覃拥灵(28)几种脱毒剂对黄曲霉毒素B_1和玉米赤霉烯酮体外吸附脱毒效果的比较研究 叶盛群 谌刚无(30)《饲料工业》(英文版)征稿启事 无微生态制剂(31)饲用微生物的种类与作用评价 成廷水 张峥 李继光 胡竑邠(34)啤酒糟微生态发酵制备高蛋白饲料工艺优化 全桂香 严金龙 方波(37)固态发酵马铃薯渣生产能量饲料共生菌株的筛选 江成英 吴耘红 王拓一 邵淑丽 郭成宇 刘井权反刍动物营养(40)过瘤胃氨基酸高能复合物对奶牛产奶量及乳成分的影响 林英庭 王利华 李久峰 陈俏俏 孙国强 胡昌军(43)不同饲喂水平对肉用羔羊矿物质消化代谢的影响 纪守坤 许贵善 刁其玉 邓凯东 姜成钢 屠焰 马涛 楼灿

蛋白质组学投稿期刊

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sci需要上传数据url和doi:SCI期刊一般要求上传数据后会提供上传数据的后台,每本期刊上传论文原始数据的后台是不一样的,大家以投稿期刊所指定的后台为准。接下来学术顾问以在蛋白质组学杂志及其他非组学杂志上上专数据的经验,供大家参考:投稿主流的蛋白质组学杂志时,往往优先推荐的是ProteomeXchange(简称PX)存储平台。这一平台旗下还包括了PRIDE Archive, MassIVE, PeptideAtlas, and jPOST等平台,研究者可以根据需要选择通过ProteomeXchange客户端直接上传原始数据或通过旗下平台进行上传。提交数据要求:每一个提交的dataset都需要包括:Peptide / protein identification files肽段蛋白质鉴定文件,称为“RESULTS”。mass spectrometer output files质谱输出文件,称为“RAW”。既可以是仪器直接输出的raw文件,也可以是高度加工过的XML标准形式(mzXML或mzML)文件。Optionally other files:包括peaklist files文件(称为“PEAK”),search engine output files文件(称为“SEARCH”,是Partial submissions提交时所必须的),quantification files定量文件及其他的后加工的文件等。

蛋白质组学投稿期刊推荐

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一天。一般是上午投稿,下午就会审核,但期刊质量不高的,可能时间会很长甚至石沉大海。Cells杂志是由瑞士MDPI出版社发行的国际同行评审Open Access期刊,每月一期,ISSN号为2073-4409。JCR分区位于细胞生物学1区;中科院分区位于生物学2区、细胞生物学3区。该杂志接收以下领域的original article、protocol和review:转录组学,基因组学,蛋白质组学,代谢组学,糖组学,脂质组学,相互作用学,通量组学,生物组学等以及所有细胞相关的研究。

论文发表蛋白质组数据

之前本来打算根据自己对蛋白质组学数据分析的经验和理解写一系列相关教程出来供复习参考,没想到在网上查到别人已经做过了,而且笔记相当全面,从样本处理到质谱仪原理再到数据分析等等都有提及,虽然是2016-2017年的课程,但内容并未过时,对我自己也大有益处。虽然其中一些内容有重复,但我也不想再进行整理了。因为笔记链接只有微信稿,担心后期会失效,所以这里只是简单地拷贝过来,以供复习之用。

1. 蛋白质组学研究方法概述(上) 1. 蛋白质组学研究方法概述(下) 2. 蛋白质组学样品前处理(1) 2. 蛋白质组学样品前处理(2) 2. 蛋白质组学样品前处理(3) 2. 蛋白质组学样品前处理(4) 3. 蛋白质谱的原理及使用(1) 3. 蛋白质谱的原理及使用(2) 3. 蛋白质谱的原理及使用(3) 3. 蛋白质谱的原理及使用(4) 4. 蛋白质组学数据分析基础(1) 4. 蛋白质组学数据分析基础(2) 4. 蛋白质组学数据分析基础(3)

库鑫 博士,2007年毕业于华中科技大学同济医学院,获学士学位。同年9月被保送至中科院上海药物研究所并于2010年取得硕士学位。2010年10月至2014年6月在德国慕尼黑工业大学(Technische Universität München)生物分析与蛋白质组学研究所(Prof. Bernhard Kuster)攻读博士学位,专业方向为基于串联质谱的蛋白质组学在肿瘤药物研究中的应用。库鑫在博士期间发展了基于定量质谱的化学蛋白组学方法用于近生理条件下激酶小分子药物脱靶效应的研究,相关结果发表于J Prot Res, J Prot等杂志上。现任职于上海交通大学系统生物医学研究院,研究方向:肿瘤相关生物标志物的发现和蛋白质糖基化修饰的研究。

刘晓慧 博士,高级工程师,复旦大学化学系/生物医学研究院 。 蛋白质组学与系统生物学实验室,2003年毕业于湖南师范大学 获理学学士学位,2006年毕业于湖南师范大学 获生物化学与分子生物学硕士学位,2014年毕业于复旦大学,获化学生物学博士学位。2006年至今,工作于复旦大学化学系,从事基于生物质谱的蛋白质和多肽定量方法的应用和开发,熟悉iTRAQ,MRM,MRM-HR,SWATH等相关技术,参与发表相关论文30余篇。

李溱 博士,副教授。中国农业大学生物学院,植物生理学与生物化学国家重点实验室,中国农业大学“985”功能基因组中心生物质谱实验室。李博士1999年毕业于北京师范大学,获得理学学士学位,2007年毕业于美国德克萨斯州Texas A&M大学,获得博士学位。2008年-2009年在University of Illinois at Urbana-Champaign从事博士后研究,2011年至今,就职于中国农业大学生物学院,负责生物质谱实验室日常运行,对外提供蛋白质组学和代谢组学技术服务,开展基于高分辨质谱技术的植物代谢组学和蛋白质组学研究工作。

廖日晶 博士,副研究员。2006.9-2011.7于中科院上海有机化学研究所硕博连读,研究方向为天然产物抗生素的生物合成机制,2011.8-2015.5于诺华(中国)生物医学研究所从事博士后研究,研究方向为运用生物质谱技术开发组蛋白后修饰的新型分析方法学。2015年6月至今任中科院上海临床研究中心副研究员,从事生物质谱技术在基础以及临床科研方面的运用和开发新型分析方法学的研究。在攻读博士与博士后期间,以第一作者身份在美国化学会志(JACS IF: 13.0)、分析化学(Analytical Chemistry IF: 5.9)、化学和生物学(Chemistry & Biology IF: 6.6)等重要刊物上发表多篇论文

沈诚频 博士,2005年毕业于复旦大学化学系,获得理学学士学位;同年保送至复旦大学生物医学研究院攻读博士学位,师从复旦大学生物医学研究院常务副院长杨芃原教授,2011年获得理学博士学位,攻读博士学位期间,作为访问学者于2009年-2011年前往美国麻省理工大学生物工程系交流学习。主要开展的工作包括:人肝蛋白质组学,蛋白质组学信息学,糖蛋白质组学。于2011年作为应用科学家加盟康昱盛信息科技有限公司生物信息学部,并于2013年聘为公司高级应用科学家及生物信息学部主管,主要负责蛋白质组学及生物通路分析软件和方法的技术支持及方案咨询。

唐家澍 博士,2006年毕业于南京大学理科强化部,生物化学专业,获得学士学位。2013年毕业于中科院上海生化所,师从曾嵘研究员,主要从事蛋白质组学技术和应用研究。随后在中科院上海生科院系统生物学重点实验室进行了为期两年的博士后训练,主要从事系统生物学和基于分子生物学的功能研究。从2016年1月开始,在赛默飞世尔科技色谱质谱事业部担任应用工程师,主要擅长磷酸化蛋白质组学技术,定量蛋白质组学技术以及质谱数据的生物统计学和生物信息学分析。

吴泽明 赛默飞质谱代谢组学业务发展经理,2012年毕业于中科院大连化物所,同年加入Thermo,先后任Chemist、Application Scientist与北区技术负责人等职。近10年来一直从事和密切介入基于质谱技术的代谢组学、脂质组学相关研究,在PNAS、MOL BIOSYST等杂志发表论文多篇。现专注致力于质谱与各种分离技术在Metabolomics/Lipidomics及其在疾病、生物功能与食品组学等方向的应用方法开发、技术支持和科学项目合作。

张伟 博士,赛默飞转化医学业务发展经理,在Chem. Comm., Anal. Chem., J. Proteome Res., Proteomics, J.Proteomics等知名杂志上发表论文14篇,其中第一作者10篇。2012年毕业于复旦大学生物医学研究院,获博士学位;2012年加入赛默飞公司,从事生物质谱与蛋白质组学领域的研究、技术开发、市场开拓工作。

周岳 毕业于中国科学院生物物理研究所,致力于蛋白质组学,生物制药的应用开发,技术支持和科学研究工作。在生物质谱蛋白定性分析,翻译后修饰以及蛋白定量方面有丰富的经验,参与完成多篇高水平文章的质谱工作。在赛默飞世尔科技担任质谱应用工程师期间,优化了QE系列产品,fusion系列产品在蛋白质组学应用中的质谱参数,并在Orbitrap用户中进行推广。建立了基于QE,Fusion的DIA数据采集以及数据分析流程,实现了7500个蛋白的DIA定量分析。

期刊:Cell Reports;影响因子:8.109 发表单位:约翰霍普金斯大学等    高级浆液性卵巢癌(HGSC)是导致大多数与卵巢癌相关的死亡的最常见和致命的卵巢癌类型,了解卵巢癌发生、发展和治疗敏感性的分子机制是进一步提高患者生存率的关键步骤。先前已有大规模的组学研究中对肿瘤组织进行了广泛的分析,包括基因组、转录组、蛋白组以及表观修饰等,然而对于蛋白质翻译修饰而言,除磷酸化外,尚未在大规模蛋白质组学研究中研究其他蛋白质修饰。糖基化在癌症发展过程中起着至关重要的作用,例如细胞间粘附、细胞生长、配体-受体结合和肿瘤转移。与其他蛋白质修饰相比,糖蛋白的分析由于糖蛋白结构的巨大复杂性和异质性而受到限制。糖蛋白组学技术的最新进展已使复杂糖蛋白的全面分析成为可能。     2020年10月发表在《Cell Reports》的一项研究中,利用蛋白质组学和N-链接糖基化蛋白质组学技术,系统地分析了83例HGSC患者肿瘤组织及23例健康输卵管组织标本。研究提供了HGSC完整的蛋白组学和糖蛋白组学特性,发现肿瘤中的糖蛋白在多个水平上受到调节,包括糖蛋白丰度、确定的特定糖位处糖基化的总体程度以及糖位处糖基化的类型,并揭示了以前从未研究过的蛋白质糖基化在卵巢癌中的潜在功能。     由于一系列修饰,许多基因产物表现出极大的结构异质性。这些修饰不是直接编码在基因组模板中,但往往影响蛋白质的功能。蛋白质糖基化在蛋白质正常功能中起着至关重要的作用。但是,与其他蛋白质修饰(例如磷酸化)相比,糖蛋白的分析具有挑战性。本研究对83个前瞻性收集的高级浆液性卵巢癌(HGSC)和23个非肿瘤组织进行了蛋白质组学和糖蛋白组学的综合分析,揭示了肿瘤特异性糖基化以及与三个肿瘤簇相关的不同糖基化,并鉴定了与糖基化改变相关的糖基化酶。     83个卵巢癌和23个相关非肿瘤组织的蛋白质组学和糖蛋白组学;     糖基化与3个肿瘤簇相关;     糖蛋白和糖位的肿瘤特异性变化显而易见;     确定负责糖基化改变的酶。     收集了83例未经治疗的HGSC肿瘤和23例非肿瘤组织,用于定量蛋白质组学和N-连接糖蛋白组分析。总共鉴定出8144种蛋白质,其中1690个含N-连接糖基的肽。根据已鉴定的N联聚糖的单糖组成,定义了三种聚糖类型:低聚甘露糖/高甘露糖(HM),含有两个N-乙酰基己糖胺(N)和己糖(H)而没有另外的岩藻糖(F)或唾液酸(S)的聚糖;唾液酸化聚糖(Sia),代表任何含有S的聚糖;以及岩藻糖基化聚糖(Fuc),代表任何已鉴定的含有F的聚糖。    为了研究HGSC的癌症异质性,作者使用糖蛋白组学数据进行聚类分析,鉴定了3种糖肽簇(IGP1-3)。通过计算了IGP簇与临床表型的相关性,IGP3与肿瘤细胞数量呈负相关,与网膜的解剖部位呈负相关。功能分析显示,IGP1富含溶酶体,IGP2中富含磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-Akt信号通路、粘着斑和细胞外基质(ECM)-受体相互作用,IGP3富含补体和凝血级联。结果还显示了与IGP簇相关的聚糖,包括IGP1中的HM聚糖,IGP2中的HM和Fuc聚糖,IGP3中的Fuc和Sia聚糖。     先前研究已报道,IGP肿瘤簇与分化、免疫反应、间充质和增生等4种亚型有关。作者进一步探索本研究中IGP肿瘤簇与肿瘤亚型的关系,发现免疫反应性亚型的特征蛋白在IGP簇1中升高,间充质的特征蛋白在IGP2中降低而在IGP3中升高,这表明IGP1与免疫反应性亚型有关,而IGP3与间充质亚型有关。通过评估基质细胞和免疫细胞对聚类结果的影响,IGP1簇似乎不受肿瘤纯度或基质评分的影响,IGP2具有相对较高的肿瘤纯度和较低的基质和免疫评分,IGP3具有较低的肿瘤纯度和较高的基质和免疫评分。    蛋白糖基化水平的主成分分析(PCA)显示,肿瘤和非肿瘤样本存在明显界限。与非肿瘤样品相比,在肿瘤中48个糖肽显著上调,而94个糖肽显著下调。为了寻找对卵巢癌诊断的可能有用的差异糖蛋白,作者使用受试者工作特性曲线评估了糖肽特征,显示HYOU1、FKBP10、PSAP和PPT1能够对肿瘤和非肿瘤组织进行良好分类。功能分析显示,溶酶体是肿瘤样品中显著上调的糖肽富集的通路,而补体和凝血级联通路、ECM-受体相互作用、PI3K-Akt信号通路、局灶性在肿瘤样品中被下调糖肽富集。比较肿瘤样品和非肿瘤样品之间糖肽的相对丰度,观察到带有HM型聚糖的糖肽在肿瘤中具有更高丰度,而含有Fuc和Sia的糖肽在肿瘤中丰度低。含HM、Fuc或Sia的糖肽涉及的途径表明,溶酶体途径是含HM的糖肽中最富集的途径,Euc糖肽富集ECM-受体相互作用,Sia糖肽富集凝血级联反应。    比较肿瘤和非肿瘤样品中蛋白糖基化和蛋白表达,糖基化位点和糖蛋白在肿瘤中显示出不同的调节水平,糖蛋白可能受糖基化占有率以及整体蛋白表达的调控。尽管含糖基肽的大多数差异丰度变化仍与相应的整体蛋白表达正相关,但某些糖蛋白糖基的丰度变化可能显示出与其全局水平不同的表达模式。例如,卵巢癌的生物标志物之一MCU16,在HGSC和健康输卵管中蛋白表达量相近,但其两个糖修饰位点MUC16_12272和MCU16_12586的糖基化修饰水平则在HGSC中明显升高,这表明简单地测量蛋白质丰度和随后的基于蛋白质的聚类可能不足以全面了解肿瘤生物学。与非肿瘤相比,肿瘤中糖肽的丰度变化不仅受每个糖位处的糖基化反应程度的调节,也受到修饰糖位的聚糖的影响。含HM聚糖的糖肽在肿瘤中大多过表达,而含其他类型含聚糖的糖肽的丰度变化则各不相同,并观察到在相同糖位上糖基化的异质性。    为了研究聚糖表达的调节,作者将糖肽数据集中每个肿瘤和非肿瘤样品中糖肽的丰度与从蛋白质组学数据集中确定和量化的糖基化酶的蛋白质丰度进行了关联,发现具有HM聚糖糖基化的糖肽与糖苷酶2亚基β(PRKCSH)的表达呈正相关。同时,在所有已识别的糖基化酶中只有PRKCSH被发现在肿瘤中显著上调,经HM聚糖修饰的糖肽在肿瘤样品中增加。     为了确定HM修饰对糖蛋白的潜在作用,作者分析了部分糖基化生物合成途径以合成具有关键糖基化酶功能的HM。肿瘤细胞中PRKCSH表达的增加可能导致具有HM糖基化的糖蛋白升高,从而阻止了进一步详细的复杂碳水化合物合成。HM聚糖修饰的这种增加对于为肿瘤生长大量合成的糖蛋白可能至关重要,对癌细胞中被HM修饰的糖蛋白网络的研究可能有助于鉴定快速细胞生长所需的糖蛋白。通过蛋白网络分析,作者发现肿瘤中上调的HM糖蛋白质参与了一个主要与溶酶体、胶原代谢过程和内膜系统有关的网络。总之,通过分析由HM聚糖修饰的糖肽,该研究确定了糖蛋白是癌症发展所需的潜在靶标。    在这项研究中,综合的多组学分析,包括HGSC的蛋白质组学和糖蛋白组学分析,证明了糖基化与卵巢癌的联系。通过应用多组学数据在肿瘤和非肿瘤之间的差异表达,鉴定了几种潜在的肿瘤特异性蛋白,糖蛋白和聚糖。进一步的研究表明,肿瘤中糖蛋白表达的差异可以表现为糖位处糖基化程度的差异以及糖位上聚糖的类型。肿瘤的糖基化生物合成途径不同于非肿瘤,由于PRKCSH的上调,N-连接的糖蛋白在肿瘤中可以携带更多的HM聚糖,这可能是PRKCSH调节肿瘤中有效糖蛋白产生、抗环境压力和溶酶体过度活化的常见机制。总之,HGSC肿瘤样品的综合蛋白质组学和糖蛋白质组学测量提供了宝贵的公共资源,将糖蛋白与其糖基化程度、聚糖修饰和糖基化酶联系起来的糖蛋白组学数据将改善未来对卵巢癌分子基础的了解。

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