SCI期刊对收到的稿件有明确的要求，那么在投稿SCI论文投稿需要准备什么材料或做哪些准备呢？ 1、格式排版。投稿前需要按照期刊的格式要求进行格式排版，有一些期刊还提供格式模板，作者投稿前应该按照期刊格式要求仔细排版。排版可以起到美化论文的作用，一篇没排版的论文就像裸妆的美女是很难给人好印象的。 排版的过程中，尤其要注意的是参考文献的排版，各个期刊对参考文献格式都有明确要求，按照参考文献排版是一个繁琐和考验耐心的工作，您可以借助endnote等参考文献管理工具进行参考文献排版。图表的格式是排版过程另外一个需要特别注意的问题，很多期刊对图表有严格的要求，比如图片的分辨率不能低于300。图片中的字体和字号期刊也有明确的要求。有一些期刊图表可以放到正文里面一起提交，也有很多期刊要求图表是分别单独提交的，而不是放到正文里面。 2、撰写cover letter。cover letter是作者向期刊编辑推荐自己的稿件，一般包括稿件内容介绍、为什么适合投稿期刊、推荐专家、稿件没投稿、作者联系信息等情况。cover letter是不会公开出版的。 3、撰写highlight。为了让读者更快了解文章的要点，很多期刊还要求作者撰写3-5条highlight来概括文章的亮点。highlight要求必须精练，有明确的字数要求，一般不超过85个字符（含空格）。 4、推荐3-5个审稿专家。找到合适的专家是编辑头疼的事情之一，推荐3-5个审稿专家可以帮助期刊编辑迅速寻找到合适的审稿专家。
sci需要上传数据url和doi:SCI期刊一般要求上传数据后会提供上传数据的后台，每本期刊上传论文原始数据的后台是不一样的，大家以投稿期刊所指定的后台为准。接下来学术顾问以在蛋白质组学杂志及其他非组学杂志上上专数据的经验，供大家参考：投稿主流的蛋白质组学杂志时，往往优先推荐的是ProteomeXchange(简称PX)存储平台。这一平台旗下还包括了PRIDE Archive, MassIVE, PeptideAtlas, and jPOST等平台，研究者可以根据需要选择通过ProteomeXchange客户端直接上传原始数据或通过旗下平台进行上传。提交数据要求：每一个提交的dataset都需要包括：Peptide / protein identification files肽段蛋白质鉴定文件，称为“RESULTS”。mass spectrometer output files质谱输出文件，称为“RAW”。既可以是仪器直接输出的raw文件，也可以是高度加工过的XML标准形式(mzXML或mzML)文件。Optionally other files：包括peaklist files文件(称为“PEAK”)，search engine output files文件(称为“SEARCH”，是Partial submissions提交时所必须的)，quantification files定量文件及其他的后加工的文件等。
投稿版权协议一定要上传第一，投稿时需要上传签字后的版权协议PDF版，绝大多数期刊采用默认模式，投稿时确认即可。或者论文录用后邮寄版权协议，少数期刊需要上传版权协议。还要上传身份证和银行账号问题，一般而言，在稿件录用后发放稿酬才需要。投稿阶段根本就没有必要提供这些信息，毕竟容易造成信息的泄露。
会的，有的审稿人会要求提交代码。代码是程序员用开发工具所支持的语言写出来的源文件，是一组由字符、符号或信号码元以离散形式表示信息的明确的规则体系。代码设计的原则包括唯一确定性、标准化和通用性、可扩充性与稳定性、便于识别与记忆、力求短小与格式统一以及容易修改等。源代码是代码的分支，某种意义上来说，源代码相当于代码。源代码是相对目标代码和可执行代码而言的。 源代码就是用汇编语言和高级语言写出来的地代码。目标代码是指源代码经过编译程序产生的能被 cpu直接识别二进制代码。可执行代码就是将目标代码连接后形成的可执行文件，当然也是二进制的。
杂志社不需要上传生信代码。生信文章不需要上传原始代码。可以选择放在论文的附录中。如果你写在了论文的正文当中，就意味着代码也是正文的一部分，相当于对所有人公开。你的数据比较敏感，尽量少写或者不放在论文里。
投稿报刊杂志要求提供身份证银行卡号的风险是存在的。一旦把自己的身份证号和银行卡号提供给不可信任的第三方，就可能会受到、盗窃以及其他安全隐患的威胁。因此，在提供这些信息之前，必须慎重考虑，仔细分析这些信息是否真的有必要。同时，在投稿报刊杂志之前，应该先对相关杂志进行调查，了解其可信度，确保其可靠性。如果觉得不够可信，就不要随意提供自己的身份证号和银行卡号。另外，如果发现有第三方利用这些信息进行，可以立即向当地警方报案，采取相应的法律措施。总之，投稿报刊杂志要求提供身份证银行卡号时，需要谨慎小心，以免遭受不必要的风险。
一般是确定录用后提交版权转让协议，有的期刊在投稿是提交，但一般都不是必须填写的，有投稿时都不管，不会影响审稿的！
投稿版权协议一定要上传第一，投稿时需要上传签字后的版权协议PDF版，绝大多数期刊采用默认模式，投稿时确认即可。或者论文录用后邮寄版权协议，少数期刊需要上传版权协议。还要上传身份证和银行账号问题，一般而言，在稿件录用后发放稿酬才需要。投稿阶段根本就没有必要提供这些信息，毕竟容易造成信息的泄露。
用limma包，这里注意，limma包是对基因芯片表达矩阵的分析，不能对逆转录RNAseq表达矩阵进行分析（因为数据特征不同），RNAseq需要用另一种方法 解读此表 但是上面的用法做不到随心所欲的指定任意两组进行比较，所有还有下一种方法 处理好了分组信息，再自定义比较元素 自定义函数进行比较 热土和火山图都是傻瓜式的，只要的前面得出的deg数据(也就是基因差异表达数据）是正确的
转录组是一类让人既爱又恨的项目，实验门槛低，却是文章泛滥的重灾区，总有人问我，现在转录组还能发文章吗？下面我就借一篇2020年5月4日发表在BMC Genomics上题为：Transcriptome analysis reveals rapid defence responses in wheat induced by phytotoxic aphid Schizaphis graminum feeding 的文章，详细地论述下2020年转录组文章到底有多难发？怎么发？下面我们先看下这篇文章具体内容： 实验简介： 文章研究的是小麦幼苗在麦二叉蚜采食后的快速防卫反应，分别于采食2、6、12、24、48 h后取幼苗叶片（3次生物学重复），进行转录组测序、叶绿素测定以及H2O2 积累测定以及NADPH抑制剂处理进一步探究小麦在咬食后氧迸发防御机制。 实验结果： 1. 麦二叉蚜采食后小麦转录组分析 这部分结果展示比较套路，主要是通过PCA分析看了下样品相关性及处理效应，介绍了一下差异基因总体情况。如下图：2. 差异基因GO分析 作者按上调/下调基因集分别进行GO注释，并按时间点分别论述上调/下调基因集富集情况，如下图：3. 麦二叉蚜采食后小麦叶片叶绿素含量变化 从差异基因GO分析可以看出，蚜虫采食可以负向调控小麦的光合作用过程、光捕获和光系统相关基因，所以作者又测定了采食后小麦叶片叶绿素含量变化，如下图：4. 麦二叉蚜采食后小麦叶片中水杨酸、茉莉酸相关防御途径的基因表达 参与SA生物合成的苯丙氨酸解氨酶(PAL)基因在不同时间点均显著上调，但表达水平随采食时间的增加而逐渐降低；茉莉酸代谢途径中三种脂氧合酶(LOX)基因均显著上调；受MAPKs调控的WRKY转录因子也显示上调，如下图：5. 二叉蚜采食后小麦叶片中过氧化氢(H2O2)积累和抗氧化酶活性的变化 蚜虫采食明显上调活性氧清除基因的表达，进一步通过3,3 ' -二氨基联苯胺(DAB)对小麦小麦叶片进行细胞学染色，采食2h后就出现H2O2积累，并且随采食时间的延长，斑点数量和大小逐渐增加，如下图：6. NADPH氧化酶抑制对小麦叶片H2O2积累和防御反应的影响 NADPH氧化酶抑制剂二苯碘铵(DPI)不仅能明显抑制由采食引起的氧迸发，并且对小麦叶片防御应答基因表达水平也有明显的下调作用。以上就是该篇文章全部结果，回头来看，这个实验设计并不复杂，内容也不是过多，为啥人家能发表而你却被拒稿呢？要知道，就这个2区3.5分影响因子的BMC Genomics ，也是很多人渴望而不可得的存在。 2020年，转录组类文章到底有多难发？从这篇文章我们可以看到，文章并没有你想像中的难发，我试着从中提炼以下几点，希望对您有所借鉴。 1. 实验设计相对合理，层级递进，取样点与植物防卫三级级联反应基本对应，后续分析论述层次较为分明。 2. 转录组仅是的实验中的一部分，套路式的罗列结果的时代已没过去了，将转录组与其他指标融合在一起，就像本文中，除了转录组，作者还进一步进行了生理指标测定，如叶绿素含量、氧迸发等，基因关联性状，使结果更有说服力。 3. 转录组数据介绍切忌空泛，要结合其他生理生化指标，提炼出某些相关基因加以展示，如本文中叶绿素含量与表达下调的光捕获、光和作用相关的基因；H2O2积累和抗氧化酶活性的变化等。 4. 论文精华都在讨论部分，多引用他人数据佐证自己的结果，能做到旁征博引，论文一般都错不了！精读文献原文，请点击文末“阅读原文” 直达。 2020年，转录组类文章有多难发？其实难的是你不肯转变观念，时代不同了，老套路也就过时了；很多老师目前面对的难题不是手里没数据，也不是不会写论文，而是数据看不明白，分析便无从下手，这个梗不破，怎么发文章？！我给大家推荐一部 《转录组分析结果解读》 视频教程 ，轻松解决您看不懂转录组结果数据的难题。 更多技能学习链接： 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接： 基因家族分析实操课程 、 基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接： 转录组（有参）结果解读 ； 转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，提升你的文章档次，学习链接： WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接： 转录组标准分析后的数据挖掘 、 转录组文献解读 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读 、 OTU网络图绘制 、 cytoscape与网络图绘制课程 6. 生物信息入门到精通必修基础课，学习链接： linux系统使用 、 perl入门到精通 、 perl语言高级 、 R语言画图 7. 医学相关数据挖掘课程，不用做实验也能发文章，学习链接： TCGA-差异基因分析 、 GEO芯片数据挖掘 、 GSEA富集分析课程 、 TCGA临床数据生存分析 、 TCGA-转录因子分析 、 TCGA-ceRNA调控网络分析 8.其他课程链接： 二代测序转录组数据自主分析 、 NCBI数据上传 、 二代测序数据解读 。
A pplication of weighted gene co-expression network analysis to identify key modules and hub genes in oral squamous cell carcinoma tumorigenesis
关键词
口腔鳞状细胞癌
第一步 安装包
第二步 整理数据集和临床表型
第三步 绘制进化树
第四步 确定软阀值
第五步 构建共表达矩阵
第六步 TOM图
第七步 模块与形状的关系
第八步 感兴趣模块的具体基因分析
必须。根据查询今日头条得知，ieee期刊提交finalfile图片必须单独提交。IEEE出版包括期刊、杂志、会议论文、电子书、行业标准等多个种类的内容。
1。The PDF version of the finalized manuscript must include in the footnote (in a paragraph before the authors' affiliations) the following statement:Copyright (c) 2012 IEEE. Personal use of this material is permitted. However, permission to use this material for any other purposes must be obtained from the IEEE by sending a request to 。。。是不是说在作者单位前将上端话加在脚注中？直接复制过去就行？2。 Supplemental electronic materials (Multimedia), to illustrate the concepts described by the authors. If applicable, please read the "Reproducible Research" section below.=============Reproducible Research====================To allow maximum adoption of your work by other researchers, we encourage you to make the code and data used to produce your presented results (figures, tables, etc.) available online. An example of how this can be done is at这些code之类的东西必须提交吗？涉及到数据保密和后续工作的问题，本人不想提交，不知道可以不？3。作者图片的问题，我用的pdf格式的图片，不知道可以不？1期刊说上载是为了读者可重复你的工作，也就是数据要真实，不能作假别人重复不出来。你可以不上载matlab代码，因为写代码是自己的劳动成果。当然，如果你想提高接收后论文的引用率，可以上传代码，这样别人可以在你的论文基础上深化。2. 投稿时直接用PDF文件。图片格式最好用SPS最喜欢的EPS格式。