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题目： Zygnema circumcarinatum UTEX 1559 chloroplast and mitochondrial genomes provide insight into land plant evolution 轮藻 Zygnema circumcarinatum  UTEX 1559叶绿体和线粒体基因组为陆生植物进化提供了新见解 发表期刊： Journal of Experimental Botany  发表时间： 2020-3-24   影响因子： 5.36轮藻的完整叶绿体和线粒体基因组为陆地植物的陆生化提供了新的线索。在此，研究者报道了UTEX 1559的细胞器基因组，以及绿藻、轮藻和陆地植物的33个质体和18个线粒体基因组的比较基因组学研究。通过这些质体和线粒体基因组确定基因的存在/缺失。UTEX 1559 (157,548 bp)和SAG 698-1a (165,372 bp)质体之间的比较揭示了非常相似的基因，但是基因组发生了实质性的重排。令人惊讶的是，这两个质体只有85.69%的核苷酸序列一致性。UTEX 1559线粒体基因组大小为215,954 bp，是所有测序轮藻中最大的。有趣的是，这个大的线粒体基因组包含一个50 kb的区域，与任何其他细胞器基因组都没有同源性，其两侧是两个86 bp的正向重复序列，包含15个ORFs。这些ORFs与来自细菌和植物的蛋白质具有显著的同源性，具有诸如引物酶、RNA聚合酶和DNA聚合酶的功能。本研究结论为：(i)先前发表的SAG 698-1a质体可能来自不同的双星藻属 Zygnema 物种，以及(ii)UTEX 1559线粒体基因组中的50 kb区域可能是最近获得的可移动元件。 图1、两种 Z. circumcarinatum 藻种SAG 698-1a(上)和UTEX 1559(下)的MAUVE比对。结果显示了大量的重排和不同的质体长度，表明这些藻种可能不是同种的。A框显示了含有 ccsA 基因和 trnI 基因的区域，这是两个质体之间极少数保存完好的区域。B框显示了一个位于 ndhJ 基因和tRNA， trnL ( uag )之间的大区域，该区域是最大的区域(100kbp)，在该区域内共享保守的基因序列，但在位置上相对于其他区域非常显著地发生了重排。 图2、基于质体基因构建的系统发育图，热图代表基于基因GO的功能基因分组。 图3、基于线粒体基因构建的系统发育图，热图代表基于基因GO的功能基因分组。 图4、本研究包括的线粒体基因组的基因密度图。x轴为每个线粒体基因组中基因序列的百分比。y轴为物种。圆的大小为基因间间隔的百分比(IGS)。圆的颜色代表线粒体基因组大小。除了 A. thaliana 和 Z. circumcarinatum   UTEX 1559以外的所有物种都保持40%或更高的基因密度。UTEX 1559的基因密度为29.4%，不包括移动元件中的基因。当考虑移动元件中存在的额外基因时，UTEX 1559仍然保持低于40%的基因密度。 图5、UTEX 43 1559线粒体基因组中50 kb“基因沙漠”区域示意图。通过ORFfinder和序列相似性搜索，在该区域共发现16个基因(15个CDSs和1个tRNA)。

1.1 投稿范围细胞生物学及其相关领域的国内外最新研究科研成果。中国及地方细胞生物学学会的各种会讯和活动消息。1.2 栏目设置设有特约综述、专题介绍、综述、研究论文、研究简报、技术与方法、教学研究、干细胞研究、探索·发现、新星汇、热点评析、学会动态等栏目，并可根据实际需求开辟新的栏目。1.3 栏目要求专题与综述：深入评介细胞生物学及相关学科某一领域研究的新进展。要求选题重要新颖、评述精辟、注重时效性和前瞻性，论文要求配1幅以上图表。尤其欢迎以本实验室研究工作为基础的高水平综述与专论。研究论文：具有重要学术价值、数据完善和创新性的原始研究工作报告。研究简报：具有首报意义、为争取时间以简报形式发表的阶段性原始研究工作报告。技术与方法：针对细胞生物学领域某一研究方法或某项实验技术的有创新性的、实用性的改进报道。教学研究：针对细胞生物学及相关科学领域的创新性教学方法研究成果的交流。探索·发现：对某一领域探索性研究最新发现的阶段性报道。新星汇：为新创建实验室的年轻科学家提供介绍、交流工作的平台。1.4 文字要求可用中文撰写，附较为详细的英文摘要；也可用英文撰写，附中文摘要。无论用何种语言撰写，均要求写作条理清晰，文字简练流畅。1.5 封面论文在封面上选登当期发表论文中的图片。图片一经选用，该论文即被作为封面论文。封面论文要求是文中能提供1张以上制作精良的彩色图片。凡愿意成为封面论文的作者，请在投稿时声明。 科学名词和术语以全国自然科学名词审定委员会公布的为准。除了国际上通用的缩写词，在摘要和正文中首次出现的缩写词，应先写出中文名词，再在括号内写出英文或拉丁文全称和缩写词。限制性内切酶的前3个英文字母用斜体表示。计量单位和符号按国家技术监督局出版的《量和单位》中规定和国际上通用规则的书写，如：(1) 溶液浓度不用M和N，而用mol/L表示。(2) rpm改为r/min，OD改为A。(3) 相对分子量（Mr）用kDa表示。(4) 秒、分钟和小时分别用s，min和h表示。(5) 统计符号均用斜体：概率用大写斜体P； F 检验用大写斜体F；t检验用小写斜体；样本数用英文小写斜体n ；相关系数用英文小写斜体r ；卡方检验用希文小写χ2；自由度用希文小写斜体υ。稿件由文章题目及各级标题、作者姓名、单位、中英文摘要、关键词、正文、图表、参考文献等部分构成。对各部分的要求分别如下：3.1 文章题目 应言简意赅，不使用不规范的别名或缩写，一般不超过20个字。3.2 各级标题应简短醒目、层次分明，标题不超过三级，字数以不超过15个字为宜。标题编号方式参照以下示例：1 材料与方法1.1 材料1.1.1 质粒、菌种和细胞株3.3 作者姓名和单位 署名人及单位应是对文章全部或部分内容作出主要贡献并能对文章内容负责的人和单位。多作者署名的文章应用“﹡”注明通讯作者。作者姓名与单位应有中英文对照，分别排在中英文题目之下。中国作者姓名英文写法规定为：先写名，后写姓；姓和单、双名首字母大写，双名在两个汉字的拼音字母之间加连字符“-”。例如：“郭礼和”应写作“Li-He Guo”。 单位应写标准全称、所在城市及邮政编码，单位的英文项中还应写明国别。3.4 中英文摘要 应中英文对照，分别排在中英文题目和作者、单位项之下。 摘要应写成报道性文摘，无缩略语和特殊术语。非综述类论文应在摘要中简要地介绍研究目的、方法、结果（主要数据）和结论。中文摘要字数应不超过300个字。中文论文应给出较中文摘要更为详细的英文摘要，英文摘要不超过250个单词。3.5 关键词 不少于3个，不多于8个，中英文对应，分别列在中英文摘要后面。3.6 脚注 脚注应中英文对应，分别排在正文第一页右下方和英文摘要（英文论文为中文摘要）下方，以横线与正文分开。脚注的内容应包括：(1) 收稿日期与接受日期（由本刊编辑部填写）；(2) 经费（基金）资助来源；(3) 通讯作者及其电话、传真、电子信箱（E-mail）；(4) 其他。3.7 正文（1）引言 应包括该研究的目的和该研究与其他相关研究的关系。（2）实验方法 应尽量简短，但应让其他有经验的研究者能够重复该实验。完全新的方法应该详细描述，以前发表过的引用参考文献即可。有关方法的改进只有在必须重复该实验的前提下才需给出详细的论述。（3）结果 应尽量用图表表示，在结果中应避免大量的讨论。（4）讨论 要简明，应集中对所得的结果做出解释而不是重复的叙述。3.8 插图 出现在正文中应该出现的地方，对图像的要求是尽量使用TIFF格式。图必须是高质量的，图像的分辨率必须在350像素(dpi)以上。对只有彩图才能清晰地说明实验结果的，印刷时必须彩印。图应有简明的图题和详尽的图注，以使其容易被读者理解。插图的尺寸要适中，较小图的宽度不超过8 cm，较大图的宽度不超过16 cm。在有分图时，所有数字、字母和符号必须一致，并使用（A）（B）（C）（D）…表示。横、纵坐标必须清楚地标明测量单位。曲线图可按以下顺序：●，○，▲，△，■，□等使用标准的符号。图用中、英文对照表达（图范例）。3.9 表格 使用三线表（不用竖线），直接放在文中适当的位置。 表应有表题并有足够的信息使读者不去查阅正文即可理解该表的内容。表内每一栏均应有表头，表内的缩写应在标注中说明。表题写在表格上方，表注写在表格下方。表用中、英文对照表达（表范例）。3.10 参考文献 采用“顺序编码制”的著录方法，即以文中出现顺序排序而不是以作者和年份排序，作者应对引用的参考文献的正确性负全责。待发表的论文、未正式公开发表的论文（包括私人通讯、毕业论文等）、会议论文摘要等不能作为文献引用。必须引用时，请在正文中括注。以电子版和印刷版同时发表的文献，在著录时以印刷版为准。使用EndNote软件的作者，请在EndNote软件中采用Acta Pharmacol Sin的式样对参考文献进行编辑书写，即可基本符合本刊的参考文献格式要求。 参考文献的作者不超过6人（含6人）全部列出，多于6人时只写前6人，后加“等”或“et al”。姓名采用姓前名后的形式，作者之间不加“和”或“and”。 引用期刊的格式为：文献序数，作者姓名，论文题名，期刊名称（英文标准缩写参考Medline或CA），年份，卷号(期号)，起止页码。例如：1 黄霈, 于超,刘洪涛, 杨竹, 丁裕斌, 王应雄,等。土贝母皂苷甲作用线粒体途径促进人绒毛膜癌Bewo细胞凋亡。中国细胞生物学学报2009; 31(6): 831-6.2 Wei Y, Weng D, Li F, Zou X, Young DO, Ji J, et al. Involvement of JNK regulation in oxidative stress-mediated murine liver injury by microcystin-LR. Apoptosis 2008; 13(8): 1031-42.引用书籍的格式为：文献序数，主编姓名，书名，版本（第1版不著录），出版地，出版社，年份，起止页码。例如：3 翟中和, 王喜忠, 丁明孝。细胞生物学, 第3版。北京: 高等教育出版社, 2007, 101-11.4 Sambrook J, Fritsch EF, Maniatis T. Molecular Cloning: A laboratory Manual, 2nd ed. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989, 88-108.5 Phillips SJ, Whisnant JP. Hypertension and stroke. In: Laragh JH, Brenner BM, eds. Hypertension: Pathophysiology, Diagnosis, and Management, 2nd ed. New York: Raven Press, 1995, 465-78.另外，结合以往作者的投稿情况，以下几点请广大投稿人特别注意：(1) 请不要引用读者很难查阅的文献，如某某大学的博士生毕业论文、某某会议的论文集等。(2) 图题(表题)、图注(表注)、图(表)中的文字和内容一律用英文表达；(3) 综述文章要求书写流利，减少翻译痕迹；引用的文献要新，应有最近1~2年的文献；尽量图文并茂，增加可读性。引用他人图表要给出文献出处，不能原版照抄（获得原文作者以及出版社同意除外），而是要做适当修饰，加入作者自己东西，这样不会侵犯他人知识产权，最好是“根据文献[1]做适当修改”这样的表达。(4) 名词问题：有中文译名的一律用中文表达。请尽可能使用已统一定名的专业名词；请使用已公开发行的有关专业《词汇》中的名词译名；对尚未统一的和不常见的名词，一定要在其后附上英文名词；尚无译名或难以定名的，请直接用英文原名；除了国际上通用的缩写词，在摘要和正文中首次出现的缩写词，应先写出中文名词，再在括号内写出英文或拉丁文全称和缩写词。(5) 很多蛋白质是以其基因命名的，因此，在书写时，应特别小心，稍有疏忽，将正体变成斜体，于是蛋白质变成了基因，反之亦然。