粉嘟嘟的Pinky
1953年,沃森和克里克发现了DNA双螺旋的结构。953年2月,沃森、克里克通过维尔金斯看到了富兰克琳在1951年11月拍摄的一张十分漂亮的DNA晶体X射线衍射照片,这一下激发了他们的灵感。他们不仅确认了DNA一定是螺旋结构,而且分析得出了螺旋参数。他们采用了富兰克琳和威尔金斯的判断,并加以补充:磷酸根在螺旋的外侧构成两条多核苷酸链的骨架,方向相反;碱基在螺旋内侧,两两对应。一连几天,沃森、克里克在他们的办公室里兴高采烈地用铁皮和铁丝搭建着模型。1953年2月28日,第一个DNA双螺旋结构的分子模型终于诞生了。意义双螺旋模型的意义,不仅意味着探明了DNA分子的结构,更重要的是它还提示了DNA的复制机制:由于腺膘呤(A)总是与胸腺嘧啶(T)配对、鸟膘呤(G)总是与胞嘧啶(C)配对,这说明两条链的碱基顺序是彼此互补的,只要确定了其中一条链的碱基顺序,另一条链的碱基顺序也就确定了。因此,只需以其中的一条链为模版,即可合成复制出另一条链。克里克从一开始就坚持要求在发表的论文中加上“DNA的特定配对原则,立即使人联想到遗传物质可能有的复制机制”这句话。他认为,如果没有这句话,将意味着他与沃森“缺乏洞察力,以致不能看出这一点来”。在发表DNA双螺旋结构论文后不久,《自然》杂志随后不久又发表了克里克的另一篇论文,阐明了DNA的半保留复制机制。
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中文名称是:核酸的分子结构——脱氧核糖核酸的一个结构模型 me ?下载地址 附图直接观看 、 翻译可能有所偏差这里是原版original paper annotated version [5]〕Astbury,W.T.,Symp. Soc. Exp.BiOl.,l,Nucleic Acid,66(Camb.Univ.press,1947). [6]Wilkins,M.H.F.,and Randall,T.T.,Biochim,Biophys。 Acta. 10,192(1953).
爱漱口的袜子
1953年,克里克和沃森在《自然》上发文揭示了DNA的双螺旋结构,并于1962年和英国分子生物学家莫里斯·威尔金斯分享了诺贝尔生理学或医学奖。DNA由两条反向平行的脱氧核糖核酸单链组成, 含有4种碱基,其中A和T之间形成2个氢键,C和G之间形成3个氢键 ,用于维持DNA结构的稳定。
除了我们熟悉的构成DNA的4种碱基(A、T、C和G)之外,近些年来,科学家发现DNA双链上的碱基能够被修饰,例如甲基、甲酰基和羧基修饰等。不过,这些修饰后的碱基在DNA中占比极小。
近日,在3篇发表于《科学》的论文中,中国和法国的科学家发现大量噬菌体(一类病毒)体内的 DNA与其他生物并不相同 。其DNA结构也是稳定的双螺旋结构,但构成DNA的 腺嘌呤(A碱基)被完全替换成另一种碱基 —— 二氨基嘌呤 ,简称为Z碱基。其中一篇论文的通讯作者,天津大学药物科学与技术学院的张雁教授表示,这种碱基也是除了A、T、C和G外,在自然界中能构成DNA双螺旋结构的第5种碱基。
“这个新碱基打破了此前克里克等人定义的经典的DNA双螺旋结构,我们可以把它称为能构建DNA双螺旋的‘第5种碱基’,”在接受《环球科学》的采访时,张雁说,“在研究中,我们发现 这种DNA的稳定性比传统的DNA更高 ,我们推测 Z和T或许形成了3个氢键 。这也意味DNA还具有新的物理和化学性质。”而另外两篇由法国科学家发表的文章,也证实了张雁教授等人的研究。
1977年,Z碱基首次在一篇发表于 《自然》 杂志的文章中露面。当时,苏联科学家分析了一种 能感染蓝绿藻的S-2L噬菌体 (也称为噬藻体,cyanophage)的基因。根据光谱分析数据,他们发现其中存在除T、C和G之外的另一种碱基,并通过酸水解实验证实这种未知的碱基为二氨基嘌呤(Z)。
首次发现该现象后,他们通过酶解实验进行了重复验证,并确认S-2L噬菌体的DNA确实是由这4种碱基的脱氧核糖核苷酸组成,其中Z与T的含量接近,在DNA中配对。不过,此后数十年一直没有相关的研究进展。
由于长期从事酶学和生物基础代谢研究,张雁教授等人注意到了S-2L噬菌体。当他们重新审视这篇文章时,疑问也浮现出来——为什么这种噬菌体的DNA中含有一种新的碱基?这种碱基是怎么合成的?
在新研究中,他们发现S-2L噬菌体在入侵宿主后,会利用自身基因合成的 两种酶——dATPase和PurZ 。PurZ的作用十分关键,它能和细菌中的酶一起发挥作用,促进二氨基嘌呤脱氧核苷酸(如dZTP)的形成。随后,S-2L噬菌体自身的DNA聚合酶能以它为底物,在新合成的噬菌体DNA中添加Z碱基。
而噬菌体DNA中A碱基的消失,还需要依赖dATPase。它能直接降解含有A碱基的脱氧核苷酸,阻止其参与DNA的合成。除S-2L噬菌体以外,一些噬菌体还能合成酶DUF550,它既能和PurZ协同作用,提高噬菌体合成dZTP的效率,还具有部分降解含有A碱基的脱氧核苷酸的功能。
为什么这种噬菌体需要一个新的碱基呢?这与它们的生存方式密切相关。噬菌体能吸附在细菌表面,像注射器一样将自身的DNA注射入细菌体内。但在细菌中实现大量繁殖之前,它首先需要面对细菌体内的“免疫系统”—— 限制性内切酶 。当外来的DNA入侵时,细菌的限制性内切酶能切割这些外来DNA上特定的基因序列,促进其降解。
当DNA序列中的一种碱基被彻底替换时,细菌中的限制性内切酶无法对其识别,细菌就没有防御措施,只能等待被噬菌体占据了。并不只有S-2L噬菌体能利用这种新碱基,在发表于 《科学》 的文章中,张雁等人发现了 100多种能表达PurZ和相关基因的噬菌体 ,其中大部分来自短尾噬菌体科(Podoviridae)和长尾噬菌体科(Siphoviridae)。他们推测如果一种噬菌体的基因组中含有合成PurZ等基因,就可以证明它的DNA中A碱基完全被Z碱基替换了,因此 具有这种DNA的噬菌体可能远不止这些 。而要证明这一猜想,他们还需要一种新的噬菌体来进行验证。
为了验证这一猜想,他们选择了一种能感染不动杆菌的噬菌体——SH-Ab 15497。由于噬菌体DNA序列的特殊性,只能用化学分析方法—— 液相色谱和纳米孔测序技术 ——进行测序。
通过与上海 科技 大学赵素文教授和伊利诺伊大学赵惠民团队的合作,张雁教授等人最终确认了噬菌体SH-Ab 15497的DNA中的碱基组成为Z、T、G和C。在培养噬菌体时,他们发现当 它们感染在细菌后,能很快将细菌裂解, 这意味着细菌的“免疫系统”失效了,而新的DNA组成并没有影响噬菌体的繁殖。
在《科学》杂志的另外两篇论文中,一项 研究 通过一种能感染弧菌的噬菌体,证实了PurZ在合成Z碱基中的关键作用。另外,PurZ似乎与古细菌中PurA具有相似性。另一篇 文章 则显示长尾噬菌体将PurZ酶基因连接到DNA上的DNA聚合酶,与细菌含有的DNA聚合酶I具有很高的相似性。这一发现暗示,在很早之前,Z碱基或许和A碱基同时存在于细菌体内。
Z碱基的发现不仅撼动了克里克和沃森在1953年提出的DNA双螺旋结构,还能推动更多实用性研究的发展。“虽然目前我们只了解到这种DNA分子结构更稳定了,其他的物理、化学性质还需要进一步研究,”张雁教授说,“但利用目前发现的PurZ等酶,我们能大量且低成本地合成这些酶,来合成这种DNA,进而确认并利用它的特性。”
这些应用或将扩展到DNA折纸、DNA存储技术和噬菌体治疗等多个方面。这种DNA比传统的DNA更稳定,这或许能 增加DNA折纸结构的稳定性以及折叠效率 。而新碱基的加入或许能在DNA存储中增强信息加密能力。
在公共卫生领域,超级耐药菌的蔓延正在让更多的抗生素失效。但是,噬菌体疗法让人们看到了一丝对抗耐药菌的希望。不过,目前这种疗法仍然存在一个阻碍,并不是所有的噬菌体都能起效,在治疗某种特定的超级耐药菌感染时,往往需要去各种环境中搜寻一些特定起效的噬菌体,这是一项极其繁琐的工作。而这些含有新DNA的噬菌体,能无视细菌体内的“免疫系统”,或许能在这一疗法中发挥作用。
撰文:石云雷 审校:杨心舟
参考文献:
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