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[1] 冯登国. 计算机通信网络安全. 北京:清华大学出版社, 2001 [2] Dorothy Denning, ”Cryptography and Data Security”, Addison-Wesley. ISBN 0-201-10150-5. [3] M. Bishop and D. Bailey, “A Critical Analysis of Vulnerability Taxonomies”, Technical Report CSE-96-11, Dept. of Computer Science, University of California at Davis, Davis, CA 95616-8562 (Sep. 1996). [4] 微软安全中心. [5] FrSIRT. [6] 国际CVE标准. [7] Mitre Corporation. Common Vulnerabilities and Exposures. Available from , accessed 2003. [8] Wenliang Du,Aditya P. Mathur. Vulnerability Testing of Software System Using Fault Injection.Coast TR 98-02, 1998. [9] CVSS. http://www.first.org/cvss/. [10] Matt Blaze. 2002 September 15 (Preprint, revised 2003 March 02). Cryptology and Physical Security: Rights Amplification in Master-Keyed Mechanical Locks. IEEE Security and Privacy (March/April 2003). [11] Steven M. Christey and Chris Wysopal. 2002 February 12 (Expired 2002 August 12). Responsible Vulnerability Disclosure Process (Internet-Draft RFC). [12] Computer Emergency Response Team/Coordination Center. 2000 October 09. CERT/CC Vulnerability Disclosure Policy. [13] Computer Emergency Response Team/Coordination Center. 2003. CERT/CC Vulnerability Metric. [14] Russ Cooper. 2001. Proposal – The Responsible Disclosure Forum. [15] Dennis Fisher. 2003 November 18. “Security Researcher Calls for Vulnerability Trade Association.” eWeek. [16] Daniel E. Geer, Jr. (Editor), Dennis Devlin, Jim Duncan, Jeffrey Schiller, and Jane Winn. 2002 Third Quarter. “Vulnerability Disclosure.” Secure Business Quarterly. [17] Daniel E. Geer, Jr. (Editor), Mary Ann Davidson, Marc Donner, Lynda McGhie, and Adam Shostack. 2003 Second Quarter. “Patch Management.” Secure Business Quarterly. [18] Tiina Havana. 2003 April. Communication in the Software Vulnerability Reporting Process. M.A. thesis, University of Jyvaskyla. [19] Internet Security Systems. 2002 November 18 (Revised). X-Force™ Vulnerability Disclosure Guidelines. [20] Elias Levy. 2001 October 21. “Security in an Open Electronic Society.” SecurityFocus. [21] Microsoft Corporation. 2002 November (Revised). Microsoft Security Response Center Security Bulletin Severity Rating System. [22] Marcus Ranum. 2000 October. “The Network Police Blotter – Full Disclosure is Bogus.” ;login:The Magazine of USENIX & SAGE. Volume 25, no. 6: 47-49. [23] Krsul V.Software Vulnerability Analysis.Department of Computer Sciences, Purdue University, 1998 [24] @Stake. 2002 June 05. Security Vulnerability Reporting Policy. Available from , accessed 2003. [25] William A. Arbaugh, William L. Fithen, and John McHugh. 2000 December. Windows of Vulnerability: A Case Study Analysis. IEEE Computer. [26] Ross Anderson. 2001. Security Engineering: A Guide to Building Dependable Distributed Systems. John Wiley & Sons. ISBN: 0-471-38922-6. [27] Matt Bishop. 2003. Computer Security: Art and Science. Addison-Wesley Professional. ISBN: 0-201-44099-7. [28] Matt Bishop. 1999 September. Vulnerabilities Analysis. Proceedings of the Second International Symposium on Recent Advances in Intrusion Detection. [29] 单国栋, 戴英侠, 王航. 计算机漏洞分类研究. 计算机工程,2002,28(10):3-6 [30] 夏云庆 编著 Visual C++ 6.0 数据库高级编程 北京希望电子出版社 [31] 段钢 编著 加密与解密(第二版) 电子工业出版社 [33] 候俊杰 著 深入浅出MFC 第2 版 华中科技大学出版社 [34] Applied Microsoft.NET Framework Programming (美) Jeffrey Richter 著 清华 大学出版社 [35] National Vulnerability Database [36] US-CERT Vulnerability Notes. [37] SecurityFocus. [38] Internet Security Systems – X-Force Database. [39] The Open Source Vulnerability Database

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xiaomianwowo

巴里克不是犹太人。

拉尔夫·巴里克(RalphBaric),男,美国人,美国北卡罗莱纳大学流行病学系教授,有“冠状病毒之父”之称。1989年,巴里克公开了对病毒基因重组的研究。2003年,巴里克在德特里克堡生物实验室,克隆了具有传染性的SARS病毒毒株。

2004年,巴里克团队开始“SARS病毒逆向遗传学”研究,并连续多年获得美国国家卫生研究院(别名:美国国立卫生研究院)基金资助。2008年11月25日,巴里克团队发表论文合成重组的SARS样冠状病毒对培养细胞和实验鼠具有传染性。

人物介绍:

2006年,巴里克撰文称,合成病毒序列的技术有被用来制作大规模杀伤性生物武器的潜力。当年8月,在经历了不知道多少代的病毒有明显目的性的定向培养后,一株能够成功导致小鼠快速死亡的突变出现了,而且这种新型病毒可以感染给人类,并导致肺炎和较高的死亡率。

2008年11月25日,巴里克团队在美国《国家科学院学报》网络版发表论文《合成重组的SARS样冠状病毒对培养细胞和实验鼠具有传染性》,宣布这次研究成功。巴里克在论文发表时曾这样介绍其团队实力:“现在我们有能力设计、合成各类SARS样冠状病毒。”

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dapangduola

反向遗传学 被认为是一种不可或缺的工具,它彻底改变了我们对病毒发病机制和疫苗开发的认识。大型的RNA病毒基因组,如冠状病毒基因组,由于基因组较大且不稳定,很难在大肠杆菌宿主中克隆和操作。 两位通讯作者均来自瑞士的University of Bern Transformation-Associated Recombination cloning  TAR克隆 基因组DNA片段和过量的TAR载体在去除细胞壁的酵母细胞中进行混合。每个载体中都含有对目的基因特异的两段序列(标为蓝色和红色)以及酵母的筛选标记HIS3和CEN6(淡蓝色原点)。由于载体过量,酵母细胞便会将DNA片段全部接受。根据具体情况又可分为三类:1)未分到基因组DNA的;2)分到基因组DNA但未被整合到TAR载体上的;3)分到基因组DNA且通过自身同源重组被整合到TAR载体上的。显然我们是只需要第三种情况的阳性克隆,怎么把其它两种过滤掉呢?答案是进行电泳。 下图是对上述过程的简化示意: 2010年5月20日,J. Craig Venter Institute在美国 Science  杂志上报道了首例人造细胞的诞生。向山羊支原体  Mycoplasma capricolum  细胞中转入人工合成的蕈状支原体 Mycoplasma mycoides  的基因组而来,产生的人造细胞表现出的是蕈状支原体的生命特性。利用该平台,研究人员在拿到合成DNA片段后一周内,对新冠病毒进行了基因组改造和病毒拯救。研究团队于1月14日向试剂公司下单,以化学合成方式得到上述14个DNA片段,并在2月4日拿到其中的12个含片段载体(有pUC57、pUC19、pUC57mini和PCC1-His3)。其中片段5 和7 未获得,原因不详。研究团队最终通过对一位来自慕尼黑患者的新冠病毒样本(BetaCoV/Germany/BavPat/2020)进行RT-PCR 扩增,获得了第5和第7个片段。 利用TAR 克隆,研究人员获得了6 组正确组装的新冠病毒构建体的分子克隆。随后用酵母的同源重组系统依据末端重复的序列将这些DNA 序列拼到一起。获得完整的病毒序列后,用T7 RNA 聚合酶将其通过脱落转录,得到病毒RNA,将该RNA 用电穿孔技术导入到非洲绿猴肾细胞(VeroE6 cell)中,使其感染。将用于培养绿猴肾细胞(~2d),含释放出的病毒颗粒的上清液注入到别的培养基中,发现可以感染别的细胞,说明新构建的酵母合成平台可以拯救病毒。 同理,作者团队在鼠肝炎病毒A59(MHV-A59)和MERS-CoV进行病毒拯救的测试,发现效果依旧很好,测试的克隆中正确组装了病毒基因组的YAC均可达到90%,这表明病毒在酵母中的组装效率相当之高。 TAR 克隆系统的一个最重要的优点就是可以先对全基因组进行设计,通过对小的具有重复序列的片段的合成,进而再依靠酵母的同源重组系统进行片段的正确组装,极大的降低了合成的难度,也大幅提高了合成的效率。无需得到变异毒株的临床样本,通过对病毒变异的分析,可以合成构建出该变异毒株的基因组片段,再通过酵母平台进行重建与拯救。论文中还提到对局部片段的重新设计,以测试改变前后对病毒的影响。 总的来说,这一方法即利用酵母人工染色体在酵母体内将合成的SARS-CoV-2的DNA片段进行体外重组,获得全长cDNA克隆。再将cDNA体外转录为RNA,利用电穿孔将病毒RNA转染进哺乳动物细胞,实现病毒拯救。 化学合成的基因组DNA所产生的SARS-CoV-2可以绕开病毒分离物的来源限制,而且还可以对单个基因进行遗传修饰和功能表征。 对于这一篇论文,我起初有许多地方不明白。 首先是病毒的基因组合成,理论上讲,比病毒更高级的生物基因组,并不是没有人合成出来过,因此这篇论文的技术可以说是降维打击了,那为什么还可以发表在顶级杂志 Nature 上呢? 从时间线上进行分析,我们可以得知,1月11日病毒序列正式被公布(据我所知应该是中国CDC发布的),但是国外第一个提取出病毒毒株的时间却是到了2月26日,与序列的公布整整相差1个多月。我们也可以知道这次的Pandemic,一个多月可以新增多少感染者和死亡者,时间就是生命啊!而作者在序列公布后的第3天便下出了订单,在ICTV正式公布新冠病毒名称的第2天便得到了拯救完成的病毒。可以想象,如果以后没有可能及时得到病毒的毒株,我们可以直接根据序列得到病毒的毒株, 这是本篇文章最大的亮点之一,即在此类形势下给人一种研究病毒的范式。 第二个亮点,可以关注到作者不仅做了SARS-CoV-2,还做了MHV和MARS-CoV。看不明白的话给个提示:这三种病毒都是冠状病毒科(Coronaviridae )的!此外,作者在表格中还列出未实现拯救的人呼吸道合胞病毒(hRSV-B)、寨卡病毒(ZIKA virus)和流感病毒(HCoV)。这意味着作者想 通过对一系列冠状病毒的拯救验证来说明这一平台广泛的适用性 ,将难缠的冠状病毒,乃至其他病毒的毒株获取难度降低。这或许对科学界是件好事,但是可能也是件坏事吧… Craig Ventor;冠状病毒亚基因组; 《COVID-19全景综述》,为一张大图,涉及基本信息,免疫学过程等内容, 很震撼且 非 常华丽 !在 公众号“炫亦”回复“cv”即可获得云盘链接! [1] Thao, et al.  Nature  , 2020.  [2] Natalay Kouprina & Vladimir Larionov.  Nat Protocol  , 2008. [3] Daniel G. Gibson, et al.  Science  , 2010.  [4] 孙明伟, 李寅, 高福.  生物工程学报  , 2010.

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