山东省生姜出口论文发表

生姜(Zingiber officinale)是一种极具价值的食药两用园艺作物， 既为传统中药的重要成分，又是重要的调味料 ，在我国有悠久的栽培历史。中国生姜栽培面积、产量和出口量均居全球第一位。长江中上游生姜总面积226万亩，占全国49.7%，是推动乡村振兴的优选产业。姜具有多年生宿根，根茎肉质、肥厚，内含多种营养成分，它除了含有蛋白质、碳水化合物、多种维生素和矿物质外，还含有姜辣素、姜油、姜醇等生物活性物质，具有调味、抗癌、抗真菌、抗炎症、抗氧化和抗血小板聚集等用途，是香料家族和药用植物家族的重要成员。姜辣素是生姜特有的呈味物质，也是生姜多种功能活性的主要功能因子，在调味品、化妆品和医疗保健等领域具有广阔的应用前景。尽管姜在世界范围内有显著的经济价值，但由于其有性繁殖困难，基因组庞大、杂合度高，相关的分子生物学和遗传选育工作一直停滞不前。此外，长久以来生姜基因组信息的缺乏，限制了我们对 合成调控机理的理解，导致生姜分子育种发展缓慢。

近日，Horticulture Research背靠背在线发表了两个不同品种生姜基因组数据，分别是平顶山学院植物遗传育种研究组与北京林业大学等单位合作的题为 《Haplotype-resolved genome assembly and allelespecific gene expression of cultivated ginger》 的研究论文，以及重庆文理学院与西南大学等单位合作的题为 《Haplotype-resolved genome of diploid ginger (Zingiberofficinale) and its unique gingerol biosynthetic pathway》 的研究论文。

☆☆☆ 平顶山学院植物遗传育种研究组等单位的研究解析了我国重要的传统生姜品种单倍型基因组序列，揭示了单倍型基因组间差异，推断了姜高度不育的基因组基础，初步澄清了姜酚（姜辣素）生物合成通路，为后续的功能研究和分子设计育种奠定了重要基础。

该研究以全国首个国家农产品地理标志登记保护的生姜品种 张良姜 为研究对象。据记载，自汉代起“张良姜”已有2000多年的种植历史，现保存在河南省平顶山市鲁山县张良镇。此品种有“姜中之王”美称，具有色泽深黄、辛辣芳香、气浓味长、质实丝多、百煮不烂、久贮不腐等优良特性。

该研究利用先进的长读长测序技术， 解析了“张良姜”单倍型基因组序列；检测了两个单倍型基因组间的遗传差异，以此推断出与姜高度配子败育率相关的结构变异区；揭示出两套基因组间等位基因表达差异可能与基因顺式调控区、编码区序列差异、转座子的临近效应以及选择压有关；利用基因共表达网络分析，初步解析了姜酚（姜辣素）生物合成相关的基因调控机制。

☆☆☆ 重庆文理学院等单位的研究破解了西南地区主栽品种 竹根姜 的基因组，利用短读长(369.51 Gb)，长读长PacBio(285.81 Gb)及Hi-C(563.16 Gb)策略组装出竹根姜 两套单倍型高质量基因组 ，单倍型的基因组大小分别为1.53 Gb (contig N50: 4.68 M)和1.51 Gb (contig N50：5.28 M)，98.11%的序列锚定到22条染色体（图1）。PacBio 读长在2个单倍型的overlap分别为 97.95%和98.1%，显示了分型的准确性。 两套单倍型的Ka/Ks分析揭示生姜驯化历史过程中经历了相似的选择压力。通过等位基因分析，总共55,635个基因（占所有基因的72%）在两个单倍型中具有同源性。生姜17,226对等位基因中，11.9%在转录水平表现出染色体偏好性（图2）。该研究发现生姜基因组杂合度3.6%，是目前已报道杂合度最高的植物基因组。重复序列高，其中长末端片段重复(long terminal repeats，LTRs)占61.06%，可能是导致其基因组大、杂合度高的主要原因，同时也是生姜基因组进化的主要驱动力。生姜等位基因在两套单倍型中没有展现出表达差异，17,226对等位基因中有2055对(11.9%)在转录水平表现出染色体偏好性。

通过整合基因组、转录组和代谢组数据进行整合分析，该研究构建了生姜特有成分姜辣素的合成通路，筛选出12个参与姜辣素合成的关键酶家族（PAL, C4H, 4CL, CST, C3′H, C3OMT, CCOMT, CSE, PKS,AOR, DHN, 和DHT），鉴定出38个可能调控姜辣素合成的重要转录因子家族，并绘制出姜辣素合成的分子调控网络（图3）。

作者简介

Haplotype-resolved genome assembly and allelespecific gene expression of cultivated ginger

平顶山学院程世平副教授、北京林业大学博士生贾凯华（现山东省农业科学院工作）、博士生刘辉和张仁纲博士（源宜(山东)基因科技股份有限公司）为共同第一作者。通讯作者是北京林业大学毛建丰副教授和比利时根特大学教授、比利时皇家科学院院士Yves Van de Peer。平顶山市农业科学院马爱锄博士、于从文研究员也参与了该项研究。该工作还包含来自瑞典于默奥大学、加拿大拉瓦尔大学、不列颠哥伦比亚大学、根特大学、比勒陀利亚大学和南京农业大学等单位的合作者。该研究得到河南省科技攻关以及平顶山学院高层次人才启动基金等项目的资助。

Haplotype-resolvedgenome of diploid ginger (ingeiber officinale) and its unique gingerolbiosynthetic pathway

该工作由重庆文理学院牵头，联合长江大学、西南大学和华大基因共同完成。李洪雷教授、吴林副教授、董照明副教授、姜玉松教授和姜三杰博士为论文的共同第一作者，刘奕清教授、夏庆友教授、简建波博士和邹勇副教授为论文的共同通讯作者。济南市第二农科院李承勇研究员、李庆芝高级工程师等参与了该研究。该研究得到了重庆文理学院生姜基因组重大专项、重庆市自然科学基金等项目的支持。

文章链接： Haplotype-resolved genome assembly and allelespecific gene expression of cultivated ginger

Haplotype-resolved genome of diploid ginger (Zingiberofficinale) and its unique gingerol biosynthetic pathway

生姜为重要经济作物，在计划经济时期，由于受就地生产、就近供应产销方式的限制，流通渠道不够通畅，因而种植面积较小，发展较缓慢，除了少数生姜集中产区以外，多为小面积零星种植。改革开放以后，随着市场经济的发展，无论南方或北方，生姜种植面积均迅速扩大，以山东安丘市为例：1985年种植面积为700公顷，1997年已发展到5337公顷左右，其总收入约占全市总收入的40%，生姜生产已成为该市重要支柱产业之一，并涌现出一大批生姜生产专业户和专业村，开始由零星栽培向规模化发展。从近代生姜发展情况来看，大体可分为三个阶段：1949年前，由于旧的生产关系的束缚，生姜生产发展缓慢；新中国成立后，姜的生产不断发展，生产水平逐步提高；改革开放以来，生姜生产得到迅速发展，种植面积扩大，产量大幅度提高，在种植业结构中有越来越重要的地位，对农民致富起到重要作用。例如山东省莱芜市，1949年全县种植面积不足80公顷，新中国成立后，生姜生产有了新的变化。1960年在莱芜召开全国八省二市姜、葱、蒜生产规划会议上，将莱芜姜列为全国名贵产品，对莱芜姜的发展起到了积极的促进作用。在20世纪50～70年代，常年保持在300公顷，改革开放以后，随着高产、高效农业的发展，生姜生产出现了前所未有的好形势，栽培面积迅速扩大，1982年发展到750公顷，1985年种植面积达2000公顷左右，1997年已发展到7000公顷以上。现在生姜生产已经成为当地种植业中商品率高、见效快、经济效益好的一个优势产业。目前莱芜市已成为我国北方重要的商品姜生产基地，远销国内外。据初步调查统计，山东生姜种植总面积约为2.5万～3.0万公顷。近年来，随着科技成果的迅速推广普及，生姜栽培技术水平不断提高，单产也显著增加。山东省各姜区，20世纪70～80年代，一般每667米2中产田产量在2000千克左右，2500～3000千克即为高产水平，还有相当数量的低产田，产量每667米2仅有1000～1500千克，到90年代中期，采用地膜覆盖，小拱棚和大拱棚栽培，以及立体种植、间作套种等一系列综合高产技术措施，大大延长了生姜的生长期，充分利用了时间、空间和地力，因而产量产值大幅度提高，现一般中产田产量约在2200～2500千克。每667米2产量在3500～4000千克的高产田也屡见不鲜，小面积的高产田，甚至可在5000千克以上。由于经济效益显著，当前种植生姜已成为农民致富的重要途径。随着市场经济和对外贸易的发展，生姜不仅以调味品在国内销售，其加工产品如脱水姜片、鲜姜块、酸姜芽、软化姜芽等也大量出口日本、美国及东南亚一些国家和地区，在国际市场上享有一定声誉。种生姜的经济效益很高，过去应有“千畦姜韭其人与千户侯等”的记载。从最近几年生姜的价格上看，一般都维持在5～15元/千克，2004年的生姜价格就达到了15元/千克，个别地区的价格甚至还超过15元/千克。由于生姜的产量较高，一般每667米2产量都能达到3000千克以上，现在姜农靠种植生姜致富不乏其人。