基底鳞状细胞癌论文

为了定义皮肤鳞状细胞癌（cSCC）的细胞组成和结构，我们将单细胞RNA测序与空间转录组学和来自一系列人cSCCs和匹配的正常皮肤的多重离子束成像相结合。cSCC表现出四个肿瘤亚群，三个概括正常的表皮状态以及一个肿瘤特有的肿瘤特异性角质形成细胞（TSK）群体，其定位于纤维血管利基，单细胞和空间数据映射的配体-受体网络与特定细胞类型的整合，揭示了TSK细胞是细胞间通讯的枢纽，免疫抑制的多种特征被发现，包括T调节细胞（Treg）与CD8 T细胞在间隔肿瘤基质中的共定位。最后，人类肿瘤异种移植物的单细胞表征和体内CRISPR筛选确定了特定的肿瘤亚群富集基因网络在肿瘤发生中的重要作用。这些数据定义了cSCC肿瘤和基质细胞亚群，它们相互作用的空间位点以及它们参与癌症的交流基因网络。

（1）人类恶性肿瘤 ------- 90%是上皮癌 ------- 皮肤鳞状细胞癌（cSCC）具有原型特征，例如组织极性破坏和基底膜浸润，因此可作为原型。 （2）肿瘤异质性，切除癌变部位淋巴结转移，PD-1治疗出现的耐药性等，突出了对于cSCC肿瘤微环境研究的迫切性。 （3）单细胞转录组表征细胞类型，研究耐药性，但是于正常组织相比，单细胞转录组缺少能够识别肿瘤特有的生物学特征和肿瘤空间的异质性!

利用单细胞技术对细胞进行聚类

这里的空间转录组作者主要是对一种细胞类型进行空间异质性的研究，让我们来看看空间转录组是如何利用的。 患者中，与肿瘤相关的spot在scRNA-seq中显示了映射到肿瘤KC的基因表达，而免疫或基质基因与邻近肿瘤的基质，未涉及的基质或附件区域相关，与总体组织学cSCC结构一致（ 那也就是说，空间位置信息首先是用来映射基因表达，表征细胞大类 ，例如肿瘤，正常组织，这是第一步，也就是说，每个基因空间位置的表达我们可以得到）。这里需要注意的是（如下图），空间spot是进行空间聚类的，这样的做法类似于单细胞的分析，后续会用到这个聚类结果。

研究肿瘤，免疫分析是永远的话题，无论是免疫治疗还是免疫浸润，对于肿瘤研究而言，极具价值。

以单细胞分辨率剖析TIME的空间组织，这部分结果用到了一项新技术，MIBI（离子束成像），也就是说从单细胞水平来鉴别空间位置信息，我们不作为重点在这里讨论（肿瘤浸润）。

整合了scRNA-seq和ST数据集以表征前沿的相邻肿瘤与TME细胞之间的信号传导，TSK参与了广泛的旁分泌和自分泌的相互作用，