转录组学sci期刊投稿

发布时间：2023-12-10 13:11:45

转录组学sci期刊投稿

这种情况我遇到过，那位编辑是个大好人。当时也显示review了，不过应该是内审，一周后拒稿的。拒稿信里说明了他们期刊不收录我这个方向的文章，但是他觉得sci论文本身挺好的就是存在一些语法上的瑕疵，于是帮我从编辑的角度手工润色了一遍附在拒稿信里，建议我去投另外一个期刊

SCI投稿流程大致分为6步，选题、写作、选定期刊、投稿、文章审核、论文接收。1.课题选定课题的选择是很难的一件事，需要考虑的因素很多，但万事总是开头难。确定了所研究的课题，那么接下来的实验、文献的参考、论文写作、投稿起码就有了方向。不过切记，选题前多查看文献、避免重复、避免不够创新，是否具有可行性等问题都要着重考虑。2.论文写作论文的写作可放在实验前面也可放在后面，有的人就会先做完实验，然后把实验结果放在论文前面，再把方法、解决方案、可行性问题等论述逐一套进去;又或者你可以选择先写好整篇论文，框架出来了，再把实验结果等套进去，再进行结果讨论。论文写作时一定要集中时间写，在写作时不一定非要从Abstract写到Acknowledgement;你可以最后写方法与致谢，但是摘要一定字斟句酌，摘要是一篇文章的高度概括。大家在搜集信息时一般看看文章的摘要就知道这篇文章是否适合自己去阅读，文章的摘要需全面体现开展该项研究的意义的深度概括。值得一提的就是审稿员就算再没时间去仔细看你整篇论文，都会用心去看你的摘要，所以摘要的重要性你懂得了!3.选定期刊要定位好你的论文所研究的范围是在哪个领域，稿件定位后，就开始选择期刊了。推荐大家每人拥有近3-5年的影响因子表格。一般期刊的影响因子的变动不大，在Excel表格内将采用IF升序或降序的方法排列。还可以看看你所参考过的文献都是发表在哪些期刊，那也是可以考虑的。4.在线投稿现在Elsevier、Springer、Wiley这些数据库等均采用在线投稿的模式，所以投稿者需对投稿系统有所了解。一般在投稿时会需要写作Cover Letter，这个需要事先写好，到时候复制、粘贴就可以了。5.文章审理一般情况下，投稿一周内会收到期刊编辑的邮件，会告知你的稿件已经给了审稿人。文章审理工作就此开始了。审稿人对你的论文进行评述，然后将意见反馈给期刊编辑，后者将意见反馈给你。稿件派给审稿人到审稿人给出回复时间(也就是编辑给你回复的时间)差不多在25天左右。大修与小修给的时间分别不同，大修的时间有时候跟稿件派给审稿人到审稿人给出回复时间相同，小修时间会短一些。6.论文接收接下来就是论文接收后的工作了，那就是移交版权(你将出版权出让给期刊)。这时候官方的互动就不是你的事儿了，导师会跟那边交流。需要你的他自然会去找你。版权出让，拿到接收函后过一阵子期刊排版，会给你一份稿件让你校对，看是否有错误;没错误那里就准备发表了，之后你就等着期刊在线刊登吧。

在自然界中，植物不断受到不利的非生物环境条件的挑战，例如干旱、高温、寒冷、营养缺乏以及土壤中过量的盐分或有毒金属。这些非生物胁迫限制了全球对耕地的利用，并对作物生产力产生了负面影响。因此，了解植物如何感知胁迫信号并适应不利的环境条件对于全球粮食安全至关重要。

转录组在非生物胁迫研究中运用十分普遍，虽然不同的胁迫机制存在差异，但运用转录组技术进行研究的思路普遍相似，关键在于探究抗性差异的调控机制。

文章题目： Transcriptional profiling reveals changes in gene regulation and signaling transduction pathways during temperature stress in wucai (Brassica campestris L.)

发表刊物： BMC Genomics

发表时间： 2021年9月

研究内容：研究通过设立低温（LT）、高温（HT）和对照组，探究五彩油菜对温度的响应机制。

结果：（1）根据转录组学研究，与对照组相比，HT和LT中差异表达基因的数量分别为10702和7267。（2）为了进一步研究五彩油菜对温度反应的关键基因。对差异基因进行GO和KEGG注释，结果表明光合作用和光合作用天线蛋白途径在五彩油菜温度响应机制中十分重要。而且进一步发现，高温缓解极大地限制了光合作用途径中重要基因的表达，而低温会导致此途径某些关键基因表达上升。综上，五彩幼苗在低温条件下表现出比高温调节更好的光合性能。

根据上述结果，研究推测在低温胁迫下，植物通过上调光合作用基因的表达从而得到更高的耐冷性。相反高温胁迫则抑制了关键基因的表达，削弱了植物的自我调节能力。

文章题目： Variety-specific transcript accumulation during reproductive stage in drought stressed rice

发表刊物： Physiol Plant

发表时间： 2021年10月

研究内容：对进行干旱处理的N22（耐旱）和IR64（干旱敏感）植物抽穗阶段组织（叶、花和根）进行转录组测序并比较分析。

结果：（1）发现N22的差异表达基因数量几乎是IR64的两倍。许多差异表达基因与干旱相关的QTL中定位。这些QTL参与谷物的产量与耐旱性，也与耐旱性和关键的干旱相关植物性状有关。（2）差异基因的共表达分析揭示了几个已知参与干旱胁迫的关键基因。同时发现1366个差异基因在相似的干旱条件下，在两个水稻品种中表现出完全相反的调控模式。（3）这些品种特异性差异基因与1300多个基因发现相互作用。其中包括32个与其他品种特异性差异基因存在相互作用的基因。这些基因的启动子区域在两个水稻品种间也存在序列差异。这表明了转录调控差异对于植物发展耐旱性的重要性。基于序列的变异（启动子）可以部分解释独特的品种特异性转录行为。

文章题目： Transcriptional Changes in the Developing Rice Seeds Under Salt Stress Suggest Targets for Manipulating Seed Quality

发表刊物： Front Plant Sci

发表时间： 2021年12月

研究内容：文章探究了盐胁迫下水稻种子质量的变化，与普通土地种植相比，在盐富集区域种植的粳稻Samgwang的种子中钠、镁、钾等矿物质积累大大增加，产量降低，抽穗延迟，粒重下降。因此，研究使用RNA-seq技术对在高盐土地和正常土地生长的发育中的种子进行了转录组分析。

结果：（1） GO富集分析表明，上调基因与氨基酸、木质素、多糖和几丁质等生物分子的代谢以及应激反应密切相关。（2）通过对代谢通路分析，上调基因参与脱落酸和褪黑激素的生物合成途径以及海藻糖、棉子糖和麦芽糖与生态胁迫的关系。（3）在盐胁迫下发育中的种子上调的转录因子包括bHLH、MYB和热休克蛋白等

这些可以做为盐胁迫下种子质量调控的潜在目标。研究目的在为阐明盐胁迫下种子响应机制与种子质量下降之间的关系提供有用的参考，为盐胁迫下种子质量的改善提供潜在策略。

文章题目： Physiological and transcriptomic analyses reveal novel insights into the cultivar-specic response to alkaline stress in alfalfa (MedicagosativaL.)

发表刊物： Ecotox Environ Safe

发表时间： 2021年11月

研究内容：研究使用了对碱性条件具有不同敏感性的两种紫花苜蓿品种进行了生理和转录组学分析。碱敏品种Algonquin（AG）经碱处理后叶绿素含量和地上部鲜重急剧下降，而耐碱品种Gongnong No.1（GN）保持相对稳定的生长和叶绿素内容。

结果：（1）生理分析表明，与AG相比，GN的Ca/Mg离子含量较高；碱性条件下ca/Mg/Na离子、脯氨酸和可溶性糖的比值以及过氧化物酶（POD）和过氧化氢酶（CAT）的活性降低。（2）转录组学分析确定两个品种之间的三类碱反应差异表达基因；48个基因在两个品种（CAR）中普遍诱导，574个基因来自耐受品种（TAR），493个基因来自敏感品种（SAR）。（3） GO和KEGG分析表明，CAR基因主要参与苯丙烷类生物合成、脂质代谢以及DNA复制和修复；TAR基因在代谢途径、次生代谢物的合成、MAPK信号通路、黄酮类和氨基酸的生物合成富集；SAR基因特别富含维生素B6代谢。

本研究为苜蓿耐碱机制研究提供了新见解。

为了承受环境胁迫，植物进化出相互关联的调节途径，使它们能够及时响应和适应环境。非生物胁迫条件影响植物生理学的许多方面并引起细胞过程的广泛变化。而对非生物胁迫后植物抗性机制的的研究则对后续育种等具有巨大意义。对于胁迫研究往往以构建“逆境”环境，寻找“差异性状”，探究“差异变化”的形式进行，通常结合生理试验，以生理指标差异为源头进行植物抗逆研究，再运用转录组技术，在转录调控层面寻找抗逆的关键节点或基因再进行后续研究。

参考文献：

1.Yuan, Lingyun et al. “Transcriptional profiling reveals changes in gene regulation and signaling transduction pathways during temperature stress in wucai (Brassica campestris L.).” *BMC genomics *vol. 22,1 687. 22 Sep. 2021, doi:10.1186/s12864-021-07981-9

2.Gour, Pratibha et al. “Variety-specific transcript accumulation during reproductive stage in drought-stressed rice.” Physiologia plantarum , 10.1111/ppl.13585. 15 Oct. 2021, doi:10.1111/ppl.13585

3.Lee, Choonseok et al. “Transcriptional Changes in the Developing Rice Seeds Under Salt Stress Suggest Targets for Manipulating Seed Quality.” Frontiers in plant science vol. 12 748273. 8 Nov. 2021, doi:10.3389/fpls.2021.748273

4.Wei, Tian-Jiao et al. “Physiological and transcriptomic analyses reveal novel insights into the cultivar-specific response to alkaline stress in alfalfa (Medicago sativa L.).” Ecotoxicology and environmental safety , vol. 228 113017. 22 Nov. 2021, doi:10.1016/j.ecoenv.2021.113017

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1、选择合适的SCI期刊。2、下载Introduction for submission。只要到每个杂志的首页，打开submit paper一栏，点击Introduction查看或下载即可。3、稿件及其相关材料准备-Preparation：Manuscript.doc、Tables.doc、Figures.tiff（jpg等）、 Cover letter，有时还有Title page、Copyright agreement、Conflicts of interest等。4、网上投稿-Submit a manuscript：先到每个杂志的首页，打开submit paper一栏，先以通讯作者的身份register一个账号，然后以author login身份登录，按照提示依次完成：Select Article Type、Enter Title、Add/Edit/Remove Authors、Submit Abstract、Enter Keywords、Select Classifications、Enter Comments、Request Editor、Attach Files，最后下载pdf，查看无误后，即可到投稿主页approve submission或直接submit it。当然，不少杂志采用email投稿，这时候，你需要注册一个hotmail或yahoo，或gmail信箱，然后将cover letter的内容略修改作为信的内容，将文章各部分作为附件发送过去。一般不建议用国内的信箱，因为不少国外的杂志对国内的信箱是屏蔽的。5、定期关注稿件状态-Status：Submit New Manuscript、Submissions Sent Back to Author、Icomplete Submissions、Sbmissions Waiting for Author's Approval、Submissions Being Processed、Submissions Needing Revision、Rvisions Sent Back to Author、Icomplete Submissions Being Revised、Risions Waiting for Author's Approval、Revisions Being Processed、Declined Revisions。一般来说，投稿后，一周以内便可以进入审稿状态，1-3个月会有初审结果。如何关注呢，如果是你自行投稿，建议三天，一周，半个月，一个月，两个月均check一次。6、修回稿的投递-Submitted the revised manuscript：主要修改revised manuscript、response to the reviewers、cover letter，关键是response letter，这非常关键，要逐条回复reviewers的意见，这里面技巧相当多。程序是进入投稿主页main menu，点击revise，仍然按照原先程序投递（近似于4），切记把修改的标题、摘要和回复信等内容要修改。最后上传附件时，先把留下来且未修改的材料前打钩（表示留下不变），然后点击next，再上传已经修改的材料（主要包括revised manuscript、response to the reviewers、cover letter等），最后下载pdf，查看无误后，即可到投稿主页approve submission或直接submit it。7、校样-Correct the proof：一般编辑部先寄出三个电子文档，包括Query、Proofs、p-annotate，有时也可能伴有纸质文档校样。校样后通过E-mail 寄出即可，或通过email确认。一般校样作者自行核对，我们有专门的校样工作人员，可以检查出在校样过程中，发现的一些细微错误。对文章进行最后的完善。8、版权协议-Copyright agreement和利益冲突-Conflicts of interest：一般首次投稿时就需要提供，但也有少数杂志是Accepted之后才需要提供。付款。一般文章确认接收后，有付款的过程。

投稿转录组期刊

中国土壤的盐化与碱化成分复杂且程度各不相同，植物在长期进化过程中，从分子、细胞、生理生化水平等各个层面，形成了相应的机制来应对盐碱的胁迫，使其能够适应不同环境。关于植物应对盐碱胁迫的内部调控机制的研究一直以来也是生物研究的热点内容，对胁迫的信号传递和应答过程的深入了解将有助于提高作物的逆境适应能力，实现农业的可持续发展，并保障日益增长的世界人口的粮食安全。下面总计了5篇案例，覆盖了林木、草类植物、作物、药用植物等物种。

英文标题：PagWOX11/12a activates PagCYP736A12 gene that facilitates salt tolerance in poplar 发表期刊：Plant Biotechnol J. 影响因子：9.803 发表时间：2021/7/21 合作单位：中国林业科学研究院

主要结果： WUSCHEL related homeobox (WOX)转录因子WOX11和WOX12调控不定根和逆境响应。其在盐胁迫耐受的生理和分子调控机制仍有待进一步研究。本文研究了84K杨树(Populus alba P. glandulosa)中PagWOX11/12a在盐胁迫中的作用及其调控机制。盐胁迫强烈诱导了根系中PagWOX11/12a的生长。在杨树中过表达PagWOX11/12a可以增强其耐盐性，可以通过促进与生长相关的生物量来证明。相比之下，盐处理PagWOX11/12a的优势抑制植株的生物量增长下降。在盐胁迫条件下，过表达的PagWOX11/12a植株比未转基因的84K植株表现出更高的活性氧(ROS)清除能力和更低的过氧化氢(H2O2)积累能力，而抑制基因表现出相反的表型。

此外，PagWOX11/12a直接结合到PagCYP736A12的启动子区，调控PagCYP736A12的表达。在过表达PagWOX11/12a的杨树中，激活的PagCYP736A12可以增强活性氧清除能力，从而降低盐胁迫下根系中H2O2的含量。这些结果支持了PagWOX11/12a在杨树盐胁迫驯化中的重要作用，表明PagWOX11/12a通过直接调控杨树中PagCYP736A12的表达，调节活性氧清除，从而增强了杨树的耐盐性。

英文标题：Elucidating the Molecular Mechanisms by which Seed-Borne Endophytic Fungi, Epichloë gansuensis, Increases the Tolerance of Achnatherum inebrians to NaCl Stress 发表期刊：Int. J. Mol. Sci. 影响因子：5.923 发表时间：2021/12/7 合作单位：兰州大学

主要结果：甘肃内生真菌增强了醉马草的耐盐性，增加了其生物量。然而，甘肃内生真菌提高寄主草耐盐性的分子机制尚不清楚。作者首先利用PacBio测序研究了醉马草的全长转录组信息。本研究共获得了738,588个全长非嵌合序列、36,105个转录本序列和27,202个完整的CDSs。共鉴定出了3558个转录因子(TFs)、15945个简单序列重复序列和963个长非编码rna。

结果表明，在NaCl浓度为0 mM和200 mM时，甘肃内生真菌在E+和E植物叶片中分别有2464和1817个基因表达差异。此外，NaCl胁迫对E+和E植株叶片中差异基因的调控量分别为4919个和502个。甘肃内生真菌差异表达了与光合作用、植物激素信号转导、氨基酸代谢、类黄酮合成过程和WRKY转录因子相关的转录本；

重要的是，在NaCl胁迫下，甘肃内生真菌上调了寄主草的生物学过程(油菜素内酯合成、氧化还原、细胞钙离子稳态、胡萝卜素合成、蛋白酶体泛素依赖蛋白分解代谢和原花青素合成)，表明寄主草对NaCl胁迫的适应能力增强。

综上所述，本研究揭示了甘肃内生真菌提高寄主耐盐性的分子机制，为利用内生菌培育耐盐牧草分子育种提供了理论依据。

英文标题：Comparative Transcriptome Analysis Reveals the Mechanisms Underlying Differences in Salt Tolerance Between indica and japonica Rice at Seedling Stage 发表期刊：Front Plant Sci. 影响因子：5.753 发表时间：2021/10/27 合作单位：武汉大学

主要结果：筛选和培育耐盐性较强的水稻品种是应对全球盐胁迫导致的水稻减产的有效途径。然而，品种间特别是亚种间耐盐性差异的分子机制尚不清楚。本研究对耐盐型水稻RPY geng和敏感型水稻洛恢9号（Chao 2R）在盐胁迫下的转录组进行了比较分析。

盐胁迫下，Chao 2R和RPY geng的差异表达基因分别为7208和3874个。其中，两种基因型共表达的DEGs有2714个，而在Chao 2R和RPY geng中特异性表达的差异基因分别有4494和1190个。GO分析结果为两种基因型的耐盐性差异提供了更合理的解释。在盐胁迫下，Chao 2R正常生命过程基因的表达受到了严重影响，而RPY geng调控了多个胁迫相关基因的表达以适应相同强度的盐胁迫，如次生代谢过程、氧化还原过程等。此外，基于MapMan注释和转录因子鉴定，还发现了与RPY geng特异性差异基因集耐盐性相关的重要通路和转录因子(TF)。

通过Meta-QTLs定位和同源分析，在15个QTL中筛选出18个盐胁迫相关候选基因。本次研究结果不仅为水稻亚种耐盐性的差异提供了新的见解，而且还为增强水稻的耐盐性的基因编辑提供了关键的靶基因。

英文标题：Comparative Transcriptome Analysis of Two Contrasting Chinese Cabbage (Brassica rapa L.) Genotypes Reveals That Ion Homeostasis Is a Crucial Biological Pathway Involved in the Rapid Adaptive Response to Salt Stress 发表期刊：Front Plant Sci. 影响因子：5.753 发表时间：2021/6/14 合作单位：山东农业大学

主要结果：盐是影响植物产量和品质的最重要的限制因素。不同品种的大白菜具有不同的耐盐性，但对其耐盐机制的研究较少。本研究通过对 39个大白菜品种的发芽袋试验，确定100 mmol /L NaCl为最适处理浓度，综合比较分析，鲜重相对值和叶片电解质渗漏量相对值是鉴定大白菜耐盐性的方便指标。研究结果表明，在盐胁迫条件下，耐盐植物青花45 和盐敏感植物碧雨春花均能实现渗透调节、离子稳态和光合作用。

并且比较了两个品种的转录组动态。共鉴定出2,859个差异表达基因，其中青花45差异表达基因数量明显少于碧雨春花。VDAC促进Ca2+的释放，间接促进Na+通过SOS2途径向液泡转运。阳离子/H(+)逆向转运蛋白17和V-H + - ATP酶促进Na+和H+的交换，维持Na+在液泡内，从而减轻盐胁迫对植物的伤害。半乳糖醇合成酶和可溶性蛋白合成的增加有助于缓解盐引起的渗透胁迫，共同调控植物的Na+含量和叶绿素的生物合成，使植物适应盐胁迫。

英文标题：The transcriptome of saline-alkaline resistant industrial hemp (Cannabis sativa L.) exposed to NaHCO3 stress 发表期刊：Industrial Crops and Products 影响因子：5.645 发表时间：2021/10/15 合作单位：黑龙江八一农垦大学

主要结果：本文报道了工业大麻NaHCO3胁迫下的基因表达谱。在这项研究中，RNA-seq被用来研究基因表达分析的工业大麻根暴露于100毫米NaHCO3(以0、 1、6和12 h为不同时长)。

结果表明，植物激素信号转导与合成、苯丙素生物合成、淀粉、蔗糖、氮、氨基酸等代谢途径可能与工业大麻在NaHCO3胁迫下的响应有关。

此外，通过加权基因共表达网络分析确定了16个模块，其中6个模块与NaHCO3胁迫显著相关。这六个模块基本上富集在与内吞作用、淀粉和蔗糖代谢、氮代谢和苯丙素生物合成相关的通路中。关键通路的枢纽基因与GTP结合蛋白、谷氨酸合成酶、海藻糖磷酸、糖基转移酶和木质素合成相关。

本研究结果揭示了工业大麻对NaHCO3胁迫响应的分子机制。

sci论文投稿方式及周期1、找专业机构sci期刊投稿到见刊：3-5个月左右如果您想要sci期刊投稿到见刊快一些，建议作者选择专业就够操作，因为专业机构数学sci期刊投稿流程，操作期刊比较简单，节约时间，比作者自己操作节约大概一个月的时间，如果评职称着急，建议作者选择这种方法投稿期刊，以免影响之前评审。2、sci核心期刊投稿到见刊时间为3-6个月左右sci期刊投稿到省级或是国家级刊物，审核时间为一周，高质量的杂志，审稿效率也较高，审核时间为15-20天，而核心期刊的审稿周期相对较长，核心期刊审核时间一般为3个月，须经过初审、复审、终审三道程序，而sci发表周期一年多也并不罕见，一般核心期刊从投稿到录用，一般是3-6个月。最快也要3个月左右发表，由此可见，发表周期还是很长的，再次提醒各位作者要提前准备，以免耽误您的晋升之路。

你可以询问编辑，看看他们是否有任何建议，或者他们会推荐你投稿的其他期刊，以便你可以将文章转让到其他期刊。另外，你也可以尝试搜索其他相关期刊，看看它们是否更符合你文章的受众。

尽量早作准备，最好提前一年。因为很多SCI期刊对稿件质量的要求比较严格，而且责任编辑和审稿同行也不好对付。常笑医学有查询SCI期刊信息的功能，可以先去查询期刊的审稿周期和录用率，做投稿前的参考

植物转录组投稿的sci期刊

国内生物类期刊中，排在第一的《CellResearch》杂志已经成为了本领域较为有影响力的期刊，不少著名学者都选择将新成果发表在该期刊上，其影响因子自突破10之后，今年又稳步上升至了12.413，这份期刊于1990年创刊，2001年首次获得影响因子，这份杂志由中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所与中国细胞生物学学会共同主。同时，中科院的另外一份期刊：MOLPLANT(分子植物)也升至6.337，排在第三，据报道这两份期刊SCI影响因子位于同学科前10%，另外中科院还有《国家科学评论》《中国病毒学》今年上半年被SCI正式收录。MOLPLANT(分子植物)创刊于2008年，由中国科学院主管，中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所和中国植物生理与分子生物学学会共同主，中国科学院上海生命科学信息中心承。目前这份期刊在植物科学领域期刊中已位列亚洲第一，在全球植物生物学领域研究类期刊排名也很靠前，前面的几份期刊是PlantCell,PlantPhysiology,NewPhytologist等，可见这一期刊已跻身国际植物学领域顶级期刊行列。还有遗传学报(JGENETGENOMICS)也是发展迅猛，影响因子从去年的2.924上升至3.585，这份期刊由中国遗传学会，中国科学院遗传与发育生物学研究所主，主要刊载动物、植物、医学和微生物等遗传学领域的研究论文，也包括该领域中的最新技术和最新方法。大

SCI-E2005年植物学（Plant Sciences）期刊+IF值（144种）1. ANNUAL REVIEW OF PLANT BIOLOGY 17.7802. PLANT CELL 11.0883. CURRENT OPINION IN PLANT BIOLOGY 10.8074. TRENDS IN PLANT SCIENCE 9.7015. ANNUAL REVIEW OF PHYTOPATHOLOGY 7.6056. PLANT JOURNAL 6.9697. PLANT PHYSIOLOGY 6.1148. NEW PHYTOLOGIST 4.2859. PLANT BIOTECHNOLOGY JOURNAL 4.25610. MOLECULAR PLANT-MICROBE INTERACTIONS 3.92811. PLANT CELL AND ENVIRONMENT 3.60112. CRITICAL REVIEWS IN PLANT SCIENCES 3.46713. JOURNAL OF EXPERIMENTAL BOTANY 3.33614. PLANT MOLECULAR BIOLOGY 0.41615. MOLECULAR PLANT PATHOLOGY 3.32716. PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 3.31717. PLANTA 3.10818. THEORETICAL AND APPLIED GENETICS 3.06319. PHYTOCHEMISTRY 2.78020. JOURNAL OF PLANT GROWTH REGULATION 2.69521. ANNALS OF BOTANY 2.66522. AMERICAN JOURNAL OF BOTANY 2.57223. JOURNAL OF PHYCOLOGY 2.50224. FUNCTIONAL PLANT BIOLOGY 2.49625. PHOTOSYNTHESIS RESEARCH 2.29526. JOURNAL OF NATURAL PRODUCTS 2.26727. TAXON 2.23928. PLANT CELL REPORTS 2.17329. JOURNAL OF VEGETATION SCIENCE 2.11230. PHYSIOLOGIA PLANTARUM 2.11231. ENVIRONMENTAL AND EXPERIMENTAL BOTANY 2.09132. EUROPEAN JOURNAL OF PHYCOLOGY 2.06433. PHYTOPATHOLOGY 2.04934. INTERNATIONAL JOURNAL OF PLANT SCIENCES 1.95035. PLANT BIOLOGY 1.91036. SEED SCIENCE RESEARCH 1.89237. MOLECULAR BREEDING 1.86638. ADVANCES IN BOTANICAL RESEARCH INCORPORATING ADVANCES IN PLANT PATHOLOGY 1.81839. PLANT PATHOLOGY 1.71840. PLANT AND SOIL 1.70341. WEED RESEARCH 1.67042. PLANTA MEDICA 1.62843. PLANT SCIENCE 1.60544. PROTOPLASMA 1.57345. SYSTEMATIC BOTANY 1.55746. PLANT PHYSIOLOGY AND BIOCHEMISTRY 1.55647. JOURNAL OF ETHNOPHARMACOLOGY 1.55448. PRESLIA 1.54549. ANNALS OF THE MISSOURI BOTANICAL GARDEN 1.54450. WEED SCIENCE 1.53651. EUROPEAN JOURNAL OF PLANT PATHOLOGY 1.53452. APPLIED VEGETATION SCIENCE 1.51753. PLANT DISEASE 1.47954. BOTANICAL JOURNAL OF THE LINNEAN SOCIETY 1.46255. PLANT SYSTEMATICS AND EVOLUTION 1.42156. JOURNAL OF PLANT PHYSIOLOGY 1.40357. PHYTOCHEMICAL ANALYSIS 1.39858. BOTANICAL REVIEW 1.34859. PHYTOMEDICINE 1.34860. AQUATIC BOTANY 1.34461. SEXUAL PLANT REPRODUCTION 1.27862. PHYCOLOGIA 1.27163. PHYSIOLOGICAL AND MOLECULAR PLANT PATHOLOGY 1.23864. AUSTRALIAN JOURNAL OF BOTANY 1.20765. JOURNAL OF PLANT RESEARCH 1.20266. AUSTRALIAN SYSTEMATIC BOTANY 1.16267. PLANT CELL TISSUE AND ORGAN CULTURE 1.11368. FLORA 1.08669. REVIEW OF PALAEOBOTANY AND PALYNOLOGY 1.07470. CANADIAN JOURNAL OF PLANT PATHOLOGY-REVUE CANADIENNE DE PHYTOPATHOLOGIE 1.06671. JOURNAL OF ASIAN NATURAL PRODUCTS RESEARCH 1.06572. CANADIAN JOURNAL OF BOTANY-REVUE CANADIENNE DE BOTANIQUE 1.05873. FOLIA GEOBOTANICA 1.03374. PLANT MOLECULAR BIOLOGY REPORTER 1.02975. PLANT ECOLOGY 1.01176. JOURNAL OF THE HATTORI BOTANICAL LABORATORY 0.92377. JOURNAL OF PLANT NUTRITION AND SOIL SCIENCE-ZEITSCHRIFT FUR PFLANZENERNAHRU 0.91278. BRYOLOGIST 0.88679. EUPHYTICA 0.88480. PLANT GROWTH REGULATION 0.84181. BOTANICA MARINA 0.82582. PLANT BREEDING 0.82383. BOTHALIA 0.82184. NEW ZEALAND JOURNAL OF BOTANY 0.81485. JOURNAL OF APPLIED BOTANY-ANGEWANDTE BOTANIK 0.81286. PHOTOSYNTHETICA 0.81087. JOURNAL OF THE TORREY BOTANICAL SOCIETY 0.80988. BIOLOGIA PLANTARUM 0.79289. JOURNAL OF PHYTOPATHOLOGY 0.76190. NOVA HEDWIGIA 0.75691. BREEDING SCIENCE 0.75392. WEED TECHNOLOGY 0.74993. PHYTOCOENOLOGIA 0.74194. VEGETATION HISTORY AND ARCHAEOBOTANY 0.73995. LICHENOLOGIST 0.73896. BOTANICAL BULLETIN OF ACADEMIA SINICA 0.72497. JOURNAL OF APPLIED BOTANY AND FOOD QUALITY-ANGEWANDTE BOTANIK 0.66798. IN VITRO CELLULAR & DEVELOPMENTAL BIOLOGY-PLANT 0.66099. GRANA 0.648100. JOURNAL OF PLANT PATHOLOGY 0.647101. BELGIAN JOURNAL OF BOTANY 0.639102. GENETIC RESOURCES AND CROP EVOLUTION 0.631103. JOURNAL OF BRYOLOGY 0.615104. AUSTRALASIAN PLANT PATHOLOGY 0.587105. BOTANICA HELVETICA 0.577106. SOUTH AFRICAN JOURNAL OF BOTANY 0.577107. PHYTOPARASITICA 0.550108. CRYPTOGAMIE ALGOLOGIE 0.540109. JOURNAL OF PLANT BIOLOGY 0.526110. RHODORA 0.510111. ECONOMIC BOTANY 0.504112. JOURNAL OF PLANT NUTRITION 0.497113. 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投稿南北核、CSCD核心《科学学研究》：期刊外审通过率不高 2 个月拒稿《科学学研究》设有科学学理论与方法、科技发展战略与政策、科技管理与知识管理、技术创新与制度创新等栏目。每年我都会选择冲击一下这个期刊，每次都以失败告终，没有录用的经验可以分享，只是把退稿的流程贴出来。这个期刊在国家基金委认定的 A 类期刊里审稿算快的，这也是该期刊投稿量剧增的原因之一。该期刊的审稿流程不定，我的投稿流程：初审-栏目审稿-外审-栏目审稿-退稿。但据了解，有些是没有经历外审的，直接初审-栏目审稿-退修（退稿）。我投的这两次都经历了外审，个人认为该期刊外审的通过率并不高。每年该期刊还会出一个重点选题的征稿启事，可以参考，投其所好。

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综上所述，本研究揭示了甘肃内生真菌提高寄主耐盐性的分子机制，为利用内生菌培育耐盐牧草分子育种提供了理论依据。

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全球有3500万人深受阿尔茨海默症(AD)的困扰，但目前尚无临床有效的治疗手段。为了促进AD治疗手段的发展，研究者进行了大量的遗传学研究。已有研究者通过 GWAS鉴定出许多阿尔茨海默症风险基因，但这些风险基因是如何导致阿尔茨海默症的尚不十分清楚。全蛋白质组关联研究(Proteome-Wide Association Study, PWAS)通过蛋白质的功能变化将基因和表型联系起来，是一种新型的以蛋白质为中心的遗传关联研究方法，在人类遗传学研究领域具有广泛的应用前景。 2021年1月28日，国际学术期刊Nature Genetics(IF=27.603)上报道了来自埃默里大学医学院题为“Integrating human brain proteomes with genome-wide association data implicates new proteins in Alzheimer’s disease pathogenesis”的研究文章。该团队运用全蛋白质组关联研究(proteome-wide association study，PWAS)，将阿尔茨海默症(AD)队列 GWAS结果与人脑蛋白质组进行了整合，旨在鉴定通过影响脑蛋白丰度而导致AD风险的基因，深入了解这些基因座如何影响AD的发病机制。 1、PWAS鉴定出AD 相关重要基因在发现阶段，作者收集到375例捐献者死后大脑的背外侧前额叶皮层(dPFC)样本，使用TMT质谱策略获得人脑蛋白质组数据。整合已有的AD GWAS结果与蛋白质组学结果，通过全蛋白质组关联研究(PWAS)鉴定出13个顺式调节脑蛋白水平的基因(图1，表1)。接下来，作者使用相同的AD GWAS数据与另一组独立的152例人脑蛋白质组数据整合分析，与前面发现的13个蛋白相比较，其中10个在PWAS阶段得到验证（表1）。表1 AD PWAS鉴定13个重要基因 2、重要风险基因COLOC和SMR分析为了研究调控脑蛋白的重要基因与AD是否存在因果关系，作者进行了贝叶斯共定位(COLOC)和孟德尔随机化(SMR)分析。首先，使用贝叶斯共定位(COLOC)检验发现13个基因中有9个符合因果关系。然后通过孟德尔随机化(SMR)分析，结果表明顺式调控蛋白丰度介导了这13个基因的遗传变异与AD的关联。总的来说，作者发现7个基因在COLOC和SMR / HEIDI分析的因果关系上具有一致的结果(CTSH，DOC2A，ICA1L，LACTB，PLEKHA1，SNX32和STX4)，另外有4个基因的因果关系在这两种分析中结果不一致( ACE，CARHSP1，RTFDC1和STX6)，EPHX2和PVR的结果不具备因果关系(表2)。表2 发现阶段AD PWAS中13个重要基因的COLOC和SMR分析 3、确定11个AD PWAS重要基因通过验证队列重复和因果关系测试的结果，作者在13个通过PWAS发现的重要基因中，确定了11个与AD有因果关系的风险基因(CTSH，DOC2A，ICA1L，LACTB，SNX32，ACE，CARHSP1，RTFDC1，STX6，STX4和PLEKHA1)，其中9个重要基因在PWAS阶段得到验证(表3)。表3 总结11个AD PWAS重要基因，并证明与AD中的因果作用一致 4、PWAS结果不受APOE e4影响载脂蛋白APOE e4等位基因与阿尔茨海默症密切相关，因此作者为了探究APOE e4是否影响了PWAS结果，从蛋白质组中去除掉APOE e4的作用，使用去除后的蛋白质组图谱进行了AD PWAS。分析发现了13个与发现阶段PWAS结果一致的重要基因和6个其他基因，且所有13个基因都具有与发现阶段PWAS中相同的关联方向。此外，COLOC和SMR / HEIDI测试的结果发现了与原始发现相同的因果关系证据，这些结果均表明本实验发现不受APOE e4的影响。 5、 TWAS锁定与PWAS相关基因众所周知，分子生物学的中心法则是遗传信息从DNA转录传递给RNA，再从RNA翻译传递给蛋白质。因此，作者收集到888个欧洲个体的大脑转录组数据，将AD GWAS结果与其整合，进行了AD的全转录组关联研究(TWAS)。AD TWAS鉴定了40个基因，其FDR为p<0.05时，其基因调控的mRNA表达水平与AD相关(图2)。与蛋白质水平上鉴定出的11个潜在风险基因相比，ACE，CARHSP1，SNX32，STX4和STX6这5个基因与PWAS结果相似，与AD具有关联性。(表3)。 6、单细胞测序发现细胞类型特异性最后，作者使用背外侧前额叶皮层样本(dPFC)单细胞RNA测序数据进行分析，发现在先前确定的11个重要风险基因中，有6个基因呈现细胞类型特异性富集。DOC2A，ICA1L，PLEKHA1和SNX32富含兴奋性神经元，而CARHSP1在少突胶质细胞中富集，CTSH在星形胶质细胞和小胶质细胞中富集(图3)。本文作者通过收集阿尔茨海默症(AD)患者队列，开展多中心、大样本的基因组学和蛋白质组学研究。运用全蛋白质组关联研究（PWAS）挖掘了十多个重要风险基因，这些风险基因可以通过改变大脑中蛋白质丰度进而影响阿尔茨海默症的发生，为AD的发病机制提供了新的见解，并为进一步治疗提供了潜在的靶标。参考文献 [1].Wingo, Aliza P. , et al. "Integrating human brain proteomes with genome-wide association data implicates new proteins in Alzheimer's disease pathogenesis." Nature Genetics .

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