上海交通大学蔡加远发表论文

胡文瑞院士，男，1936年4月生，研究员，博士生导师，国家微重力实验室学术委员会主任。1958年毕业于北京大学数学力学系流体力学专业，1995年当选中国科学院院士，1996年当选国际宇航院通讯院士，2001年当选国际宇航院院士。胡文瑞院士八十年代率先开创了我国微重力流体物理研究，创建了中国科学院国家微重力实验室，是我国微重力科学研究的奠基人和学术带头人，国际微重力学术界知名学者。现任Microgravity Quarterly杂志客座主编，国际宇航联空间材料和微重力研究委员会委员，中-日微重力科学学术会议的中方负责人；国家载人航天工程流体物理分系统和实践10号科学实验卫星首席科学家，兰州理工大学学术委员会主任等。获中科院自然科学二等奖、中科院科技进步二等奖、国家科技进步特等奖各一项。龙勉研究员，男，1964年2月生，研究员，博士生导师，国家微重力实验室主任。1984年毕业于上海交通大学，1990年在重庆大学获生物力学博士（中日联合培养）。1990-2000在重庆大学生物工程学院工作，1995年晋升为教授。1996-1999年在美国Georgia Institute of Technology作高访学者。2000年入选中科院“百人计划”，2002年获国家杰出青年基金，2004年入选“新世纪百千万人才工程国家级人选”。1990年起独立主持细胞-分子生物力学实验室，目前主要从事生物大分子结构-功能关系的生物力学理论、实验及其应用，以及空间细胞生物力学与工程等研究。在Nature、J. Biol. Chem.、Biophys. J.等杂志发表论文58篇，获教育部首届“青年教师奖”。现兼任世界生物力学理事会（WCB）执委兼司库、国际生物流变学学会（ISB）理事、Cell. & Mol. Bioengi.亚洲区主编、Mol. & Cell. Biomech.杂志编委等。康琦研究员，男，1961年12月生，研究员，博士生导师，国家微重力实验室副主任。1981年底毕业于西北工业大学，1987年在北京航空航天大学获光学硕士学位，1995年在北京航空航天大学获实验力学博士学位。1995年进入力学所做博士后并留所工作，1998年聘为研究员。多年来开展了多项微重力流体物理地基和空间科学实验研究。目前主持国家自然科学基金重点项目“微重力流体力学研究”、中-俄航天合作国际空间站空间实验等大型项目。现任国防科工委“十一∙五”空间科学规划空间环境利用微重力科学专家组组长、中国科学院“空间科学中长期发展规划”微重力科学专家组组长、国家载人航天二期微重力流体物理分系统主任设计师等职。发表SCI、EI论文40余篇，曾获中国科学院首届十佳“优秀博士后”和载人航天工程“优秀工作者”荣誉称号。刘秋生研究员，男，1959年8月生，研究员，博士生导师，国家微重力实验室副主任。1982年毕业于北方交通大学，1989年在北方交通大学获工程力学硕士学位，1994年在法国普罗旺斯大学获流体力学博士学位，1995年在西班牙马德里大学流体力学国际实验室从事客座研究，1997年入选中科院“百人计划”。长期从事微重力流体界面现象及其热毛细对流、蒸发对流、振动效应、空间液体润滑和流体管理研究。先后参加和承担实践5号科学实验卫星空间流体实验、国家攀登预选、国家自然科学基金和中科院知识创新工程等研究项目，以及我国“十∙五”和“十一∙五”空间科学研究中长期发展规划工作。曾获中科院科技进步二等奖和国家载人航天工程优秀工作者奖。现任中国空间科学学会微重力专业委员会主任，中国空间科学学会常务理事，国际宇航联（IAF）空间加工与微重力应用委员会委员，《空间科学学报》副主编等职。发表论文60余篇。王育人研究员，男，1966年5月生，研究员，博士生导师，国家微重力实验室副主任。1987年本科毕业于吉林大学物理系，1994年在北京科技大学获材料物理博士，同年进入中国科学院物理研究所做博士后研究工作。1996-2001年任中国科学院物理研究所任助理研究员，其中1997-2001年在日本九州大学机能物质科学研究所任JSPS特别研究员。2001年进入中国科学院理学研究所任研究员至今。长期从事固态及液态结构分析、晶体生长、合金凝固及胶体自组装研究工作，在国内外主要学术刊物如Phys. Rev. Lett., Appl. Phys. Lett.上发表论文44篇。曾作为主要研究成员获中国科学院自然科学二等奖。目前从事空间材料科学研究工作，曾主持并完成中国科学院重要方向性项目，在研973、国防科工委项目等多项科研课题。陈启生研究员, 男, 1968年10月生，研究员，博士生导师。1989年毕业于北京大学力学系，1992年在北京大学力学系获流体力学硕士学位，1997年在中科院力学所获流体力学博士学位。1997-1999年在纽约州立大学石溪分校机械工程系作博士后，2000-2001年为研究科学家。2001-2002年在佛罗里达国际大学作Faculty Administrator。2001年入选中科院“百人计划”。从事微重力流体力学及晶体生长模型化研究。首次利用流动稳定性分析方法证实了在大Prandtl数情况下，半浮区液桥的热毛细对流的临界振荡Marangoni数对体积曲线有明显的两支。提出物理气相输运法生长SiC晶体的流动－动理学理论，即输运由扩散及Stefan对流两种机制支配,而结晶速率与过饱和度成正比。在J. Crystal Growth, Int. J. Heat and Mass Transfer等杂志上发表SCI论文20余篇，被引用100余次。李凯研究员，男，1973年9月生，研究员。1995年毕业于中国科学技术大学，2001年在中国科学院力学研究所获流体力学博士学位。2001-2003年在美国华盛顿州立大学做博士后研究。2003-2007年在日本九州大学历任博士研究员、教务员和助理教授。2007年在中国科学院力学研究所任研究员，并入选中科院“百人计划”。目前主要从事计算流体力学，流动稳定性分析，微重力流体力学及晶体生长中的流体力学研究，并在J. Crystal Growth, Crystal Growth and Design, Int. J. Heat and Mass Transfer等杂志发表论文20余篇。靳刚研究员，1957年8月生，研究员，博士生导师。1982年毕业于四川大学物理系，1984年在中科院力学所获激光物理专业硕士学位，1993年在法国巴黎皮埃尔∙玛丽∙居里大学获物理学博士学位。1992-94年在法国国家科研中心（CNRS，Paris）任合作研究员；1994-96在瑞典Linkoping大学做访问学者；1996年至今任中科院力学所研究员，所学术委员会委员。兼任葡萄牙里斯本大学客座教授；韩国亚洲纳米生物科技研究所国际研究员；中国生物物理学会生物物理技术分会理事；中国微循环学会第三届理事会理事；中科院知识创新十五重大项目首席科学家；中科院生物物理所研究员、博导、纳米生物学研究中心主任；中国科学院基础研究发展战略重点规划专家（纳米材料和纳米器件）；科技部纳米科技重大专项专家委员会纳米生物和医药组成员；中国合格评定国家认可委员会实验室技术委员会纳米专业委员会委员；中德纳米生物技术协会特聘专家；国务院特殊津贴获得者和中科院研究生院优秀教师。解京昌研究员，男，1957年5月生，1983年毕业于北京邮电学院分院获通信工程学士学位。1983起在中国科学院力学研究所工作，1999年晋升为研究员。分别在1994年和1996年到日本早稻田大学作短期访问学者，2006年12月~2007年2月在加拿大多伦多大学做高访学者。曾作为负责人及主要参加者完成863项目、国家载人航天工程一期流体物理分系统、国家自然科学基金重点项目、中科院攀登计划、中科院知识创新工程重要交叉方向项目等研究；完成在俄罗斯“和平号”空间站上进行的“不同重力下两相流流型微重力实验”、在我国神舟四号宇宙飞船上进行的微重力液滴Marangoni迁移空间实验等空间实验研究项目。目前开展的主要工作有返回式卫星空间实验技术总体、国家载人航天工程二期、中科院知识创新工程重要方向性项目等，从事微重力流体物理相关研究及空间科学实验工程技术与管理等。在J. Colloid Interface Sci., Int. J. Heat & Mass Transf., Int. J. Multiphase Flow, Microgravity Sci. Tech., Adv. Space Res.等杂志发表学术论文40余篇，曾参加《中国百科年鉴》、《中国神舟》编写。获国家人事部、解放军总装备部、国防科工委联合颁发的“中国载人航天工程突出贡献者奖章”及中国科学院自然科学二等奖。担任国家载人航天工程一期及二期应用系统流体物理分系统副主任设计师，兼任空间科学学会国际交流工作委员会委员、微重力专业委员会委员等。赵建福研究员，男，1967年4月生，研究员，博士生导师。1990年毕业于清华大学，1993年在浙江大学获流体力学硕士学位，1998年在武汉水力电力大学获水力学和河流动力学博士学位。1998-2000年进入力学所做博士后研究，2000年留所工作后被聘为副研究员，2004年破格晋升为研究员。目前主要从事微重力气液两相流动与传热方面的基础研究和相关应用研究工作，并担任中国力学学会流体力学专业委员会多相流与非牛顿流专业组组长、中国工程热物理学会多相流专业委员会委员、中国工程热物理学会传热传质学专业委员会委员、中国空间科学学会微重力科学与应用专业委员会委员兼秘书、中国力学学会青年工作委员会委员、中国空间科学学会工作委员会委员、国防科工委“十一∙五”空间科学规划空间环境利用专家组委员、中国科学院力学研究所所学位委员会委员、《应用基础与工程科学学报》编委、Microgravity Science and Technology客座编辑（2008，Special Issue Two-Phase Systems）。魏炳忱研究员，男，1971年2月生，研究员，博士生导师。1992年毕业于哈尔滨工业大学，1995年在哈尔滨工业大学院获材料学硕士学位，1999在北京航空航天大学获材料学博士学位。1999-2001年进入力学所做博士后研究，2001年留所工作并聘为副研究员，2005年破格晋升为研究员。目前主要从事空间材料科学研究工作，重要研究方向为亚稳材料的形成和机理研究。在Phys. Rev. B、Acta Mater、Appl. Phys. Lett.等重要刊物发表SCI收录论文60余篇。先后主持国家自然科学基金项目3项。段俐研究员，女，1966年1月生，研究员。1988年毕业于辽宁师范大学获物理学专业理学学士学位，1995年在北京航空航天大学获得光学专业理学硕士学位，1998年在北京航空航天大学获得力学专业工学博士学位。1998年至2000年在中国科学院力学研究所做博士后，2000年出站留力学所工作，同年评为副研究员，2007年底评为研究员。主要研究方向是流体热质输运和界面行为的实验研究，并在相应科学需求的带动下进行先进流场诊断技术和挑战性空间实验技术的研究。研究工作涉及流体力学、材料和生物的物理过程、现代光学诊断技术和空间科学实验技术等，具有多学科交叉特征。目前承担国家自然科学基金项目“浮力-热毛细对流表面振荡研究”、载人航天空间科学实验项目以及“十一五”返回式卫星空间科学实验项目。发表SCI、EI论文40余篇，曾获全国博士后大会优秀论文一等奖。

从简单地剪切致病基因，到开发出不再传播疾病的工程动物，基因编辑技术已经释放出巨大的潜力。随着研究的深入，科学界还发现，除了编辑具有遗传讯息的DNA片段，编辑RNA可以在不改变基因组的情况下，帮助调整基因表达方式，此外，RNA的寿命是相对短暂的，这也意味着它的变化是可以逆转的，从而避免基因工程中的巨大风险。

2017年10月，来自Broad研究所的张锋研究团队在《自然》期刊上发表了题为“RNA targeting with CRISPR-Cas13”的文章，首次将CRISPR-Cas13系统公之于众，证实了CRISPR-Cas13可以靶向哺乳动物细胞中的RNA。仅仅时隔三周，又一篇名为“RNA editing with CRISPR-Cas13”的力作发表于《科学》期刊。在该研究中，张锋研究团队再次展示了这一RNA编辑系统，能有效地对RNA中的腺嘌呤进行编辑。

在CRISPR出现之前，RNAi是调节基因表达的理想方法。但是Cas13a酶一大优势在于更强的特异性，而且这种本身来自细菌的系统对哺乳动物细胞来说，并不是内源性的，因此不太可能干扰细胞中天然的转录。相反，RNAi利用内源性机制进行基因敲除，对本身的影响较大。但CRISPR-Cas13系统还有一个重要的问题，Cas13a酶本质上是一种相对较大的蛋白质，因此很难被包装到靶组织中，这也可能成为RNA编辑技术临床应用的一大障碍。

2018年3月16日，一项发表在《细胞》期刊的重磅成果为RNA编辑技术带来一大步飞跃，来自美国Salk研究所的科学家利用全新的CRISPR家族酶扩展了RNA编辑能力，并将这个新系统命名为“CasRx”。

CasRx（品红色）在人类细胞核中靶向RNA（灰色），Salk研究所

“生物工程师就像自然界的侦探一样，在DNA模式中寻找线索来帮助解决遗传疾病。CRISPR彻底改变了基因工程，我们希望将编辑工具从DNA扩展到RNA。”研究领导者Patrick Hsu博士表示，“RNA信息是许多生物过程的关键介质。在许多疾病中，这些RNA信息失去了平衡，因此直接靶向RNA的技术将成为DNA编辑的重要补充。”

除了高效性且无明显脱靶效应，新系统的一个关键特征是其依赖于一种比以前研究中物理尺寸更小的酶。 这对RNA编辑技术至关重要，这使得该编辑工具能够更容易被包装到病毒载体，并进入细胞进行RNA编辑。来自东京大学的科学家Hiroshi Nishimasu并未参与这项研究，他表示：“在这项研究中，研究人员发现了一种较Cas13d更加‘紧凑’的酶CasRx。从基础研究到治疗应用，我认为CasRx将成为非常有用的工具。”

此外，在这项研究中，研究人员还展示了利用这种新型RNA编辑系统来纠正RNA过程的能力。他们将CasRx包装到病毒载体中，并将其递送到利用额颞叶痴呆（FTD）患者干细胞中培养的神经细胞，最终使tau蛋白水平恢复到健康水平上，有效率达到80%。

Patrick Hsu博士最后说道：“基因编辑技术通过对DNA的切割带来基因序列的改变。在经过基因编辑的细胞中，其效果是永久的。虽然基因编辑技术能够很好地将基因完全关闭，但对调节基因的表达上并不那么优秀。展望未来，这一最新工具将在RNA生物学研究中发挥重要作用，并有望在未来凭借该技术对RNA相关疾病进行治疗。”

该研究探索了Cas13d家族蛋白CasRx敲低目的基因的最佳sgRNA组合，通过尾静脉注射质粒的方式，将CasRx系统和靶向Pten基因的sgRNA导入到小鼠肝脏细胞中，成功在小鼠肝脏中实现了Pten的高效沉默。

3月18日，《蛋白质与细胞》期刊在线发表了《Cas13d介导的肝脏基因表达下调对代谢功能的调控》的研究论文，该研究由中科院脑科学与智能技术卓越创新中心（神经科学研究所）、上海脑科学与类脑研究中心、神经科学国家重点实验室杨辉研究组和上海科技大学生命科学与技术学院黄鹏羽研究组合作完成。该研究探索了Cas13d家族蛋白CasRx敲低目的基因的最佳sgRNA组合，通过尾静脉注射质粒的方式，将CasRx系统和靶向Pten基因的sgRNA导入到小鼠肝脏细胞中，成功在小鼠肝脏中实现了Pten的高效沉默，证实了CasRx系统在成体动物体内也具有靶向沉默RNA的活性，通过增强下游蛋白AKT的磷酸化，影响了糖脂代谢相关基因的表达。同时，利用AAV递送CasRx和靶向Pscsk9的sgRNA到小鼠肝脏，有效降低了肝脏中PCSK9的蛋白表达，以及小鼠血液中的胆固醇水平。这为治疗后天性的代谢疾病提供了新方案。

同时，杨辉研究组与上海交通大学医学院附属上海第一人民医院孙晓东研究组合作，也探究了CasRx预防严重的眼部疾病——年龄相关性黄斑变性（AMD）的可能性，研究人员发现在体内使用CasRx敲低Vegfa的mRNA可以显著减少AMD小鼠模型中脉络膜新血管形成（CNV）的面积，验证了将RNA靶向的CRISPR系统用于治疗应用的潜力。相关研究论文《CasRx介导的RNA靶向策略可防止年龄相关的黄斑变性的小鼠模型中的脉络膜新生血管形成》3月3日在《国家科学评论》在线发表。

近年来，CRISPR/Cas9技术因其强大且便捷的DNA编辑能力而受到广泛关注。2016年，张锋实验室发现了一种新的Cas蛋白Cas13a，可以靶向RNA进行切割。之后人们又陆续发现了靶向RNA的Cas13b, Cas13c。由于Cas13家族蛋白靶向RNA的特点，理论上在一些特定疾病的检测和治疗上具有独特优势，因而成为近年来的研究热点。2018年，加州大学伯克利分校Patrick Hsu实验室发现了Cas13d家族。他们发现与RNA干扰技术相比，Cas13d介导的基因沉默具有更高的特异性（与数百个shRNA脱靶相比，Cas13d没有脱靶）和敲除效率（Cas13d达到96％，shRNA达到65％）。而与Cas9介导的基因敲除技术相比，Cas13d介导的基因沉默不会改变基因组DNA，因此这种基因沉默是可逆的，从而对一些后天性疾病（如因不良生活习惯导致的高血脂等后天代谢性疾病）的治疗更有优势。其中Cas13d家族的CasRx蛋白由于体积小，效率高，被认为是在未来应用中最具有优势的Cas13蛋白。

此前的工作都在细胞水平证明了CasRx的高效性和特异性，杨辉研究组的这两篇文章则更进一步在动物体内证明了CasRx的活性，为临床提供了可能性。为证明CasRx在动物体内的活性，研究人员分别针对目的基因进行了sgRNA的体外筛选，然后采用尾静脉注射敲低Pten的质粒、尾静脉注射敲低Pcsk9的AAV8病毒、眼部注射敲低Vegfa的AAV病毒。对注射后的小鼠进行相应分析，分别得到Pten基因下调及其下游蛋白AKT的磷酸化上调，Pcsk9下调造成血清胆固醇下调；Vegfa下调显著减少AMD小鼠模型中脉络膜新血管形成（CNV）的面积。

2020年3月18日，《蛋白质与细胞》期刊在线发表了《Cas13d介导的肝脏基因表达下调对代谢功能的调控》的研究论文，该研究由中科院脑科学与智能技术卓越创新中心（神经科学研究所）、上海脑科学与类脑研究中心、神经科学国家重点实验室杨辉研究组和上海科技大学生命科学与技术学院黄鹏羽研究组合作完成。该研究探索了Cas13d家族蛋白CasRx敲低目的基因的最佳sgRNA组合，通过尾静脉注射质粒的方式，将CasRx系统和靶向 Pten 基因的sgRNA导入到小鼠肝脏细胞中，成功在小鼠肝脏中实现了 Pten 的高效沉默， 证实了CasRx系统在成体动物体内也具有靶向沉默RNA的活性， 通过增强下游蛋白AKT的磷酸化，影响了糖脂代谢相关基因的表达。同时，利用AAV递送CasRx和靶向 Pscsk9 的sgRNA到小鼠肝脏， 有效降低了肝脏中PCSK9的蛋白表达，以及小鼠血液中的胆固醇水平 。这为治疗后天性的代谢疾病提供了新方案。

同时，杨辉研究组与上海交通大学医学院附属上海第一人民医院孙晓东研究组合作，也 探究了CasRx预防严重的眼部疾病——年龄相关性黄斑变性（AMD）的可能性，研究人员发现在体内使用CasRx敲低 Vegfa的mRNA可以显著减少AMD小鼠模型中脉络膜新血管形成（CNV）的面积**，验证了将RNA靶向的CRISPR系统用于治疗应用的潜力。相关研究论文《CasRx介导的RNA靶向策略可防止年龄相关的黄斑变性的小鼠模型中的脉络膜新生血管形成》3月3日在《国家科学评论》在线发表。

近年来，CRISPR/Cas9技术因其强大且便捷的DNA编辑能力而受到广泛关注。2016年，张锋实验室发现了一种新的Cas蛋白Cas13a，可以靶向RNA进行切割。之后人们又陆续发现了靶向RNA的Cas13b, Cas13c。由于Cas13家族蛋白靶向RNA的特点，理论上在一些特定疾病的检测和治疗上具有独特优势，因而成为近年来的研究热点。2018年，加州大学伯克利分校Patrick Hsu实验室发现了Cas13d家族。他们发现与RNA干扰技术相比，Cas13d介导的基因沉默具有更高的特异性（与数百个shRNA脱靶相比， Cas13d没有脱靶）和敲除效率（Cas13d达到96％ ，shRNA达到65％）。而与Cas9介导的基因敲除技术相比， Cas13d介导的基因沉默不会改变基因组DNA，因此这种基因沉默是可逆的 ，从而对一些后天性疾病（如因不良生活习惯导致的高血脂等后天代谢性疾病）的治疗更有优势。其中Cas13d家族的CasRx蛋白由于体积小，效率高，被认为是在未来应用中最具有优势的Cas13蛋白。

此前的工作都在细胞水平证明了CasRx的高效性和特异性，杨辉研究组的这两篇文章则更进一步在动物体内证明了CasRx的活性，为临床提供了可能性 。为证明CasRx在动物体内的活性，研究人员分别针对目的基因进行了sgRNA的体外筛选，然后采用尾静脉注射敲低 Pten 的质粒、尾静脉注射敲低 Pcsk9 的AAV8病毒、眼部注射敲低 Vegfa 的AAV病毒。对注射后的小鼠进行相应分析，分别得到 Pten 基因下调及其下游蛋白AKT的磷酸化上调， Pcsk9 下调造成血清胆固醇下调； Vegfa 下调显著减少AMD小鼠模型中脉络膜新血管形成（CNV）的面积。

图1 CasRx介导的 Pten 体内体外的下调（ Protein & Cell ）

A.质粒示意图；B.N2a细胞中 Pten 的下调；C.Western检测PTEN及AKT的表达； D.CasRx与shRNA脱靶比较；E.尾静脉注射质粒示意图；F.G.H.免疫荧光，qPCR，western分别检测 Pten 及p-AKT的表达

图2 血清胆固醇的调节以及 Pcsk9 的可逆调控（ Protein & Cell ）

A.针对 Pcsk9 的AAV8病毒注射示意图；B.肝组织中 Pcsk9 的表达量；C.血清 PCSK9 的表达量；D.血清胆固醇水平；E.F.血清ALT和AST的测定；G.可逆调节注射示意图； H. Pcsk9 的动态调控。

图3 AAV介导CasRx减少了AMD小鼠模型中CNV的面积（National Science Review）

A.小鼠和人序列比较以及sgRNA示意图；B.C.在293T和N2a细胞中敲低 Vegfa ；D.VEGFA蛋白的表达；E.AAV病毒质粒示意图；F.实验流程图；G.CasRx的mRNA表达水平；H.I.激光烧伤之前或之后7天的 Vegfa mRNA水平；J.CNV诱导3天后的VEGFA蛋白水平；K.激光烧伤7天后，用PBS或AAV-CasRx- Vegfa 注射的代表性CNV图像；L.M.CNV面积统计。

2020 年 4 月 8 日， Cell 期刊在线发表了题为 《Glia-to-Neuron Conversion by CRISPR-CasRx Alleviates Symptoms of Neurological Disease in Mice》 的研究论文，该研究由中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心（神经科学研究所）、上海脑科学与类脑研究中心、神经科学国家重点实验室 杨辉 研究组完成。

该项研究通过运用最新开发的 RNA 靶向 CRISPR 系统 CasRx 特异性地在视网膜穆勒胶质细胞中敲低 Ptbp1 基因的表达，首次在成体中实现了视神经节细胞的再生，并且恢复了永久性视力损伤模型小鼠的视力。同时，该研究还证明了这项技术可以非常高效且特异地将纹状体内的星形胶质细胞转分化成多巴胺神经元，并且基本消除了帕金森疾病的症状。该研究将为未来众多神经退行性疾病的治疗提供一个新的途径。

人类的神经系统包含成百上千种不同类型的神经元细胞。在成熟的神经系统中，神经元一般不会再生，一旦死亡，就是永久性的。神经元的死亡会导致不同的神经退行性疾病，常见的有阿尔兹海默症和帕金森症。此类疾病的病因尚不明确且没有根治的方法，因此对人类的健康造成巨大威胁。据统计，目前全球大约有 1 亿多的人患有神经退行性疾病，而且随着老龄化的加剧，神经退行性疾病患者数量也将逐渐增多。

在常见的神经性疾病中，视神经节细胞死亡导致的永久性失明和多巴胺神经元死亡导致的帕金森疾病是尤为特殊的两类，它们都是由于特殊类型的神经元死亡导致。我们之所以能看到外界绚烂多彩的世界，是因为我们的眼睛和大脑中存在一套完整的视觉通路，而连接眼睛和大脑的神经元就是视神经节细胞。

作为眼睛和大脑的唯一一座桥梁，视神经节细胞对外界的不良刺激非常敏感。研究发现很多眼疾都可以导致视神经节细胞的死亡，急性的如缺血性视网膜病，慢性的如青光眼。视神经节细胞一旦死亡就会导致永久性失明。据统计，仅青光眼致盲的人数在全球就超过一千万人。

帕金森疾病是一种常见的老年神经退行性疾病。它的发生是由于脑内黑质区域中一种叫做多巴胺神经元的死亡，从而导致黑质多巴胺神经元不能通过黑质-纹状体通路将多巴胺运输到大脑的另一个区域纹状体。目前，全球有将近一千万人患有此病，我国尤为严重，占了大约一半的病人。 如何在成体中再生出以上两种特异类型的神经元，一直是全世界众多科学家努力的方向。

该研究中，研究人员首先在体外细胞系中筛选了高效抑制 Ptbp1 表达的 gRNA，设计了特异性标记穆勒胶质细胞和在穆勒胶质细胞中表达 CasRx 的系统。所有元件以双质粒系统的形式被包装在 AAV 中并且通过视网膜下注射，特异性地在成年小鼠的穆勒胶质细胞中下调 Ptbp1 基因的表达。

大约一个月后，研究人员在视网膜视神经节细胞层发现了由穆勒胶质细胞转分化而来的视神经节细胞，并且转分化而来的视神经节细胞可以像正常的细胞那样对光刺激产生相应的电信号。

研究人员进一步发现，转分化而来的视神经节细胞可以通过视神经和大脑中正确的脑区建立功能性的联系，并且将视觉信号传输到大脑。在视神经节细胞损伤的小鼠模型中，研究人员发现转分化的视神经细胞可以让永久性视力损伤的小鼠重新建立对光的敏感性。

为进一步发掘 Ptbp1 介导的胶质细胞向神经元转分化的治疗潜能，研究人员证明了该策略还能特异性地将纹状体中的星形胶质细胞非常高效的转分化为多巴胺神经元，并且证明了转分化而来的多巴胺神经元能够展现出和黑质中多巴胺神经元相似的特性。

在行为学测试中，研究人员发现这些转分化而来的多巴胺神经元可以弥补黑质中缺失的多巴胺神经元的功能，从而将帕金森模型小鼠的运动障碍逆转到接近正常小鼠的水平。

需要指出的是，虽然科学家们在实验室里取得了重要进展，但是要将研究成果真正应用于人类疾病的治疗，还有很多工作要做：人类的视神经节细胞能否再生？帕金森患者是否能通过该方法被治愈？这些问题有待全世界的科研工作者共同努力去寻找答案。

（上）CasRx 通过靶向的降解 Ptbp1 mRNA 从而实现 Ptbp1 基因表达的下调。

（中）视网膜下注射 AAV-GFAP-CasRx-Ptbp1 可以特异性的将视网膜穆勒胶质细胞转分化为视神经节细胞，转分化而来视神经节细胞可以和正确的脑区建立功能性的联系，并且提高永久性视力损伤模型小鼠的视力。

（下）在纹状体中注射 AAV-GFAP-CasRx-Ptbp1 可以特异性的将星形胶质细胞转分化为多巴胺神经元，从而基本消除了帕金森疾病模型小鼠的运动症状。

RNA-editing Cas13 enzymes have taken the CRISPR world by storm. Like RNA interference, these enzymes can knock down RNA without altering the genome , but Cas13s have higher on-target specificity. New work from Konermann et al. and Yan et al. describes new Cas13d enzymes that average only 2.8 kb in size and are easy to package in low-capacity vectors! These small, but mighty type VI-D enzymes are the latest tools in the transcriptome engineering toolbox.

Microbial CRISPR diversity is impressive, and researchers are just beginning to tap the wealth of CRISPR possibilities. To identify Cas13d, both groups used very general bioinformatic screens that looked for a CRISPR repeat array near a putative effector nuclease. The Cas13d proteins they identified have little sequence similarity to previously identified Cas13a-c orthologs, but they do include HEPN nuclease domains characteristic of the Cas13 superfamily. Yan et al. proceeded to study orthologs from Eubacterium siraeum (EsCas13d) and Ruminococcus sp. (RspCas13d), while Konermann et al. characterized orthologs from “Anaerobic digester metagenome” (AdmCas13d) and Ruminococcus flavefaciens (nicknamed CasRx), as well as EsCas13d.

Like other Cas13 enzymes, the Cas13d orthologs described in these papers can independently process their own CRISPR arrays into guide RNAs. crRNA cleavage is retained in dCas13d and is thus HEPN-independent. These enzymes also do not require a protospacer flanking sequence, so you can target virtually any RNA sequence ! In bacteria, Cas13d-mediated cleavage promotes collateral cleavage of other RNAs. As with other Cas13s, this collateral cleavage does not occur when Cas13d is expressed in a mammalian system.

Since Cas13d is functionally similar to previously discovered Cas13 enzymes - what makes these orthologs so special? The first property is size - Cas13d enzymes have a median length of ~930aa - making them 17-26% smaller than other Cas13s and a whopping 33% smaller than Cas9! Their small size makes then easy to package in low-capacity vectors like AAV, a popular vector due to its low immunogenicity. But these studies also identified other advantages, including Cas13d-specific regulatory proteins and high targeting efficiency, both of which are described below.

The majority of Type VI-D loci contain accessory proteins with WYL domains (named for the three conserved amino acids in the domain). Yan et al. from Arbor Biotechnologies found that RspCas13d accessory protein RspWYL1 increases both targeted and collateral RNA degradation by RspCas13d. RspWYL1 also increased EsCas13d activity, indicating that WYL domain-containing proteins may be broader regulators of Cas13d activity. This property makes WYL proteins an intriguing counterpart to anti-CRISPR proteins that negatively modulate the activity of Cas enzymes, some of which are also functional in multiple species (read Arbor Biotechnologies' press release about their Cas13d deposit here ).

Not all Cas13d proteins are functional in mammalian cells, but Konermann et al. saw great results with CasRx and AdmCas13d fused to a nuclear localization signal (NLS). In a HEK293 mCherry reporter assay, CasRx and AdmCas13d produced 92% and 87% mCherry protein knockdown measured by flow cytometry, respectively. Cas13d CRISPR array processing is robust, with CasRx and either an unprocessed or processed gRNA array (22 nt spacer with 30 nt direct repeat) mediating potent knockdown. Multiplexing from the CRISPR array yielded >90% knockdown by CasRx for each of four targets, including two mRNAs and two nuclear long non-coding RNAs.

One interesting twist to Cas13d enzymes is their cleavage pattern: EsCas13d produced very similar cleavage products even when guides were tiled across a target RNA, indicating that this enzyme does not cleave at a predictable distance from the targeted region. Konermann et al. show that EsCas13d favors cleavage at uracils, but a more detailed exploration of this cleavage pattern is necessary.

Konermann et al. compared CasRx to multiple RNA regulating methods: small hairpin RNA interference, dCas9-mediated transcriptional inhibition (CRISPRi), and Cas13a/Cas13b RNA knockdown. CasRx was the clear winner with median knockdown of 96% compared to 65% for shRNA, 53% for CRISPRi, and 66-80% for other Cas13a and Cas13b effectors. Like previously characterized Cas13 enzymes, CasRx also displays very high on-target efficiency; where shRNA treatment produced 500-900 significant off-targets, CasRx displayed zero. Unlike Cas9, for which efficiency varies widely across guide RNAs, each guide tested with CasRx yielded >80% knockdown. It seems that CasRx may make it possible to target essentially any RNA in a cell.

Since catalytically dead dCasRx maintains its RNA-binding properties, Konermann et al. tested its ability to manipulate RNA species through exon skipping. Previous CRISPR exon-skipping approaches used two guide RNAs to remove a given exon from the genome, and showed success in models of muscular dystrophy . In this case, Konermann et al. targeted MAPT , the gene encoding dementia-associated tau, delivering dCasRx and a 3-spacer array targeting the MAPT exon 10 splice acceptor and two putative splice enhancers. After AAV-mediated delivery to iPS-derived cortical neurons, dCasRx-mediated exon skipping improved the ratio of pathogenic to non-pathogenic tau by nearly 50%, showing proof-of-concept for pre-clinical and clinical applications of dCasRx.

The identification of Type VI Cas13d enzymes is another win for bioinformatic data mining. As we continue to harness the natural diversity of CRISPR systems, only time will tell how large the genome and transcriptome engineering toolbox will be. It is, however, certain that the impact of CRISPR scientific sharing will continue to grow, and we at Addgene appreciate our depositors for making their tools available to the broader community.

References

Konermann, Silvana, et al. “Transcriptome Engineering with RNA-Targeting Type VI-D CRISPR Effectors.” Cell (2018) pii: S0092-8674(18)30207-1. PubMed PMID: 29551272

Yan, Winston X., et al. “Cas13d Is a Compact RNA-Targeting Type VI CRISPR Effector Positively Modulated by a WYL-Domain-Containing Accessory Protein.” Mol Cell. (2018) pii: S1097-2765(18)30173-4. PubMed PMID: 29551514

\1. Transcriptome Engineering with RNA-Targeting Type VI-D CRISPR Effectors

\2. CRISPR genetic editing takes another big step forward, targeting RNA

\3. How Editing RNA—Not DNA—Could Cure Disease in the Future

[ https://www.obiosh.com/kyfw/zl/aav/209.html](