酵母菌论文参考文献英文

Starmerella bacillaris是一种酵母菌，经常从葡萄和葡萄酒环境中分离出来。具体的请参考文献FEMS Yeast Res. 2015 Aug;15(5)The yeast Candida zemplinina (Starmerella bacillaris) is frequently isolated from grape and wine environments. Its enological use in mixed fermentation with Saccharomyces cerevisiae has been extensively investigated these last few years, and several interesting features including low ethanol production, fructophily, glycerol and other metabolites production, have been described. In addition, molecular tools allowing the characterization of yeast populations have been developed, both at the inter- and intraspecific levels. However, most of these fingerprinting methods are not compatible with population genetics or ecological studies. In this work, we developed 10 microsatellite markers for the C. zemplinina species that were used for the genotyping of 163 strains from nature or various enological regions (28 vineyards/wineries from seven countries). We show that the genetic diversity of C. zemplinina is shaped by geographical localization. Populations isolated from winemaking environments are quite diverse at the genetic level: neither clonal-like behaviour nor specific genetic signature were associated with the different vineyards/wineries. Altogether, these results suggest that C. zemplinina is not under selective pressure in winemaking environments.

中文纲名 半知菌纲 中文目名 壳霉目 中文科名 杯霉科 中文名 克籍斯假丝酵母 定名人 (Cast.) Berkh. 参考文献 Discellaceae

RNA聚合酶四指示沉默的内源性的DNA 我们先前发现的一种拟南芥sde4 突变说，展出的部分失去一个transgenesilencing 通路是否则依赖对RNA依赖的RNA聚合酶六日（ rdr6 ） （ 1 ） 。该sde4突变体植株还有缺陷的小分子干扰RNA （小分子干扰核糖核酸） 生产和甲基正弦retroelement atsn1 （ 2 ）在通路其后相关rdr2 ， Dicer的样三日（ dcl3 ） ，以及其他内源性的siRNA （ 3 ） 。它很可能，这沉默通路相关以RNA干涉（ RNAi技术）介导heterochromatinization 在schizosaccharomyces pombe这也是依赖于小分子干扰核糖核酸， Dicer的， andanrdr （ 4 ） 。所以，要调查机制的两个转基因与retroelement 沉默，我们查处的分子身份的sde4轨迹。我们这里所叙述如何sde4编码最大亚基一编码RNA聚合酶是有别于真核细胞的RNA聚合酶的一，二和三（其亚基在拟南芥中被指定由前缀nrpa ， nrpb ，或nrpc ，分别） 。 在符合公约命名的RNA聚合酶的，我们从今以后参考这种酶作为RNA聚合酶四（油料四）和世界上最大的亚基编码sde4 作为nrpd1a 。先前所描述的sde4 突变是现在指定nrpd1a - 1 。 1sainsbury实验室，约翰建设起中心，诺里奇nr4 7uh ，英国。 2university东英格兰，诺里奇nr4 7tj ，英国。 *向谁函授应予以处理。 电子邮箱： @是Sainsbury - 屏幕上有缺陷的突变体，在跨基因沉默用一种拟南芥线（ gxa ） ，其中绿色荧光蛋白（ GFP ）的转基因（图s1a ，指定G ）的鸦雀无声，由马铃薯X病毒（ pvx ） -绿色荧光蛋白转基因（图s1a ，指定一） （ 1 ） 。不像rdr6突变体，其中完全失去绿色荧光蛋白沉默在gxa背景下， nrpd1a - 1 展示了一幅延迟性发作的沉默中生长点的植物（图1A和图。 s1f ） （ 1 ） 。在年轻的植物，叶片初期涌现出绿色荧光蛋白的荧光，而且，在一个星期内， 沉默出现在局部地区，然后散布在整个叶片。这种迟发性表型的坚持，直到开花的时候年轻的花序均GFP的荧光。 该模式的转基因mRNA和小分子干扰核糖核酸积累相应的数额GFP的荧光。因此，北分析野生型和nrpd1a - 1鲜花表明，增加积累的GFP mRNA的表达（ 倍）和pvx -绿色荧光蛋白基因的RNA nrpd1a - 1对应到六倍减少21日至24日-核苷酸（ NT ）的绿色荧光蛋白的siRNA （图1B ）条相对野生型。在完全沉默玫瑰花叶，那里nrpd1a介导的损失沉默是不太明显高于花卉，绿色荧光蛋白基因和siRNA金额媲美。 RNA介导的DNA甲基化（ rddm ） 是与沉默的植物，并可能导的一个小分子干扰核糖核酸引导效应复杂的。一致rddm在绿色荧光蛋白轨迹gxa植物，绿色荧光蛋白基因的DNA甲基化是迷失在鲜花的rdr6和sgs3突变体沿23 。长pfeifhofer等人，威廉斯年限。地中海。 197 ， 1525 （ 2003 ） 。 24 。汤匙egawa等人，电流。生物学。 13 ， 1252 （ 2003 ） 。 25 。支持由美国国家卫生署（ r37 - ai33443 ） 。我们想谢谢j. pober ，每小时十孙，和D罗斯坦为认真研读了这份手稿和第十林（大学水牛） ，为分享card11缺陷Jurkat细胞。分子相互作用数据已存放在生物分子相互作用网络数据库与加入代码209039到209044 。 支持在线材料 无线TTL闪光灯材料与方法无花果。中一至中三2004年11月4日;接受， 2005年1月14日 与绿色荧光蛋白的siRNA （ 1 ） （图1 C ） 。在nrpd1a - 1 花卉，如绿色荧光蛋白的siRNA都减少，但不缺席，我们只发现有轻微变化该模式GFP的DNA甲基化（图1 C ） 这反差更明显的损失atsn1 DNA甲基化nrpd1a - 1植物（ 2 ， 5 ） 。因此， nrpd1a通路，是不是唯一来源合适的siRNA为rddm 。 当初nrpd1a - 1 ，在相当大的重排1号染色体扰乱at1g63020 （图中一，二至七） ，然后用其他nrpd1a等位基因与互补同一个nrpd1a转，以确认这种基因编码的nrpd1a 。序列nrpd1a不结盟与拟南芥nrpd1a 同源（编码at2g40030 ）和两个编码蛋白质的水稻植物特有分支为最大亚基的RNA 聚合酶（图2A及 ， A至C ） 。 一致nrpd1a作为世界上最大的亚基一multisubunit油料四，食米和拟南芥基因组编码两个蛋白质可以成为第二大亚基（ at3g18090和at3g23780 ） （ 6 ） （图2B和图s2d ） 。测试沉默的作用，这些基因拟南芥nrpd2 亚基，我们转化野生型gxa 植物倒置重复序列（ IR ）的构造说将目标对准了RNAi以nrpd1a ，疑似nrpd2基因，或阿丹（作为对照组） （图三， A和B ） 。转化与红外针对nrpd1a与疑似nrpd2基因，但并不反对阿丹（图三， c 及d ） ，呈现延迟性发作的沉默这样的nrpd1a - 1 。虽然两者nrpd2 基因将被灭活，由红外兴建（图s3b ） ，两条路线的证据表明， 积极nrpd2轨迹，而不是at3g23780 比at3g18090 。第一，基因特异性扭转转录聚合酶链反应（ RT - PCR ） 分析结果表明，大部分的nrpd2 誊来自at3g23780 （图s3e ） 及第二，在一个插入突变体at3g23780 （ nrpd2a - 1 ，图s3f ） ，但不at3g18090 （ nrpd2b - 1 ，图s3f ）消除了内源小分子干扰核糖核酸（图3A ）在。 nrpd1a和nrpd2有顺序的异同他们nrpa ， nrpb ， nrpc 同系物，在地区相应的功能重要的特点，酵母RNA聚合酶2005年4月1日第一卷308科学 报告图。 1 。 GFP的沉默nrpd1a - （一） 1 。紫外线照片gxa野生型（ WT ）的，并nrpd1a - 1开花植物。 （二）北方分析绿色荧光蛋白mRNA的表达和siRNA在花卉（六） ，茎（ s ）和叶（ 1 ）由WT和nrpd1a - 1 gxa植物。 （三） Southern blot分析基因组DNA纯化二（ 7 ） 。为nrpd1a ，地区与认同nrpb1包括N端钳核心（ 20 ％ ） ，锌金属结合位点，活跃网站（ 41 ％ ） ，漏斗和部分裂隙域（初， 42 ％ ，末位淘汰，有24 ％ ） 。该中的裂隙域nrpa1 ， nrpb1 ， nrpc1缺席nrpd1a （保守区七） （图s2b ） 。然而， C端钳核心（图s2b ） ，它定义了年底球形域之前C端域（ CTD是） nrpb1 （ 7 ） ，是目前（ 23 ％相同） 。 nrpd2是34 ％相同以nrpb2并保守区相对应的结合位点小核心亚基（ nrpb3/ac40 ， nrpb10 ， nrpb12 ） （图s2d ） ，这是思想的发挥作用于酶大会（ 7 ） 。有多重基因nrpb3/ac40 ，有些企业他们可以油料四的具体情况。然而，对于nrpb10和nrpb12现在只有两个基因每一个在拟南芥中，他们可以分享油料之间的第四和其他的RNA聚合酶因为他们是在其他真核生物（ 8 ） 。 最引人注目的区别nrpb1和nrpd1a是在C端的nrpd1 ，如水稻和拟南芥蛋白质分享相似的C端半数一个无编码的蛋白（有缺陷叶绿体和叶片）规范S rRNA基因加工叶绿体（ 9 ） （图s2a ） 。这C端延伸，可协调的RNA 聚合酶活性与下游加工步骤，在方式上类似于向CTD是ofpolii （ 8 ） 。结合本不寻常的C端与保守的特点义RNA聚合酶表明，波兰四是积极RNA聚合酶与重要分歧从义RNA聚合酶的一，二和三。 来自同一组织中，作为第（二）项，消化与甲基化敏感性酶sau96i ，摸索出为GFP的。 unmethylated G和gxa sgs3线作为对照。 DNA片段大于554新台币，是由于DNA的甲基化。 图。 2 。进化树最大型的（ a ）和第二大（二）的RNA 聚合酶亚基家庭从植物中，蠕虫和酵母。 itoivonthe权对每棵树显示核糖核酸聚合酶亚科。灰色和黑盒子显示拟南芥油料四亚基。 为了进一步探讨机制的油料四介导的沉默，我们的另一个特点是突变与迟发性GFP的沉默（图s4a ） 。它有一个倒置4号染色体这会破坏rdr2 （图s4b ， rdr2 - 3 ） ，以及绿色荧光蛋白基因沉默的表型能够加以补充通过改造与野生型rdr2 基因组DNA （图s4a ） 。在这突变，因为在nrpd2a - 1和的每一项nrpd1a突变，有获得较低的数额内源性24 -新台币siRNA （即atsn1 ， 1003 ， 02 ，与第2组） ，比在野生型，而mir167数额未受影响（图3A ）在（ 3 ） 。这些的siRNAs都在24新台币大小级，并dcl3 Dicer的是参与它们的生源（ 3 ） 。这是有可能因此，油料四， rdr2 ， dcl3法团结起来，为一个沉默的门路。油料四将产生的RNA的物种被复制到双链RNA （双链RNA ） rdr2 。 这种双链RNA ，然后被加工成小分子干扰核糖核酸由dcl3 。 该rdr2和rdp1突变，也受长期的RNA ，由小分子干扰核糖核酸基因位点。 然而，相反的影响，对小分子干扰核糖核酸， 长期的RNA更为丰富，在沉默突变体。因此， atsn1 RNA的更多丰富的，在nrpd1a和rdr2突变体比在野生型植物（图3 C ）条，显示他们不是油料四誊本。据推测，这RNA的结果必须由RNA聚合酶三转录（ 10 ） atsn1是沉默该油料四- rdr2 - dcl3通路在野生型植物。我们无法侦测，只要油料四誊atsn1是推测这是因为他们目前只是非常低的数额和都是蒙面更丰富的RNA产生其他的RNA聚合酶。 该油料四- rdr2 - dcl3通路相关与第2组和2002年的siRNAs并不要求ago4或DNA甲基化（ 3 ） 。然而， 该atsn1和1003点是hypermethylated 在野生型植物相对向nrpd1a万亩科学卷308 2005年4月1日报告图。 3 。分子指标的沉默。 （一）北部的分析里9日，九仓;巷10 nrpd1a - 3泳道11 ， nrpd1a - 4 ; lane12 ， nrpd2a - 1泳道13 内源性小RNA ：车道1日至8日， gxa （ C24为）背景;车道9日至nrpd2b - 1 。污点被剥夺和reprobed成倍增长。 （二）南区13 ，中校- O的背景。 1行，每克;巷2 ， rdr2 - 3线3条和第4 ，两个分析五常rDNA的重复序列在nrpd1a一系列等位基因消化后，与独立rdr2 - 3 rdr2p ： ： rdr2 T2合资格线;巷5 ， nrpd1a -1 ;车道6and 7 ，甲基化敏感性酶hpaii 。 （三） RT - PCR分析的内源性两个独立nrpd1a - 1 nrpd1ap ： ： nrpd1a T2合资格线;巷8 nrpd1a - 2 ; atsn1誊是高架在rdr2 - 2和nrpd1a突变体。 tants （ 2 ） （图3B ）条中，并积累自己的siRNAs是依赖于argonaute蛋白ago4 ，从头DNA甲基转移酶drm1 anddrm2 （五日，十一日，十二日） ，以及油料四， rdr2 ， dcl3 。在这些例子中，它看来，我们已建议在第pombe （ 13 ） ，即维持沉默涉及自我强化沉默通路在其中油料四介导的siRNA生产是依赖关于ago4介导的DNA甲基化反之亦然。 theroleofpol四所述herecould 解决的一个悖论染色质沉默机制是依赖于RNA的。如果该沉默的基因转录是由一个单一的聚合酶，这种RNA依赖的机制不会稳定，因为镇压转录从这些位点也将导致亏损沉默的RNA 。 然而，沉默特异性聚合酶像油料四，可耐染色质或DNA 修改影响聚合酶一至三等，可以稳定地保持沉默状态。在动物和真菌的油料四分支缺席的，但沉默的悖论可能解决了，如果有形式的核糖核酸聚合酶一至三与沉默-具体亚基，使转录的异染色质，因此，维修该RNA依赖的沉默。 最后一点，一般约沉默机制是说明了GFP的跨基因沉默与内源性24新台币的siRNA 沉默的通路都是依赖对共和联盟蛋白质（图1018 ） 。在玫瑰叶子该植物的，这两个沉默途径是相互独立的，因为跨基因沉默是不受rdr2 （图1018 ） 由于内源性24nt的siRNA坚持在rdr6植物（ 2 ） 。然而，在这些花朵通路是相互依存的，因为绿色荧光蛋白沉默是受两rdr2和rdr6 。 这种潜在的沉默通路互动， 结合自己的能力，以形成反馈和自我加强的循环（ 14 ） ，说明潜在的复杂性内源性监管网络涉及的siRNAs 。 参考文献及债券1 。汤匙dalmay ，甲汉密尔顿，第拉德，美国安格尔，直流baulcombe ，细胞101 ， 543 （ 2000 ） 。 2 。 答：哈密尔顿，澳voinnet ，属查，直流baulcombe ， embo j. 21 ， 4671 （ 2002 ） 。 3 。谢种等人， plos生物学。 2 ， e104 （ 2004 ） ;出版在线2004年2月24日。 4 。汤匙沃尔普等人，科学297人， 1833年（ 2002年） ;出版在线2002年8月22日（ ） 。 5 。素文的影响，陈等人，科学303 ， 1336 （ 2004 ） 。 6 。拟南芥基因组的倡议，性质， 408 ， 796 （ 2000 ） 。 7 。克莱姆页，四答布什内尔，许任kornberg ， 科学292 ， 1863年（ 2001年） ;网上公布2001年4月19日（ ） 。 8 。克莱姆页，电流。奥平。结构。生物学。 12 ， 89 （ 2002 ） 。 9 。米bellaoui ，小gruissem ， Planta的219 ， 819 （ 2004 ） 。 10 。楼myouga ，第tsuchimoto调野，每小时ohtsubo ， 体育ohtsubo ，基因遗传学。系统。 76 ， 169 （ 2001 ） 。 11 。四zilberman等人，电流。生物学。 14 ， 1214 （ 2004 ） 。 12 。四zilberman ，十曹时，雅各布森，科学， 299 ， 716 （ 2003 ） ;在网上公布2003年1月9日（ / ） 。 13 。汤匙杉山爱，每小时凸轮，甲弗德尔，四莫阿塞德，第行列grewal ，过程。 natl 。 acad 。工商局局长。美国102 ， 152 （ 2005 ） 。 14 。四baulcombe ，性质， 431 ， 356 （ 2004 ） 。 15 。作者承认资金来自盖茨比慈善基金会，生物技术和生物科学研究委员会，以及婴儿，校威康基金（ . ）以及技术援助的影响。 支持在线材料 材料与方法无花果。中一至中四表S1和S2 参考文献及债券2004年10月29日;接受， 2005年1月25日在网上公布2005年2月3日; 包括这方面的资料时，引用这个文件。 平移算子的基因对核糖体：如何抑制物蛋白质排除核糖体约束力lasse詹纳， 1帕斯卡romby ， 2伯纳德里斯， 1 克莱门斯舒尔策- briese ，三是学生，施普林格， 4 chantal ehresmann ， 2 伯纳德ehresmann ， 2人Dino moras ， 1 gulnara yusupova ， 1 赛yusupov1 ， 2 * 核糖体的热嗜热是cocrystallized与发起人转让核糖核酸（ tRNA分子）和一个结构完整信使核糖核酸（ mRNA的）携带一个平移运营商。道路mRNA的定义是在埃决议它比较，无论是与晶体结构相同的核糖体复杂缺乏表达或联同非结构化mRNA的表达。一个确切核糖体环境岗位操作者的茎环结构垂直于表面的核糖体在该平台上的30年代亚基。有约束力的操作者和首倡者的tRNA发生于核糖体与一个无人居住的tRNA撤离现场， 这是预期为起始复杂。定位监管域的经营者相对核糖体阐明了分子机制，即约束抑制物开关过翻译。我们的数据建议一般以何种方式表达控制元素必须放在了核糖体，以履行自己的监管任务。 起始翻译一般认定时，应变能力快的需要。有约束力的效率促进蛋白质的合成，是eubacterial核糖体涉及的几个要素关键的一步，为控制基因表达的基因，其中影响动力学的研究2005年4月1日第一卷308科学希望能和你成为朋友